一.下载apktool（这个就去百度，Google吧，很多的）
二.使用apktool 反编译
三.修改反编译的工程
1>.修改包名（如果往GooglePlay上发布应用，会验证包名，如果有重复的包名，会上传失败）
（a）.包名修改包含so文件下的包名修改和smali代码里包名的修改，还有res文件夹下资源下的一些引用包名的修改
（b）.so文件下的包名修改：使用UtraEdit打开so文件，里面显示内容为16进制，但是英文字符串显示正常，一般包名就在英文字符串里，使用Ctrl+F；查找一下 ，然后替换成要修改的包名，比如美图秀秀的so,根据包名路径，搜索包名是一定要在前面加一个“/” , 找到包名之后，把已有包名改成自己想要的包名，一般修改最后一个字母即可。
（c）根据以上步骤把所有的so文件都查找修改一遍，不要遗漏；
（d）smali 代码中的包名修改：为了简单操作，使用工具JetBrains PyCharm Community Edition（http://www.jetbrains.com/pycharm/），这个工具好像是Python的，感觉很不错，有些像intellij idea；打开软件后，FileàOpenà你的工程目录;
打开之后如下图：
双击展开smalià右键单击àReplace in Path
填写完要替换的数据后点击Find，这样就能把要完成所有的替换了。
（c）.替换res下的包名：跟步骤（b）类似，这里就不相信说了。
2>.修改Smali 代码：如果要修改Smali代码，就要稍微了解一下smali语法，这里就不细讲了，附上一个博客地址：，如要往一个Smali里文件里添加代码，那么也要使用smali语法，所以在最好先将自己写好的代码编译后，然后再反编译成smali，然后copy过去就好。这里主要讲讲如何在调试反编译后的Smali工程。
以下步骤参考：http://bbs.pediy.com/showthread.php?t=189610
（a） 首先要将apk反编译，还是使用apktool,命令如下：
java -jar apktool.jar d -d myapp.apk -o out （这里一定要用-d,否则得不到。Java的文件，另：out是一个路径，用来存放反编译后的工程）
（b） 找到反编译好的工程目录，设置调试标记，调试标记要在清单文件中设置，找到application节点，设置属性android:debuggable="true"
（c） 找到主Activity，即在清单文件中action为main,category 为Launcher的Activity，找到它的onCreate 方法，在第一行添加如下代码：（要带上前面的a=0//）
a=0;// invoke-static {}, Landroid/os/Debug;->waitForDebugger()V
（d） 保存文件后，然后将文件重新打包成apk,命令如下
java -jar apktool.jar b -d out -o debug.apk
（e） 将重新打包的Apk安装到手机或模拟器上，打开运行，会看到白屏，这是因为在刚执行onCreate()方法就添加了WAITFORDEBUGGER代码，所以为停到这里，会一直挂起，在这里不要退出。
（f） 这里就要开始设置调试环境：把反编译之前生成的工程删掉build文件夹。
（g） 打开eclipse，创建一个Java工程 File -> New -> Project -> Java Project ，Use default location选项去掉，Location选择out（你反编译的工程文件夹）文件夹，然后Next，
（h） 将smali文件夹设置为如下
（i） 在Eclipse中找到主Activity，然后找到onCreate方法，在
a=0;// invoke-static {}, Landroid/os/Debug;->waitForDebugger()V；找到一个你想调试的方法添加断点就可以了，
（j） 打开DDMS,如过按以上步骤做了的话，应该会找到调试程序，如下图所示,其中对应程序最后一栏为8601/8700，其中8601即为调试该程序的端口。
（k） 回到Eclipse，找到菜单Run -> Debug -> Debug Configurations
（l） 以上设置之后，就可以点击Debug，开始调试了，这时Eclipse会自动切换至DEBUG视图，并看到程序已经运行并中断在下一行可执行的代码了，相关的变量可以直接查看了。
注; 已经可以用eclipse调试smali了，上面的例子是从程序开头的地方开始调试，但要调试到自己所关心地方的代码处确实麻烦。建议先用jd-gui等软件直接查看反编译的java代码，确定要调试的位置后，再进入smali定位断点并实时调试，就可以事半功倍
