chemdraw怎么导出为pdb格式

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mob64ca140f9cec 2024-09-29 12:22:36

文章标签 chemdraw怎么导出为pdb格式 vscode 编辑器 ide markdown 文章分类 机器学习人工智能

原因

一直比较喜欢用markdown写东西，毕竟对写作十分友好，但是写论文，排版和引用文献又几乎离不开word，平时用markdown写东西想引用文献，图片交叉引用等等也不是很方便，偶然发现vsc插件markdown preview enhanced 功能强大可以配合pandoc获得不错的写作体验，于是我就搞了一些，花了两天时间。
最终也不是特别满意，虽然写起来没有问题，但是感觉配置比较复杂，可能会遇到bug。不过至少实现了用md写文献的想法。md原生支持的或者tex支持的比如数学公式，表格，图片，代码块之类的没有问题，但是像我用chemdraw画的化学结构就只能转成图片插件去，这点不如word。
用我的这个方法不但可以使得引用的文献（reference）格式统一，自动编号，自动对引用位置（cite）格式编号进行设置，还可以自动对图片，表格进行编号，格式统一，交叉引用生成的文件内部添加链接，点击直达。

需要的软件

vscode

markdown preview enhanced
markdown all in one
markdownlint
paste Image
citation picker for zotero
zotero LaTeX

主要是前面5个，其他的可选，只要不冲突装几个都行

pandoc：开源的强大的文件转换软件，没有GUI只有命令行
pandoc-crossref （版本要与pandoc匹配，版本不对不能用）：图，表格等交叉引用，算是pandoc的一个插件
miktex：tex的发行版，在这里是pandoc用来把md转换成pdf的，也可以安装texlive，只是觉得texlive是全安装，好几个G的东西只拿来转换pdf比较浪费，miktex是用的时候才会安装相应的引擎，比较小
上面这几个我都用scoop安装的，如果不用scoop，安装好之后要写入环境变量，保证命令行可以直接调用就行。
zotero：文献管理软件，类似endnote，开源的，被誉为文献管理软件中的”瑞士军刀“，十分好用。如果用其他文献管理器，把文献导入进去就行，主要是为了生成bib，以及引用文献，可以只把它作为一个在论文中插文献引用的软件也是可以的。

配置

zotero

可以参考别的地方

知乎文章——插件安装，其中最重要的是Better BibTex，其他插件可选

导入文献，不同文献管理器导入方法不同，可以上网查一下，方法很多，都很方便，如果不想把它作为主力文献管理器，可以不用导入文件，也不用分类。

导出bib：文件——》导出文献库》better BibLatex（勾选keep updated，随时更新导出的文件）最好保存到你写的文章的位置，不保存到那里也行。

chemdraw怎么导出为pdb格式_markdown

MikTex

基本不用设置

chemdraw怎么导出为pdb格式_ide_02

双击miktex-portable，可以打开miktex配置窗口，可以更新一下，也可以不更新，主要要用它的pdflatex和xelatex，但是不需要手动安装，会在第一次运行的时候自动安装。

vscode

这个方法的核心就是markdown preview enhanced（MPE）这个插件。但是在这之前，先配置好其他的部分。
首先是配置文件：

"markdown-preview-enhanced.pandocMarkdownFlavor": "markdown+raw_tex+tex_math_dollars",
    "markdown-preview-enhanced.usePandocParser": true,
    "markdown-preview-enhanced.mathRenderingOption": "MathJax",
    "[markdown]": {
        "editor.defaultFormatter": "DavidAnson.vscode-markdownlint"
    },
    "markdown-preview-enhanced.pandocPath": "pandoc",
    "markdown-preview-enhanced.pandocArguments": [
        "--filter=pandoc-crossref",
        "--number-sections",
    ],
     "markdown-preview-enhanced.enableExtendedTableSyntax": true,
    "markdown-preview-enhanced.enableHTML5Embed": true,
    "markdown-preview-enhanced.latexEngine": "xelatex",

chemdraw怎么导出为pdb格式_ide_03

这里一定记得勾选上，不然会使用默认的markdown-it渲染，无法渲染出引用文献和交叉引用来
勾选了这个，默认的数学公式处理器（mathRenderingOption）KaTeX就失效了，选用MathJax就好了
latexEngine要选xelatex，pdflatex对中文支持不好，配置麻烦
pandocArguments配置中--filter=pandoc-crossref可以理解成添加pandoc-crossref插件，用于交叉引用，--number-sections是对章节目录添加序号，注意这两个参数只在预览中起作用

