上期给大家介绍了NCBI、Ensembl 这2个主流的查找基因组的数据库，其中收录的物种广泛（植物、动物、微生物），是我们查找物种基因组最常用数据库。对于一些常年深耕某一种/一类物种的研究者，常常会搭建该类物种专属数据库：如水稻数据库、棉花数据库、柑橘数据库等等。本期给大家介绍10种重要的作物基因组数据库，供大家研究使用。01 水稻基因组数据库-RAP水稻注释计划 (RAP) 始于20
1.CDS（Sequence coding for aminoacids in protein）蛋白质编码区2.每个基因中都有编码区与非编码区,其中真核生物编码区又含有外显子与内含子,但真核生物的基因中也有无内含子的例外.如组蛋白基因和干扰素基因就没有内含子.编码区为编码蛋白质的有效基因片段.非编码区不编码蛋白质。 3.编码区是细胞DNA的一部分，基因分为:编码区，非编码区。编码区是指能够转录
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2024-05-10 03:55:37
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1 IIS安装和windows系统配置1.1 IIS安装检查是否安装好了IIS，可在【管理工具】的【服务管理器】中查看，如下图所示表示安装了IIS。 确认IIS已完全安装，点击上图中的Web服务器（IIS）： 如果未完全安装，点击角色服务右侧的“添加角色服务”，全部勾选进行安装。如果没有安装IIS，可以通过【添加角色】安装注意：必须使用Administrator用户进行安装&n
相信，基因信息检索涉及到我们每个科研实验人员每天的日常实验中，而用的多的几个数据库莫过于NCBI RefSeq，Ensemble，mirBase三个数据库。那这三个数据库中基因信息都是根据什么规则来命名的呢？一、NCBI RefSeqNCBI RefSeq(美国国立生物技术信息中心参考序列库)是目前世界上最具有权威性的序列数据库，该数据库中所有的数据是一个非冗余的、提供参考标准的数据，包括染色体、
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2024-06-28 06:18:35
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本文概述由于将项目的paragonie / random_compat依赖项(或项目的依赖项的依赖项)升级到1.5或主要版本而出现此错误。许多开发人员在使用Laravel和Symfony(symfony / polyfill-php70)时都遇到了这个问题。基本上是问题所在, 如消息中所示, 你的系统上没有更新的PRNG, 你需要提供一个。伪随机数生成器(PRNG), 也称为确定性随机位生成器(D
Have you ever experienced this situation below?您是否曾在以下经历过这种情况？ Image by author
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I always seem to run into it. Maybe it’s just my luck…我似乎总是碰到
基础知识首先我们了解一些基础知识（注：文中图片皆可点击放大查看！）：启动子（promoter）：与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。转录起始点（TSS）：转录时，mRNA链第一个核苷酸相对应DNA链上的碱基，通常为一个嘌呤。UTR（Untranslated Regions)：即非翻译区，是信使RNA（mRNA）分子两端的非编码片段。 5'-UTR从mRNA起点的甲基化鸟
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2024-10-16 14:17:26
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参考基因组及注释下载现有比对工具在做mapping之前，都需要下载对应物种的参考基因组做index，而如何选择合适的参考基因组是一件非常重要的事情。现有的参考基因组存储网站三个： ENSEMBL UCSC NCBIUCSC 的命名是hg/mm系列，之前最常用的就是hg19参考基因组了。 ENSEMBL的命名规则则是采用GRCh/m的方式，GRCh37对应hg19，hg38对应GRCh38。 现阶段
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2024-05-11 13:45:39
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各位小伙伴大家好，今天正式开一个新坑：带你玩转分子生物学系列，本系列帮助大家迅速上手各种生物学软件，每周更新一款常用软件，大家有其他想要了解的分子生物学软件也可在下方留言或后台发送名称，尽可能的满足大家的要求。SnapGene是一款分子生物学常用的应用设计软件，该软件提供了直观的用户操作界面，拥有丰富的模块供用户选择，能够帮助用户方便的分析酶切位点、标签、启动子、终止子和复制子等质粒原件，更够生成
做基因组数据分析，可能经常从NCBI的GEO/SRA或者EBI的ENA数据库下载高通量的数据，动辄几十G的数据用wget下载实在太纠结，这时就要用到神器-Aspera了。 使用Aspera，最简单的方法当然就是使用浏览器插件Aspera Connect了，跟迅雷、Flashget的用法差不多，直接单击Aspera支持的下载地址，就自动切换到Aspera的窗口开始下载了。 当我们登录到自己的服务器
