系列文章目录 文章目录系列文章目录前言一、python提取excel指定一列保存到新表二、python提取excel指定两列保存到新表总结 前言一、python提取excel指定一列保存到新表原数据举例如下：提取B列另存到新表执行文件如下：import pandas as pd
def excel_one_line_to_list():
df = pd.read_excel(r'D:\Us
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2023-06-05 11:43:59
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# ID批量提取本地FASTA序列的Python方法
## 引言
在生物信息学中，FASTA格式是一种广泛使用的用于表示核酸或蛋白质序列的文件格式。通常情况下，我们需要从一个较大的FASTA文件中提取特定ID对应的序列。这一过程对于各种生物数据分析十分重要，尤其是在基因组学和蛋白质组学研究中。本文将介绍如何使用Python来批量提取本地FASTA序列，并提供相应的代码示例。
## FASTA
文章目录前言一：读取含特定字符的序列并输出演示二：读到某一个字符之前的全部输出使用方法三：输出前n条序列使用方法总结 前言背景：学测序流程的时候，做到mapping的时牛的基因组有两个多G，因为是在个人PC上初步学习，建立index实在太慢了，而且临时也没有现成的index。于是决定只挑基因组前十条染色体拿来练习（所以需要从基因组文件里选取序列，尝试自己用python写脚本处理）。自己的pyth
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2023-10-18 17:57:28
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001、方法1(base) root@PC1:/home/test2# ls
a.fasta test.py
(base) root@PC1:/home/test2# cat a.fasta ## 测试fasta文件
>gene1 myc
AGCTGCCTAAGC
GGCATAGCTAATCG
>gene2 jun
ACCGAATCGGAGCGA
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2023-06-29 15:13:46
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# 使用Python分析FASTA序列
FASTA是生物信息学中常用的文件格式，用于存储核酸或蛋白质序列。FASTA文件的后缀通常为“.fasta”或“.fa”。本文将介绍如何使用Python对FASTA序列进行分析，并提供相应的代码示例。
## 1. FASTA格式简介
FASTA格式由描述行和序列行组成。描述行以“>”开头，后面跟随序列的名称或描述信息。描述行之后是实际的序列，可以分为多
**Python读取Fasta序列**
引言：
在生物信息学中，Fasta格式是一种用于存储生物序列（如DNA，RNA或蛋白质序列）的常用格式。在本文中，我们将讨论如何使用Python编程语言读取和处理Fasta序列文件。
什么是Fasta格式？
Fasta格式是一种简单而常用的文本格式，用于存储生物序列数据。它由一个头部行和一个或多个序列行组成。头部行以“>”字符开头，后面跟随一个描述该序列
原创
2023-11-05 05:22:54
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如果你之前有接触 python 测试开发，那你应该会听过 django 或者 flask。 但是最近一个新的框架出现在人们的视野中，短短 1 年在 GitHub 上就收集了 20000+ star, 成为一个不折不扣的明星项目。这个项目是由塞巴斯蒂安·拉米雷斯（Sebastian Ram írez）创建的，他在实现一个机器学习项目的时候创建了这个框架，并且优化至今。拉米雷斯留着达利那样的胡子，看
使用命令samtools faidx input.fasta会生成一个input.fasta.fai的文件，文件的内容总共有5列
第一列是序列名，第二列是序列长度，第四列是每行多少个碱基根据序列名提取序列
这里好像只能提取单条序列samtools faidx input.fasta TCONS_00000018 > TCONS_00000018.fa还可以加上指定的位置samtools
原创
2022-03-09 11:51:09
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数据下载 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000006.12?report=genbank&from=31164337&to=31170682&strand=true1 读取常见的序列文件格式（fasta，gb）2 浏览 fasta 序列文件内容from Bio import SeqIO
# 读取包含单个
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2024-05-17 02:53:56
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## 用Python进行Fasta序列的随机突变
DNA是生物体中重要的遗传物质，由四种碱基（腺嘌呤，胸腺嘧啶，鸟嘌呤和胞嘧啶）组成的序列决定了生物体的遗传信息。在研究生物学中，我们经常需要对DNA序列进行突变，以便研究其影响。
