因预处理医学图像数据需要用到以下的Python库
SimpleITK;Anaconda;PIL (Python Imaging Library),故重新安装Python和第三方库。
一、安装Python
去官网:https://www.python.org/downloads/ 下载相应版本。
双击下载的安装包,安装过程需要注意修改添加程序到环境变量。
二、 Anaconda科学计算包
Python是一种强大的编程语言,其提供了很多用于科学计算的模块,常见的包括numpy、scipy和matplotlib。
要利用Python进行科学计算,就需要一一安装所需的模块,而这些模块可能又依赖于其它的软件包或库,因而安装和使用起来相对麻烦。
幸好有人专门在做这一类事情,将科学计算所需要的模块都编译好,然后打包以发行版的形式供用户使用,Anaconda就是其中一个常用的科学计算发行版。
同类的还有Python(x,y)、Canopy,相较而言还是比较推荐Anaconda。当然Anaconda除了集成常用的包外,它也拥有spyder IDE、IPython、Jupyter Notebook,可以满足你多种使用环境提高便利性。
1.下载Anaconda
地址:https://www.continuum.io/downloads
根据版本选择合适的安装包,需要注意的是,如果前面装了python需要卸载掉,因为Anaconda自带python环境,同样的也分Python2.x和Python3.x,这里我们选择Python3.5。
2.安装Anaconda
注意这里选择Just Me,否则可能导致快捷启动找不到程序。
如果你已经安装好Anaconda,恭喜你可以省掉很多安装第三方库的时间。
三、使用建议
如果你不怕折腾可以使用Python官方安装包自行安装第三方库,再使用sublime文本便捷器来写入代码;如果你对计算机不是特别了解则推荐安装Anaconda可以省掉很多不必要的麻烦,再搭配Pycharm使用即可。
四、 第三方库的安装及卸载
python中,安装第三方模块,是通过管理工具pip完成的。
可使用已经安装好的Anaconda去安装第三方库(SimpleITK)
运行打开 Anaconda Prompt
pip install SimpleITK
安装常用的Python Imaging Library(PIL),这是Python下非常强大的处理图像的工具库。不过,PIL目前只支持到Python 2.7,并且有年头没有更新了,因此,基于PIL的Pillow项目开发非常活跃,并且支持最新的Python 3。
因此,安装Pillow的命令就是
pip install Pillow
有了Pillow,处理图片易如反掌。随便找个图片生成缩略图:
>>> from PIL import Image
>>> im = Image.open('test.png')
>>> print(im.format, im.size, im.mode)
PNG (400, 300) RGB
>>> im.thumbnail((200, 100))
>>> im.save('thumb.jpg', 'JPEG')
卸载第三方库
pip uninstall SimpleITK