其他插件可以根据需要自行配置，有些插件是对内部预览器进行更改，对MPE无影响，所以没必要下载。

使用

文件头

---
title: xxx
bibliography: "../../bib/我的文库.bib"
pandoc_args:
- "--csl=../../bib/chinese-gb7714-2005-numeric.csl"
figureTemplate: $$figureTitle$$ $$i$$ $$t$$
figureTitle: 图
output:
  pdf_document:
    latex_engine: xelatex
    pandoc_args: [
      "--csl=../../bib/chinese-gb7714-2005-numeric.csl",
      "--filter=pandoc-crossref",
      "--number-sections"
    ]
    template: "mydir\\template.latex"
---

两个---中间的部分叫front matter，用于定义一些marddown信息，具体可以查看MPE文档

其中：

bibliography :表示zotero生成的bib文件所在的位置，可以是相对路径也可以是绝对路径，比较推荐绝对路径。打开bib文件里面大概是下面的样子，其中citekey是唯一的并且可以自行定义的，用于引用这一篇文章，在生成pdf的时候，pandoc会根据citekey去bib文件中查找文章信息，并根据csl格式将需要的信息拿出来生成reference（结尾的一长串文献）。因此要告诉pandoc这个bib在哪里

@article{citekey,
  title = {},
  author = {},
  date = {},
  journaltitle = {},
  shortjournal = {},
  volume = {},
  number = {},
  eprint = {},
  eprinttype = {},
  pages = {},
  issn = {},
  doi = {},
  abstract = {},
...
}

csl：就是结尾的reference所用的格式，用于告诉pandoc，作者放前面还是文章名放前面，作者写几个，姓名格式用不用缩写，后面先写年份还是先期刊名，大写小写，字体，大小等等信息。可以在zotero中下载（编辑——》首选项），也可以自己编辑：
output：表示输出文件的一些参数，不影响在右侧的显示，这一部分作用是：右侧预览窗口中，右键——》Pandc输出想要的格式的文件的

pdf_doucment：表示输出成pdf
latex_engine:xelate输出成pdf的时候用的引擎
csl：与上面不同的是，上面影响的预览窗口的格式，下面影响的输出文件的格式，两者互不影响
filter：也是只在输出的时候起作用，另外在MPE设置中设置的两个参数则不再起作用
number-sections：对文章标题编号
tempalte：latex模板，需要进行一些设置

在这里还可以通过设置pandoc_args:设置很多pandoc的参数，pandoc有着复杂的参数，可以查看pandoc文档另外除了title，还可以设置，abstract，author等等各种文档信息，参考MPE文档

注意pandoc转换成pdf的方法其实是先转换成tex文件，然后在通过tex引擎转换成pdf，所以需要向tex一样需要一个模板，pandoc是自带一个默认模板的。
pandoc -D latex > template.latex可以获取默认模板，默认模板不支持中文，因此需要做一些更改,如果你生成的模板跟我的差不多的话，可以在90行-117行之间添加比下面少的部分，设置中文字体，主要要设置你电脑上有的字体，不然也会报错，另外我尝试中文设置微软雅黑:Micorsoft YaHei发现是不行的，不知道为啥。这里可以参考tex排版知识，只不过语法复杂，学习起来困难，不如直接模仿。

$if(linestretch)$
\usepackage{setspace}
$endif$
\usepackage{iftex}
\ifPDFTeX
  \usepackage[$if(fontenc)$$fontenc$$else$T1$endif$]{fontenc}
  \usepackage[utf8]{inputenc}
  \usepackage{textcomp} % provide euro and other symbols
\else % if luatex or xetex
  \usepackage{fontspec} 	% 允許設定字體
  \usepackage{xeCJK} 		% 分開設置中英文字型
  \setCJKmainfont{SimHei} 	% 設定中文字型
  \setmainfont{Times New Roman} 	% 設定英文字型
  \setromanfont{Times New Roman} 	% 字型
  \setmonofont{Courier New}
  \linespread{1.2}\selectfont 	% 行距
  \XeTeXlinebreaklocale "zh" 	% 針對中文自動換行
  \XeTeXlinebreakskip = 0pt plus 1pt % 字與字之間加入0pt至1pt的間距，確保左右對整齊
$if(mathspec)$
  \ifXeTeX
    \usepackage{mathspec}
  \else
    \usepackage{unicode-math}
  \fi
$else$
  \usepackage{unicode-math}
$endif$