在Python中，我们可以通过将代码分成多个模块或函数来实现一段一段编写代码的效果。这种方式有助于提高代码的可维护性和可复用性。下面我将详细介绍如何一段一段编写Python代码。
## 初步准备
在开始编写代码之前，我们首先需要做一些准备工作。我们可以创建一个主文件，例如 `main.py`，用于调用各个模块或函数。同时，我们也可以创建一个名为 `utils.py` 的文件，用于存放一些通用的函
原创
2024-03-24 05:31:15
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Yang, H., Bell, T., Churchill, G. et al. On the subspecific origin of the laboratory mouse. Nat Genet 39, 1100–1107 (2007). https://doi.org/10.1038/ng2087Supplementary Text and Figures这篇2007年发表在NG上的文章
在2018年8月举行的亚运会女子50米仰泳比赛中，中国队的刘湘以26秒98的成绩打破世界女子50米仰泳尘封9年的世界纪录，在赛场上刮起了中国旋风。一年之后的2019年10月2日，在另一个特殊的赛场上，中国人又破了一项尘封9年的世界纪录——全球数据库领域最权威的国际事务处理性能委员会（TPC）在其官网上宣布，阿里巴巴/蚂蚁金服的分布式关系数据库OceanBase打破数据库基准性能测试（TPC-C）的
大佬的记录EasyEnsemble：一种简单的不平衡数据的建模方法（附测试代码）桔了个仔旅居新加坡/AI风控/数据科学/FinTech/码农102 人赞同了该文章摘要虽然我这里洋洋洒洒写了2000字，但实际原理我一句话就能讲完，那就是”通过重复组合正样本与随机抽样的同样数量的负样本，训练若干数量分类器进行集成学习“。但为了让大家对这个算法有深入的了解，还是写一篇详细的文章，顺便跑个数据
# Python将一段序列存为列表
在Python编程中，列表是一种非常重要的数据结构。列表可以存储多个元素，并且可以根据需要进行修改、访问和操作。在本文中，我们将介绍如何将一段序列存储为列表，并提供相关的代码示例。
## 什么是序列？
在计算机科学中，序列是一种有序的数据结构，其中每个元素都有一个唯一的位置。序列可以包含任意类型的元素，比如数字、字符串或者其他对象。在Python中，字符串
原创
2023-12-06 06:31:27
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今天来说说单细胞转录组数据的细胞轨迹分析，学会这些分析结果，距离发文章就只差样本的选择了，有创新性的样本将成为文章的亮点，并不是分析内容了！这期继续介绍 Monocle 3 软件包用于研究细胞拟时性分析也就是细胞的生长发育轨迹分析。前 言单细胞转录组测序(scRNA-seq)实验使我们能够发现新的细胞类型，并帮助我们了解它们是如何在发育过程中产生的。Monocle 3包提供了一个分析单细胞基因表达
养活不断增长的人口是一项重大挑战，尤其是在气候条件迅速变化的情况下。基因组编辑将彻底改变植物育种，并有助于确保全球粮食供应。2021年2月12日，中国科学院遗传与发育生物学研究所高彩霞在Cell 在线发表题为”Genome engineering for crop improvement and future agriculture“的综述文章，该综述将重点介绍新开发的技术，同时回顾植物
# 寻找完整的一段字符
在Java中，我们经常需要在一段字符中找到完整的一段。这可能是一个单词、一个句子或者一段特定的文本。在这篇文章中，我们将探讨如何使用Java编程语言来寻找完整的一段字符，并提供相关的代码示例。
## 寻找单词
首先，我们来看如何在一段文本中寻找一个完整的单词。下面是一个简单的示例代码：
```java
public String findWordInText(Str
原创
2024-05-29 06:36:46
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【1】Science China:Life Sciences：研究建立高效制备基因编辑猪技术体系2022年3月30日报道，近日，中国农业科学院北京畜牧兽医研究所动物基因工程与种质创新科技创新团队联合深圳农业基因组研究所动物基因组研究中心，成功建立了一种名为报告RNA富集的双引导RNA核蛋白（RE-DSRNP）的高效编辑技术体系，可用于快速制备无外源DNA基因编辑克隆猪，并利用该体系首次成功获得了
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2024-08-26 13:12:50
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单调子序列包含有单调递增子序列和递减子序列，不失一般性，这里只讨论单调递增子序列。首先，从定义上明确我们的问题。给定序列a1, a2, …, an，如果存在满足下列条件的子序列ai1<=ai2<=…<=aim, (其中i1<i2<…<im)即称为一个原序列的长度为m的单调递增子序列，那么，现在的问题是我们要找出一个序列的最长的单调递增子序列。 直观
