由于制造业细分行业较多，不同行业的生产模式和管理模式有很大的不同，所以不同行业有不同的MES系统，这反映了制造业的实力。
离散制造和过程制造行业的MES系统是完全不同的，甚至有些行业在市场上找不到解决方案。在离散制造行业中，每个小行业都是不同的，MES也是非常不同的，这也是MES不能标准化的原因。
MES 在流程行业和离散行业应用的区别，最关键的在于流程行业和离散行业的生产组织形式的不同。
流程行业大批量、连续的生产组织形式决定了MES主要是解决一进一出（原材料、成品管理）、生产批记录等需求；离散行业以多品种、单个加工工位的生产形式决定了 MES 除了需要解决原材料等管理外，还需要解决生产计划的制定和调度、各个工位设备与人的协调、品种切换中的工艺变更等需求。
在离散制造行业，由于行业的特殊性，详细调度模块和实时数据采集模块的使用并不令人满意，所以企业应该采用人工干预的方法来解决这个问题。因此，在企业选择时，需要考虑这些模块是否具有良好的切入点或接口，以便于人为干预。
MES管理系统对离散制造数据采集的逻辑处理实现智能化、透明化、可预测性和可持续性。
生产车间的所有核心资源都包括信息管理，使车间的所有要素都能得到有效的协调和管理。目前，MES系统的服务对象主要是流程企业自动化程度较高的企业，目前国内大多数制造企业选择扩展MES管理系统。
对于流程行业的生产管理信息化来说，流程企业MES系统的定位是企业在了解MES系统的功能模块后，尤其是看到其功能后，对MES系统的功能模块非常满意，但是，他们没有意识到这种做法导致MES管理系统的实施失败率很高。
重要的是，需要MES系统软件实现从满足销售需求、编排生产计划、生产、控制等整个流程的信息畅通，实现企业计划层与生产控制层之间的实时信息交互。面对不断积累的行业竞争，只有MES系统才能够为企业发展提供新动力。
从企业运营方面来说分三个层面：计划层、控制、执行，不同方面管理不一样，侧重点不一样。
最难最重要的是作业执行层，只有执行层是实施信息化系统。整个决策计划包括控制层才能实现整个数据决策和精益化管理，也才能形成完整企业管理系统。
比如财务、销售、采购和生产各部门的部长以及下属的职责和作用有明确分工，企业各部门各成员分工明确，各司其职，但同时又服务于同一个部门，这样大家相互配合来完成企业的管理工作，因此对企业信息化管理系统不同层面需要不同的管理系统。
企业计划层面，我们一般要通过ERP系统来进行管理，包括财务。企业执行层面则通过MES系统把生产过程优化，虽然现在的ERP系统也具有生产管理模块，然而经过这几年对ERP系统的实际应用发现，虽然ERP系统在计划和运算方面提高了不少效率，而在生产任务执行、在制品进度管理、产品质量追踪、售后维修服务等环节还是没有起到很好的监督和控制，尤其生产线大量的数据录入，既占用时间，又容易出错，数据还不能及时更新，给生产管理带来了诸多不便。
因此基于对生产线数据的采集和产品质量追溯，可以选择MES生产执行系统来控制整个生产过程，以使企业向生产制造柔性化和管理精细化方向发展，提高市场应对的实时性和灵活性，降低不良品率，改善生产线的运行效率加强生产现场数据采集和在制品管理、产品质量和售后服务能力，降低生产成本等。同时财务与生产过程又密切相关，所以ERP和MES相互对接才可以形成完整的制造企业信息化管理系统。
因此，mes系统不论是从企业管理本身发展信息化发展必应来看，还是从全球智能制造趋势来说，都是企业的不二选择，能为企业将来发展打好基础。MES系统能够帮助企业打造生产管理体系和平台，提高企业快速响应能力，实现精益化生产，解决交付问题，改善物料管理，提高物料流转率，提高质量的控制能力等等。
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