随着发病率和死亡率的上升，癌症已经成为人类的主要死亡原因，药物治疗是最常见的癌症治疗方法，很多患者初期对药物有良好的反应，但到治疗后期，会慢慢产生耐药性，因此，搞清楚药物靶向基因和耐药基因的表达对预测新的药物靶点具有重要的意义。编码RNA在确定候选生物标记物、药物作用靶点和耐药分子标记等方面发挥重要作用，随着测序成本的降低，与癌症相关的文章大量发表，数据挖掘、整合和分析变得越来越复杂。因此，本研究通过整合编码RNA在抗癌药物中的功能，开发了药物反应基因表达数据库DREAM，该数据库可访问地址：http://bio-big-data.cn:8080/DREAM。
通过关键词搜索以及反复筛选，在PubMed数据库中检索到3048篇支持药物敏感性或药物干预编码RNA的条目，在GEO数据库检索到195篇高通量微阵列条目，每个条目都详细列出了编码RNA、药物、癌症的详细信息、文献标题、PubMed ID、期刊、出版时间等信息，该数据库共包含1560种编码RNA，138种药物，35种疾病。
DREAM提供了友好的界面，可供用户浏览、搜索、分析和下载数据。
（1）在浏览页面中，用户可以通过化合物名称、基因名称或疾病名称三种方式浏览DREAM中编码RNA和抗癌药物关联数据；
（2）在搜索页面，用户通过编码RNA名称、药物名称或DrugBank ID和疾病名进行搜索，此外，DREAM支持模糊的关键字搜索；
（3）在高通量页面，用户可以使用复合名、按基因名和按疾病名搜索各种癌症高通量微阵列数据，获取药物干预或药敏相关数据，通过设置p值快速筛选感兴趣的基因。对感兴趣的结果可做进一步的分析，如火山图、GO注释、KEGG pathway分析等；
（4）在药物发现页面，DREAM提供了一种特殊的算法-Kewalin，计算药物的基因表达特征与疾病的表达特征之间的相关性，来预测癌症药物的再利用。
总之，DREAM是一个综合的、可开放性的编码RNA和药物关联数据库，为临床实践和基础研究提供宝贵资源，帮助研究人员更好地了解编码 RNA 对人类癌症药物反应机制的影响。
Tips: 凌恩-盈飞团队，致力于开拓前沿分子生物学技术和高性能计算在生命科学研究、分子育种及人类健康领域的应用，旨在为生命科学领域客户提供国际领先的数据管理和分析解决方案。公司拥有多项自主专利技术和软件著作权，成功开发VG多样性分析软件、VG转录组分析软件、VG生信分析云平台、RJ肿瘤信息 管理系统(临床应用)、Y-STR/Y-SNP法医学分析平台(法医应用)、FD个人基因组分析和报告系统、FD祖源分析和报告系统、FD家系分析和报告系统、动植物物种数据库(水稻、蕨类、瓠瓜、旱獭、桉树等)、TMBQ 靶向代谢组批量定量分析平台、蛋白代谢数据分析平台等。客户群体包括高等院校、科研院所、三甲医院及疾控中心，药企及基因检测公司等。
参考文献
DREAM: a database of experimentally supported protein-coding RNAs and drug associations in human cancer.Nucleic Acids Research, 2021.
