为什么要进行Java环境配置

1、上一期,网络图是个啥---基础篇,小编为大家介绍了花式网络图,还记得小编说要分享如何做绘制好看的网络图吗?小编是个诚信之人,因此今天我们继续,在讲绘图前,先讲讲绘网络图的主咖cytoscape的前置任务,没有Java环境你下载的cytoscape就废了。

2、宝宝们,应该知道我们之前也分享过大家都很爱的基因集富集分析GSEA分析,超详细教程│GSEA基因集富集分析,同时近期我们也倾情推出续篇,GSEA分析高级篇。是的,聪明如你肯定也想到了,不止cytoscape这一款软件需要Java环境,我现在所说的GSEA软件运行也需要。

3、做完测序后想对感兴趣的突变位点、可变剪接、甲基化DMR、ATAC-seq的peak等,进行测序reads覆盖度的可视化,这里您需要IGV:基因组可视化工具第一弹:IGV,是的IGV也需要安装Java配置环境变量。

You Got It?小编就不再继续啰嗦了。我们进入正题。


下载Java SE development

创建账号:https://profile.oracle.com/myprofile/account/create-account.jspx。填写完基本信息后,oracle会向您的注册邮箱中发送电子邮件,其中附有确认电子邮件地址的按钮,登陆注册邮箱后点击链接确认即显示创建成功。

进入Java SE下载地址:https://www.oracle.com/java/technologies/javase-jdk14-downloads.html。

截至2020年4月最新的版本是JDK 14.0.1。软件安装的userguide参见,https://docs.oracle.com/en/java/javase/14/install/overview-jdk-installation.html#GUID-8677A77F-231A-40F7-98B9-1FD0B48C346A。


选择适合自己的版本下载,如果不知道自己什么系统,可以通过“控制面板\系统和安全\系统”进行查看,比如我的的是windows x64,在弹出的框中勾选I reviewed and accept后,点击download jdk。

java输入怎么写不了 为什么输入java-version没反应_java绘图

java输入怎么写不了 为什么输入java-version没反应_zip 里有文件夹 java_02

如果您开始没注册,此处勾选I reviewed and accept后,点击download jdk时,会要求您注册登陆。如果你点击downdoad后没反应,可以更换浏览器再次尝试。下载其中的一种即可。不需要2种都下载,下面我会讲一下.exe和.zip区别。

java输入怎么写不了 为什么输入java-version没反应_java绘图_03

为了进行比较,我把2种格式的都下载了,一种是exe格式,一种是.zip格式。


安装Java SE development

如果您下载的是.exe格式的,双击exe-->下一步-->可以更改路径,也可以不改,注意路径必须是全英文-->下一步-->安装中。

java输入怎么写不了 为什么输入java-version没反应_zip 里有文件夹 java_04

java输入怎么写不了 为什么输入java-version没反应_zip 里有文件夹 java_05

java输入怎么写不了 为什么输入java-version没反应_java绘图_06


上下滑动查看图片

如果您下载的是.zip格式的,直接拷贝解压,一般还是选择C:\Program Files (x86)等路径(不能有中文文件夹)。

java输入怎么写不了 为什么输入java-version没反应_java绘图_07


配置环境变量

进入  控制面板\系统和安全\系统  界面,点击  “高级系统设置”  ,在“高级”选项卡界面找到“环境变量”进行设置。

java输入怎么写不了 为什么输入java-version没反应_java输入怎么写不了_08

上下滑动查看图片


新建变量名:JAVA_HOME,变量值为JDK安装路径:C:\Program Files (x86)\jdk-14.0.1;

java输入怎么写不了 为什么输入java-version没反应_zip 里有文件夹 java_09

上下滑动查看图片

接下来对系统变量 “PATH”进行编辑,输入“%JAVA_HOME%\bin” ,其中%JAVA_HOME%就是引用前面指定的JAVA_HOME变量路径。

java输入怎么写不了 为什么输入java-version没反应_java绘图_10

上下滑动查看图片


新建变量:CLASSPATH,变量值:.;%JAVA_HOME%\lib;

java输入怎么写不了 为什么输入java-version没反应_zip 里有文件夹 java_11

上下滑动查看图片



测试JDK

win徽标键+R 打开“运行”,输入cmd,分别依次输入javac、java、java -version、javadoc命令,出现如下所示页面即安装成功。若提示找不到java等则检查前面的操作。

java输入怎么写不了 为什么输入java-version没反应_java绘图_12

java输入怎么写不了 为什么输入java-version没反应_jdk点击安装没反应_13