本文将介绍如何使用Python对Fasta序列进行随机突变的方法。我们将使用Python中的`random`模块和`Bio`包中的`Seq`对象来完成这个任务。接下来
原创
2023-07-30 04:19:18
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在生物信息学的研究中，获取基因序列是分析和实验的基础，而“ncbi下载基因序列fasta python”便是实现这一需求的有效方法。在这篇博文中，我将详细记录下如何使用Python从NCBI网站下载基因序列的过程，包括背景定位、演进历程、架构设计、性能攻坚和扩展应用。
## 背景定位
随着基因组学与生物技术的发展，研究人员需要大量基因序列进行比对和分析。NCBI（国家生物技术信息中心）提供了丰
10 常见数据结构列表 a) 加法运算 - 将两个列表合并成一个新的列表list1 = [10, 20, 30]
list2 = [100, 200]
print(list1 + list2) # [10, 20, 30, 100, 200] b) 乘法运算 - 将列表中的元素重复N次产生一个新的列表list1 = [10, 20, 30]
print(list1*3)
## Python读取FASTA序列并处理换行的完整指导
FASTA格式是一种广泛用于生物信息学中的序列文件格式，主要用于存储核酸和蛋白质序列。在读取FAST文件时，常会遇到序列被换行的问题。本文将教你如何使用Python读取FASTA序列并处理换行，详细步骤如下：
### 总体流程
在开始编码之前，我们需要明确整个流程。以下是处理FASTA文件的步骤：
| 步骤 | 操作
论文下载：https://arxiv.org/pdf/1911.09070.pdf论文代码：https://github.com/zylo117/Yet-Another-EfficientDet-Pytorch论文摘要：作者提出了一种加权双向特征金字塔网络(BiFPN)，该网络能够实现简单、快速的多尺度特征融合;其次，提出了一种复合尺度方法，对所有骨干网、特征网络和盒/类预测网络同时统一尺度分辨率
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2024-10-10 10:39:37
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1. 前言在TIFF文件结构详解中，我们得知TIFF是Tagged Image File Format的缩写。Tiff对GeoTiff的支持已写入了Tiff6.0，也就是说，GeoTiff是一种Tiff6.0文件，它继承了在Tiff6.0规范中的相应部分，所有的GeoTiff特有的信息都编码在Tiff的一些预留Tag(标签)中，它没有自己的IFD（图像文件目录）、二进制结构以及其它一些对Tiff来
本篇文章小编给大家分享一下Python批量处理csv并保存过程代码解析，代码介绍的很详细，小编觉得挺不错的，现在分享给大家供大家参考，有需要的小伙伴们可以来看看。需求：1.大量csv文件，以数字命名，如1.csv、2.cvs等；2.逐个打开，对csv文件中的某一列进行格式修改；3.将更改后的内容写入新的csv文件。解决思路：先读取需处理的csv文件名，去除文件夹下的无用文件，得到待处理文件地址名称
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2023-06-13 20:49:30
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# Biopython读取fasta序列
## 介绍
在生物学研究中，序列分析是一个非常重要的环节。Fasta（常用于描述DNA、RNA或蛋白质序列）是一种常见的序列格式。Biopython是一个专门用于生物信息学的Python库，提供了各种功能和工具来处理和分析生物学数据，包括读取和处理fasta序列。
本文将介绍如何使用Biopython库来读取fasta序列，并提供相应的代码示例。
原创
2023-11-08 09:54:15
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要从 FASTA 文件中提取指定长度的序列并构建矩阵，你可以使用 BioPython 库，它可以方便地处理生物序列数据。你可以通过从 FASTA 文件中读取序列，然后将每个序列拆分成指定长度的子序列，最终构建矩阵。
原创
2024-09-09 10:49:43
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# Python Biopython读fasta文件存入序列教程
## 1. 整体流程
首先，我们来看一下整体的流程，以便于理解和实施。
```mermaid
sequenceDiagram
participant 小白
participant 开发者
小白->>开发者: 请求教程
开发者->>小白: 提供流程
```
## 2. 操作步骤
接下来，我们
原创
2024-03-19 05:42:25
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# 如何将DNA序列写入FASTA文件
在生物信息学中，FASTA文件格式是一种常用的生物序列存储格式，特别是对于DNA、RNA和蛋白质序列的表示。今天，我们将学习如何使用Python将DNA序列写入FASTA文件。这个过程可以分为几个简单的步骤，以下是整个流程的总结：
| 步骤 | 描述 |
|------|-----------------------
