“GEO、NCDB、TCGA、SEER数据库这些我都知道，但OMIM是什么鬼？OMIM（Online Mendelian Inheritance in Man）数据库，中文称在线人类孟德尔遗传数据库。OMIM包括了现在所有已知的遗传病和超过15000个基因的信息。OMIM侧重于疾病表型与其致病基因之间的关联。”也就是说当你知道某个病的时候，但不知道它受什么基因影响——选OMIM数据库！当你知道某个
记录如果我在已经有了基因名的情况下，可以有几种方法1.通过NCBI的GENE数据库1）首先进入到https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/中，然后选择你要的基因2）例TP53,需要观察物种 3）选择并点击，进入，ctrf + F,输入 NCBI Reference Sequences (RefSeq) ，查询这个基因所具有的转录本 ，结果如下 总结：这种方法适用于基因个数比
软体动物是海洋中最大的门类，是仅次于节肢动物的第二大无脊椎动物门，约占所有命名海洋生物的 23%，软体动物系统学仍在不断变化，人类活动的增加影响了软体动物的繁殖和发育，对多样性和分类产生了强烈影响。然而，软体动物未描述物种的比例非常高，许多分类群的研究仍然很少。凌恩合作客户烟台大学生命与健康大数据中心构建了软体动物线粒体基因组数据库MODB，数据库收集了616种具有线粒体基因组信息的物种，该数据库
转载
2024-05-22 06:12:22
207阅读
前两次我们讲了数据挖掘中比较常见的两类方法。这次我来介绍一下ensemble（集成技术），总的来说，ensemble技术是归类在分类中的。它的主要原理是通过集成多个分类器的效果来达到提高分类效果的目的。简单我们可以通过两张图片来看看集成的效果：图一为多个基分类器单独工作时的分类效果图。图二为集成分类器的分类效果。我们可以看到集成分类器的分类曲线明显会平滑的多。来个比喻，在一件事情的表决上面，一个人
相信，基因信息检索涉及到我们每个科研实验人员每天的日常实验中，而用的多的几个数据库莫过于NCBI RefSeq，Ensemble，mirBase三个数据库。那这三个数据库中基因信息都是根据什么规则来命名的呢？一、NCBI RefSeqNCBI RefSeq(美国国立生物技术信息中心参考序列库)是目前世界上最具有权威性的序列数据库，该数据库中所有的数据是一个非冗余的、提供参考标准的数据，包括染色体、
转载
2024-06-28 06:18:35
771阅读
我这些学习笔记，记录的都是我自己认为的知识点，可能以后再看的时候还要翻书，但是可以用来定位到准确的书中示例的位置，减少翻书重找的时间，利于自身知识体系的搭建。 &n
【生物信息学学习】第一天：生物数据库使用生物数据库一、文献搜索（PubMed）1. 什么是PubMed2. PubMed存在的问题二、一级核酸数据库1. GenBank解读GenBank2. ENA3. DDBJ4. INSDC5. 基因组数据库Ensemble6. 微生物宏基因组数据库JCVI三、二级核酸数据库 本文内容均来自山东大学生物信息学课程生物数据库这一篇文章主要介绍生物信息学需要用到
公告： 为响应国家净网行动，部分内容已经删除，感谢读者理解。话题：oracle enable 是什么意思回答：可使用，或者是某项参数处于打开的状态话题：Enable是什么意思回答：enablevt.1. 使能够；赋予能力[O2]Training will enable you to find work.培训将使你找到。2. 使成为可能The program will enable a large
转载
2024-05-02 13:51:07
51阅读
1、背景介绍1.1、认识zookeeperZooKeeper原意为动物园管理员。游客可以根据动物园提供的向导图到不同的场馆观赏各种类型的动物，而不是像走在原始丛林里，心惊胆颤的被动物所观赏。为了让各种不同的动物呆在它们应该呆的地方，而不是相互串门，或是相互厮杀，就需要动物园管理员按照动物的各种习性加以分类和管理，这样我们才能更加放心安全的观赏动物。
回到企业级应用系统中，随着信息化水平的不
学习内容
了解可用的基因组注释数据库和存储信息的不同类型
比较和对比可用于基因组注释数据库的工具
应用各种 R 包检索基因组注释
基因组注释对二代测序结果的分析需要将基因、转录本、蛋白质等与功能或调控信息相关联。为了对基因列表进行功能分析，我们通常需要获得与我们希望使用的工具兼容的基因标识符。在这里，我们讨论了您可以获得基因注释信息的方法以
转载
2024-10-13 19:11:49
271阅读
