1、进入php源码包安装路径pdo_mysql目录里面
/usr/local/src/php/package/php-5.6.29/ext/pdo_mysql

2、运行phpize,在该目录下生成一个configure文件
/usr/local/php/bin/phpize

3、运行config,指定mysql和php目录位置
./configure --prefix=/data/php --with-pdo-mysql=/data/mysql/bin/mysql_config --with-php-config=/data/php/bin/php-config --with-zlib-dir=/root/php-5.6.25/ext/zlib

4、编译安装,生成mysql.so
make && make install

5、修改php.ini文件,添加mysql.so扩展配置,保存退出
vim /data/php/etc/php.ini
extension=pdo_mysql.so

6、重启php-fpm
service php-fpm restart

7.测试,在web目录下添加php文件,如/data/nginx/html/mysql.php

<?php
$con = mysql_connect('localhost','root','');
if($con){
    die('ok');
}else{
    die('Could not connect: ' . mysql_error());
}

访问URL,如:http://ip/mysql.php
显示ok,则配置成功