先说前提条件，我的AndroidStudio版本是2.2 Preview 3，版本是2.1的同学应该也是一样的。
然后说结论吧，有些同学可能赶着做项目：
结论：
so包应该放在相应模块（比如app模块）下的src目录下的main目录下的jniLibs目录。
注意是jniLibs，最后边有个s，不是jniLib，并且L要大写。如果你在src/main目录中看不到jniLibs目录，那你只需要自己建一个这个目录就可以了，然后把你的so包按编译平台分类拷贝进去就可以了。然后呢？然后就完了，就这样就可以了，因为系统默认就会去这个目录中找对应的so包。如下图所示：
接下来有兴趣的同学可以了解下为什么是这样。
也许有人说，so包应该跟jar包一样呗，放在对应模块的libs目录下，eclipse就是这样的。有这么简单吗？答案是：NO
原理：
其实在AndroidStudio中，我们之所以可以把jar包放在对应模块的libs目录下，比如app模块（也就是通常意义下的主工程了）的libs目录中，而不需要再去配置build.gradle文件，就可以正常使用这些jar包，是因为在AndroidStudio中新建项目时，系统已经在默认为我们配置好了gradle，如果仔细看模块下的build.gradle文件的话，一般会有这么一句：
dependencies {
compile fileTree(dir: 'libs', include: ['*.jar'])
}看到了吧，这句就是告诉gradle，我们的第三方jar包在libs目录下，如果没有这一行配置，那么理论上我们把jar包直接放在libs目录下其实是不行的，只不过新建项目时系统已经为我们配好了。这里libs是个相对路径，因为我们的build.gradle文件本身就在app模块下，那么这里的libs当然也就是指app模块下的libs，其实build.gradle文件中所有的路径都可以写相对路径，我们下边讲的so包的路径也是只写相对路径就可以了。
OK，言归正传，现在知道jar包的引入原理了，那么so包为什么要放在那么奇怪的目录下？能不能放在任意一个自定义的目录呢？当然是可以的。
其实在build.gradle中，默认会有一些这样的配置：
sourceSets {
main {
jniLibs.srcDirs = ['src/main/jniLibs']
aidl.srcDirs = ['src/main/aidl']
}
}这些配置在你新建工程之后，在build.gradle文件中默认是没有的，因为默认就是这样的，当然也就不写也可以，当然你写出来也没错。意思是so包就去src/main/jniLibs目录下找，aidl文件默认就到src/main/aidl目录下找。。。当然还有许多其它的配置，你还可以配置你的AndroidManifest.xml文件在哪里，还可以配置你的java代码在哪里，如果你不配的话都会有一个默认值，这里只是以jniLibs和aidl为例而已。
看到这里你应该就明白了，为什么我们把so包直接放到src目录下的main目录下的jinLibs目录就可以了，而不需要配置gradle文件了，因为系统默认就会到这个目录下找，如果你想把so包放在一个你喜欢的地方，比如直接放在app目录下的myJniLibs目录下，那你只需要把上面内容改成：
sourceSets {
main {
jniLibs.srcDirs = ['myJniLibs']
aidl.srcDirs = ['src/main/aidl']
}
}这样就可以了。明白了原理，似乎一切都明了了，同理，如果不想把aidl文件放在默认目录下，也可以改aidl.srcDirs的值，如果不想把java代码放在默认目录，就可以改java.srcDirs的值，如果不想把资源文件放在默认目录下，就可以改res.srcDirs的值。。。还有几个，同学们慢慢去研究吧，如果你想把目录结构改的跟eclipse下的工程一样，就改这里的值就可以，不一一细说了。
