chunk 算法
PT-TABLE-CHECKSUM 首先对要比对的表根据 index 信息分块（chunk），分块的逻辑使用了 Percona Toolkit 中被称为 nibbling 的算法，此算法在 Percona Toolkit 的很多组件比如 pt-archiver，pt-table-sync 等组件中都有使用，下回分解；
checksums 表结构
PT-TABLE-CHECKSUM 连接一个 MySQL 集群的 master 节点， 在 master 节点上创建如下结构的数据表，注意 Primary Key 为 database + table + chunk，也就是每个数据表的每个分块在 checksums 表里都会有且只有一条记录；此表在 master 节点上创建，通过 MySQL binlog 协议在每个连接此 master 节点的 slave 节点上都会创建：

  CREATE TABLE checksums (
     db             CHAR(64)     NOT NULL,
     tbl            CHAR(64)     NOT NULL,
     chunk          INT          NOT NULL,
     chunk_time     FLOAT            NULL,
     chunk_index    VARCHAR(200)     NULL,
     lower_boundary TEXT             NULL,
     upper_boundary TEXT             NULL,
     this_crc       CHAR(40)     NOT NULL,
     this_cnt       INT          NOT NULL,
     master_crc     CHAR(40)         NULL,
     master_cnt     INT              NULL,
     ts             TIMESTAMP    NOT NULL DEFAULT CURRENT_TIMESTAMP ON UPDATE CURRENT_TIMESTAMP,
     PRIMARY KEY (db, tbl, chunk),
     INDEX ts_db_tbl (ts, db, tbl)
  ) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8;

db：数据库
tbl：数据表
chunk：序列号
chunk_time：执行时间？
chunk_index：
lower_boundary + upper_boundary ：当前 chunk 的上下限条件信息；
this_crc：在当前数据库服务器上的当前数据表的当前 chunk 中所有记录的 crc 计算结果；
this_cnt：在当前数据库服务器上的当前数据表的当前 chunk 中所有记录的条数；
master_crc：master 节点数据库服务器上的当前数据表的当前 chunk 中所有记录的 crc 计算结果；
master_cnt：master 节点数据库服务器上的当前数据表的当前 chunk 中所有记录的条数；
ts：本条记录的时间戳，记录有变化就会更新；
执行流程
如下是 PT-TABLE-CHECKSUM 的执行结果输出：

root@a4ea42f908f1:/# pt-table-checksum -h 127.0.0.1 --user root --password master_root_password --databases my_database
Checking if all tables can be checksummed ...
Starting checksum ...
            TS ERRORS  DIFFS     ROWS  DIFF_ROWS  CHUNKS SKIPPED    TIME TABLE
07-05T07:07:20      0      1        2          0       1       0   0.403 my_database.test

如果此 master 有多个 slave ，则执行结果会生成多个类似上图的表格，每个 slave 一个。
通过分析 MySQL binlog 日志，PT-TABLE-CHECKSUM DEBUG 信息和 PT-TABLE-CHECKSUM 源码整理 PT-TABLE-CHECKSUM 的核心工作流程如下：
在 master 节点上计算 this_crc 和 this_cnt，并将结果更新到 master 节点的 checksums 表；

# pt_table_checksum:11780 506 REPLACE INTO `percona`.`checksums` (db, tbl, chunk, chunk_index, lower_boundary, upper_boundary, this_cnt, this_crc) SELECT ?, ?, ?, ?, ?, ?, COUNT(*) AS cnt, COALESCE(LOWER(CONV(BIT_XOR(CAST(CRC32(CONCAT_WS('#', `id`, `name`)) AS UNSIGNED)), 10, 16)), 0) AS crc FROM `my_database`.`test` /*checksum table*/ lower boundary: upper boundary:

所有连接此 master 节点的 slave 节点通过 binlog 协议接收到 replace select SQL，然后在本地执行 replace select 更新本地的 checksums （this_crc,this_cnt）;
此时整个 MySQL 集群所有服务器上的 checksum 表还剩 master_crc 和 master_cnt 没有值。PT-TABLE-CHECKSUM 连接 master 节点执行类似如下的SQL查询当前正在处理的数据表 chunk 的 this_crc 和 this_cnt 信息，然后更新到此及记录的 master_crc 和 this_cnt（master 节点的 this 也就是 master）：

SELECT this_crc, this_cnt FROM $repl_table WHERE db = ? AND tbl = ? AND chunk = ?

UPDATE `percona`.`checksums` SET chunk_time = '0.027939', master_crc = '9b4fefe3', master_cnt = '2' WHERE db = 'my_database' AND tbl = 'test' AND chunk = '1' ；

在 master 节点上执行的 UPDATE 语句，通过 MySQL binlog 协议在所有的 slave 节点原样执行，更新 slave 节点本地的 checksums 表上的记录的 master_crc 和 master_cnt 信息；
查询每个 slave 上的 checksums 表整合输出结果；

SELECT CONCAT(db, '.', tbl) AS `table`, chunk, chunk_index, lower_boundary, upper_boundary, COALESCE(this_cnt-master_cnt, 0) AS cnt_diff, COALESCE(this_crc <> master_crc OR ISNULL(master_crc) <> ISNULL(this_crc), 0) AS crc_diff, this_cnt, master_cnt, this_crc, master_crc FROM `percona`.`checksums` WHERE (master_cnt <> this_cnt OR master_crc <> this_crc OR ISNULL(master_crc) <> ISNULL(this_crc))  AND (db='my_database' AND tbl='test')