Enrichr是一个交互式和协作性的HTML5基因列表富集分析工具，由Edward Y Chen、Christopher M Tan、Yan Kou、Qiaonan Duan、Zichen Wang、Gabriela Vaz Meirelles、Neil R Clark和Avi Ma’ayan开发。该工具旨在帮助研究人员分析基因和蛋白质在哺乳动物细胞中的系统性表达谱，从而提取新的知识。通过将实验中
文章目录1. ENA 数据库的检索功能1. 简单搜索2. 复杂搜索2. ENA 数据库中的accession的详细信息下载3. ENA 数据库中的accession的序列下载 学生物的大概都会用到EBI数据库，而其中的ENA数据库更是包含着丰度的序列信息，那么怎么获取他们呢？1. ENA 数据库的检索功能ENA数据库网址：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/hom
转载
2024-04-17 08:47:24
3151阅读
目前的从头预测软件大多是基于HMM(隐马尔科夫链)和贝叶斯理论，通过已有物种的注释信息对软件进行训练，从训练结果中去推断一段基因序列中可能的结构，在这方面做的最好的工具是AUGUSTUS它可以仅使用序列信息进行预测，也可以整合EST, cDNA, RNA-seq数据作为先验模型进行预测。安装安装较为复杂，可选用conda进行安装使用（1）若存在已经被训练的物种（augustus --s
O.Sativa选用MSU或者RAPDB这两个数据库的genome和gtf文件，介绍一下MSU的ID，RAPDB的同理。The Rice Annotation Project (RAP)（https://rapdb.dna.affrc.go.jp/index.html）和Rice Genome Annotation Project （RGAP7，MSU）（http://rice.plantbiol
转载
2024-08-12 11:03:50
417阅读
众多不同的数据库所采用的对 Gene 和 Protein 编号的 ID 也是不同的, 所以在使用不同数据库数据的时候需要进行 ID 转换.常用数据库 IDID 示例ID 来源ENSG00000116717Ensemble IDGA45A_HUMANUniProtKB/Swiss-Prot, entry nameA5PJB2_BOVINUniProtKB/TrEMBL, entry nameA2BC
数据库是一个项目中最重要的核心，这里小编整理了一些常用的SQL语句，希望看完本篇文章后，你们能对使用SQL语句有一定的了解。 一、SQL注意点： 1. 每条SQL必须使用;结束 2. 单行注释：-- 注释内容(--后面必须加空格) 3. 多行注释：/*注释内容*/ 4. Ctrl+R：运行SQL语句 5. Ctrl+Shfit+R：运行当
一 官网下载Oracle11g1.点击下载Oracle11g2.下载后的Oracle11g有两个压缩包，都要下载然后把他们解压到到同一个文件夹中。二 安装Oracle11g右键点击setup.exe,以管理员身份运行。 2弹出环境不满最低要求，是否确实要继续，点击是。跳过邮件地址填写，直接点击下一步，并点击是。勾选创建和配置数据库，在点击下一步。勾选中桌面类，点击下一步换下盘符，不要安装在系统盘里
1下面根据我们的专业特点和需要，结合我使用EndNote的一些心得，介绍这个软件的基本操作。 二、建立和编辑Enl文献图书馆 EndNote数据库称为Reference Library，以*.enl格式存储，其中的数据存储于同名文件夹*.Data中。本文所举例子中的Library包括单记录图书馆“acedemic.enl”和数据文件夹“acedemic.Data”。 (1
理由：①.Biomart里面Ensemble Regulation数据着实太少！人类转录因子结合位点数据相对而言多一点，而小鼠的转录因子数据，真的少得可怜。可能是因为经过验证过的数据才能放上来吧（纯属个人猜测）。不过组蛋白修饰结合位点数据很多，对于有需要的人而言，我觉得该方法这是不错的选择。 ②.想下载全部转录因子结合
转载
2024-04-19 15:56:35
1491阅读
文章目录Eggnog 5.0：一种基于5090种生物体和2502种病毒的层级、功能和系统学注释同源基因资源通讯作者Peer Bork简介划重点摘要背景更新和新增功能基因组更新物种分类水平和非监督的直系同源群图1. 不同物种水平独立计算的OGsOGs的层级一致性系统发育分析功能注释图2. 可视化OG的网页示例自定义用户数据的快速功能和直系同源分类测评结论和展望参考文献本文译者简介 之前我们介绍过《
