问题描述与分析
题目中的问题大致可以描述为:
由于某个 Executor 没有按时向 Driver 发送心跳,而被 Driver 判断该 Executor 已挂掉,此时 Driver 要把 该 Executor 上执行的任务发送给另外一个 Executor 重新执行;
默认等待时长为 spark.network.timeout=120s
完整报错大概如下
17/01/13 09:13:08 WARN spark.HeartbeatReceiver: Removing executor 5 with no recent heartbeats: 161684 ms exceeds timeout 120000 ms
17/01/13 09:13:08 ERROR cluster.YarnClusterScheduler: Lost executor 5 on slave10: Executor heartbeat timed out after 161684 ms
17/01/13 09:13:08 WARN scheduler.TaskSetManager: Lost task 0.0 in stage 0.0 (TID 0, slave10): ExecutorLostFailure (executor 5 exited caused by one of the running tasks) Reason: Executor heartbeat timed out after 161684 ms
17/01/13 09:13:08 INFO scheduler.DAGScheduler: Executor lost: 5 (epoch 0)
17/01/13 09:13:08 INFO cluster.YarnClusterSchedulerBackend: Requesting to kill executor(s) 5
17/01/13 09:13:08 INFO scheduler.TaskSetManager: Starting task 0.1 in stage 0.0 (TID 5, slave06, partition 0,RACK_LOCAL, 8029 bytes)
17/01/13 09:13:08 INFO storage.BlockManagerMasterEndpoint: Trying to remove executor 5 from BlockManagerMaster.
17/01/13 09:13:08 INFO storage.BlockManagerMasterEndpoint: Removing block manager BlockManagerId(5, slave10, 34439)
17/01/13 09:13:08 INFO storage.BlockManagerMaster: Removed 5 successfully in removeExecutor
17/01/13 09:13:08 INFO scheduler.DAGScheduler: Host added was in lost list earlier: slave10
17/01/13 09:13:08 INFO yarn.ApplicationMaster$AMEndpoint: Driver requested to kill executor(s) 5.
17/01/13 09:13:08 INFO scheduler.TaskSetManager: Finished task 0.1 in stage 0.0 (TID 5) in 367 ms on slave06 (5/5)
17/01/13 09:13:08 INFO scheduler.DAGScheduler: ResultStage 0 (saveAsNewAPIHadoopFile at DataFrameFunctions.scala:55) finished in 162.495 s
Executor 没有按时向 Driver 发送心跳,原因可能为
1. 真的挂掉
2. 执行某任务由于资源不够造成死机
3. 其他原因
我们主要解决第二个
解决方案
增加资源---增加 memoryOverhead
简单来解释下
spark.yarn.executor.memoryOverhead 的内存是由 spark tungsten 自己的管理机制去管理,用的时候申请,用完释放,内存利用率高,【鉴于 JVM 的内存管理,GC 效率低,才有了这种管理机制】
而 spark.executor.memory 的内存是由 JVM 管理,分配,回收,涉及多种垃圾回收机制,用不好效率低
原因分析
如果用于存储 RDD 的空间不足,那么后存储的 RDD 的 partition 会覆盖之前的 RDD 的 partition,导致之前的 RDD 丢失,当使用丢失的 RDD partition 时,需要重新计算;
如果 java 堆或者永久代的内存不足,则会产生各种 OOM 情况,executor 会被杀死,spark 会重新申请一个 container 运行 executor,失败的 task 或者丢失的数据都会在这个 executor 上重新执行;
如果实际运行过程中,ExecutorMemory + MemoryOverhead 之和(JVM 进程总内存) 超过 container 容量,yarn 会直接杀死该 container,executor 日志中不会有记录,spark 会重新申请 container 运行 executor;
如果 java 堆以外的 JVM 进程占用内存较多,需要将 MemoryOverhead 设置足够大,否则 executor 将会被杀死
具体操作
spark.yarn.executor.memoryOverhead 的默认配置为 max(executorMemory * 0.10, 384),单位为 M
我们可以手动设置
--conf spark.yarn.executor.memoryOverhead=512
--conf spark.yarn.driver.memoryOverhead=512
减少资源占用---使用 combineByKey
如 reduceByKey,可以有效的减少内存占用
rdd.repartition(20).map(mymap).groupBy(mygroup).mapValues(len).collect()
rdd.repartition(20).map(mymap).map(mygroup).reduceByKey(lambda x, y: x+y).collect()
另外还有几种较为简单的方法
1. 增加等待时长 spark.network.timeout
2. 在资源不变的情况下,增加 executor 内存,减少 executor 数量,增加 executor cores,这个自己想想,反正就是总的不变,保证每个 task 有足够内存