在Linux系统下，连接MySQL数据库时，经常会涉及到端口的设置和使用。MySQL数据库默认使用3306端口进行通信，因此在连接MySQL数据库时，需要确保客户端程序能够成功访问这个端口。

在Linux系统上使用MySQL数据库，首先需要安装MySQL客户端软件。一般来说，通过命令行工具可以很方便地安装MySQL客户端，例如在Ubuntu系统上可以通过以下命令安装MySQL客户端：

```
sudo apt-get install mysql-client
```

在安装完成之后，可以通过命令行工具连接到MySQL数据库。连接MySQL数据库需要指定主机、端口、用户名和密码等参数。如果MySQL数据库运行在本地服务器上，主机参数可以使用localhost或者127.0.0.1，端口参数默认为3306。

假设需要连接的MySQL数据库主机为localhost，用户名为root，密码为123456，可以通过以下命令连接数据库：

```
mysql -h localhost -P 3306 -u root -p123456
```

其中-h参数指定主机名，-P参数指定端口号，-u参数指定用户名，-p参数后接密码。连接成功后，可以使用SQL语句对数据库进行增删改查操作。

在一些情况下，MySQL数据库可能不是运行在默认的3306端口上，而是在其他端口上进行监听。这时候需要在连接数据库时指定端口号。假设MySQL数据库运行在端口号为3307的端口上，连接命令可以修改为：

```
mysql -h localhost -P 3307 -u root -p123456
```

通过指定-P参数指定端口号为3307，即可成功连接MySQL数据库。在实际应用中，根据MySQL数据库实际监听的端口号，调整连接命令中的端口参数即可。

总的来说，在Linux系统下连接MySQL数据库，需要确保MySQL客户端软件已经安装，并且正确指定主机、端口、用户名和密码等连接参数。根据不同情况可能需要修改连接命令中的端口参数，以确保成功连接到MySQL数据库。只有正确设置端口参数，才能够顺利连接到MySQL数据库并进行数据操作。