在Linux系统中，passwd命令被用于更改用户密码。当用户更改密码时，密码会被加密存储。其中，MD5加密算法被广泛用于加密密码。MD5是一种单向加密算法，它将输入转换为固定长度的加密字符串，使得无法通过加密字符串逆向推导出原始输入数据。

在Linux中，用户的密码存储在/etc/shadow文件中。密码存储的格式通常是username:password:other_fields。密码字段通常以$开头，后面跟着加密算法的标识符和加密后的密码字符串。例如，$1$表示使用MD5加密算法。

当用户更改密码时，passwd命令会自动生成一个随机的盐值，并将盐值和用户输入的密码一起通过MD5算法加密，然后将加密后的密码存储在/etc/shadow文件中。通过这种方式，即使有人获得了/etc/shadow文件，也无法直接获取用户的原始密码。

然而，MD5算法并不是绝对安全的。由于MD5是单向加密算法，虽然无法逆向推导出原始密码，但是可以通过暴力破解的方式进行破解。暴力破解是通过不断尝试所有可能的密码组合，直到找到与加密后的密码相匹配的原始密码。

对于安全性要求比较高的系统来说，建议使用更加安全的加密算法，如SHA-256或者bcrypt。这些加密算法更加复杂，且计算成本更高，可以提高密码的安全性。

总的来说，Linux系统中使用MD5加密算法存储用户密码是一种常见的做法。虽然MD5不是绝对安全的加密算法，但可以在一定程度上保护用户密码的安全性。为了进一步加强系统的安全性，建议使用更加安全的加密算法，并定期对用户密码进行更新。