文件内容

交叉引用

图片添加标题

![imgname](imgpath){#fig:imgcitekey}

与一般md中插入图片不同的是，imgname是必填的，因为会作为图片的标题，{}中内容可以理解为添加一个锚点，#fig表示是图片，冒号后面是引用的key，要保证是唯一的，一般可以用图片的题目，这样自己写起来也不容易混乱，另外，cite可以中是不能有空格的，也不能有冒号，括号等等。
注意这里{}要紧跟前面，不能有空格

引用图片：

引用图片[@fig:imgcitekey]

[]中@表示引用，引用图片的citekey

图表等等内容方法类似，只不过相应标志换成了tbl，可以查看pandoc-crossref文档

实例：

chemdraw怎么导出为pdb格式_markdown_04

chemdraw怎么导出为pdb格式_chemdraw怎么导出为pdb格式_05

引用文献

首先要保证zotero打开

在vscode中alt+shift+z或者ctrl+shift+p——》Zotero Citation Picker,打开下面的窗口（可能不会跳出来，需要到zotero界面去找）

chemdraw怎么导出为pdb格式_ide_06

chemdraw怎么导出为pdb格式_vscode_07

可以直接输入要插入的文章名称或者其他信息，下面会直接出搜索结果，也可以选择经典视图去直接找要插入的文章。然后输入enter插入即可。

实例：

引用文献[@mycitekey]

注意这里要手动加[]

chemdraw怎么导出为pdb格式_chemdraw怎么导出为pdb格式_08

导出

MPE可以用pandoc导出各种格式文件，包括docx。
在配置好pandoc路径之后，在预览窗口，右击——》Pandoc即可自动导出成pdf

一开始我总是遇到找不到xelatex 引擎的问题，虽然设置了--pdf-latex=xelate，但是在powershell使用pandoc可以，最后把xelatex手动添加到了系统环境变量，然后重启电脑，才正常的。

中间好多次出现下面的问题：

命令行导出

chemdraw怎么导出为pdb格式_ide_09

template 配置文件有问题，pandoc我所用版本默认配置文件没问题，从网上下载的别人的template有问题，我手动将默认的导出并在默认基础上修改的，具体如上

chemdraw怎么导出为pdb格式_chemdraw怎么导出为pdb格式_10

字体设置问题，中文字体使用微软雅黑不行，使用宋体，黑体等等可以，可能是因为微软雅黑是多种字体在一起，无法识别或者说无法选择

也是字体问题，同样是因为微软雅黑不行

照片路径问题，pandoc转换时候，是根据当前路径转换，相对路径不好使，相对路径只能在md文件所在目录执行pandoc

成功生成pdf但是中文全是空白

字体问题，还是要在template中设置合适字体，微软雅黑不行

生成的文件没有参考文献

filter=pandoc-crossref必须在output部分定义，之前定义的只影响右侧显示，其他参数同理

chemdraw怎么导出为pdb格式_ide_13

md图片引用后面要有空行，不然就会识别不到citekey信息，图片标题也不显示

总结

能实现这两个功能确实不容易，但是也会牺牲md一些其他的扩展功能，比如mermaid思维导图流程图等等，另外也会让渲染变慢，对md格式要求更高一些（比如之前图片后面不用空行）。不过相比与能引用文献，这些都是小事情。

问题补充

中文首行缩进

可以按原来md方法进行首行缩进，但是每段都要设置比较麻烦。
在windows中，~/.mume目录下，可以设置mpe预览的格式
使用如下代码,在style.less中可以设置首行缩进：

/* Please visit the URL below for more information: */
/*   https://shd101wyy.github.io/markdown-preview-enhanced/#/customize-css */

.markdown-preview.markdown-preview {
  // modify your style here
  // eg: background-color: blue;
  p {
    text-indent: 2em;//首行缩进
  }
}

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