如果不为其设置，将会默认编码为utf-8，并且不会换行等，生成的XML就会不美观，在网上搜索了，原到有采用这样设置编码的：
Document doc = new Document(); //内存中已构造好的jdom Document对象
XMLOutputter output = new XMLOutputter(2, true, "GB2312"); //2是指缩进2个字符，true表示用换行，－－增强可读性
FileOutputStream out = new FileOutputStream(fileName);
output.output(doc, out);
这是JDOM1.0以前支持的设置编码方法，以后的版本就没有了，JDOM已经将这一块功能给剥离出来，形成了Format对象，所有的设置都在该类当中处理，如下：
XMLOutputter out;    
Format format = Format.getCompactFormat();    
format.setEncoding("gb2312"); //setEncoding就是设置编码了    
format.setIndent("         "); //setIndent是设置分隔附的意思，一般都是用空格，就是当你新节点后，自动换行并缩进，有层次感，如果这样写setIndent("")，就只有换行功能，而不会缩进了，如果写成setIndent(null)，这样就即不换行也不缩进，全部以一行显示了，默认的就是这样的效果，不好看。    
out = new XMLOutputter(format);    
out.output(xmlDoc, new FileOutputStream("xml文件路径"));
完整的JDOM创建XML文件代码如下：
package com.star.jdbc;

import java.io.FileOutputStream;

import org.jdom.Document;
import org.jdom.Element;
import org.jdom.Namespace;
import org.jdom.Text;
import org.jdom.output.Format;
import org.jdom.output.XMLOutputter;

import junit.framework.TestCase;

public class TestXML extends TestCase {
    
  public void testCreate(){
    try{
      Document doc = new Document();
        
      Namespace ns = Namespace.getNamespace("http://www.bromon.org");
      Namespace ns2 = Namespace.getNamespace("other", "http://www.w3c.org");
        
      Element root = new Element("根元素", ns);
      root.addNamespaceDeclaration(ns2);
      doc.setRootElement(root);
        
      Element el1 = new Element("元素一");
      el1.setAttribute("属性", "属性一");
      Text text1 = new Text("元素值");
        
      Element em = new Element("元素二").addContent("第二个元素");
      el1.addContent(text1);
      el1.addContent(em);
        
      Element el2 = new Element("元素三").addContent("第三个元素");
        
      root.addContent(el1);
      root.addContent(el2);
        
      XMLOutputter outputter = null;
      Format format = Format.getCompactFormat();
      format.setEncoding("GB2312");
      format.setIndent("    ");
      outputter = new XMLOutputter(format);
        
      outputter.output(doc, new FileOutputStream("C:\\a.xml"));
    }catch(Exception e){
      e.printStackTrace();
    }
  }
}
当用JDK自带的解析器来解析XML文件时，DocumentBuilder的parse()方法接收一个XML文档名作为输入参数，返回一个Document对象，这个Document对象就代表了一个XML文档的树模型。以后所有的对XML文档的操作，都与解析器无关，直接在这个Document对象上进行操作就可以了。
提示：如果XML文件是放在当前WEB应用的"WEB-INF/classes"目录下时，则在读取XML文件前要设置parse()方法中的参数，如本例在parse()方法中设置的参数为：this.getClass().getResourceAsStream("/user.xml");这种方法安全性较好，因为WEB-INF目录是客户端无法访问的文件夹。如果XML文件是放在与JSP文件同一目录中，则参数应改为：pageContext.getServletContext().getRerouceAsStream("/user.xml");。提倡使用前一种方法。