在完成前期MES车间管理系统立项分析等准备工作后，MES管理系统进入启动与实施阶段。在项目实施阶段需要完成系统的项目准备及启动、系统选型与方案设计、系统配置与二次开发与测试、系统试运行、项目验收与系统正式上线运行等工作。
1、项目准备阶段
项目准备阶段需要对项目的实施前做必要的准备和初始化工作。在这个阶段，需要明确项目的总体目标、实施计划及实施策略，建立包括项目各方人员在内的项目组织，并且通过项目开工会的形式向项目各方阐明项目的意义、成功的关键因素，以及项目实施过程的各种相关约束及配合要求。
2、方案设计阶段
此阶段主要是完成现场调研、需求分析、MES系统选型、方案设计与评审等工作。通过现场调研了解企业信息化现状，并确定其与MES管理系统的关系。了解企业制造部门的需求，做好IT规划、协调与运营。需求分析工作完成后就要根据实际需求来进行MES选型并设计相应的功能模块。详细的设计方案一般由MES管理系统开发商提供，客户组织评审。
3、配置实现阶段
此阶段的主要工作是以详细设计报告为依据，在开发环境中把方案设计阶段设计的功能付诸实施，使之成为可以实际运行的MES管理系统。除了软件系统的配置、编码及集成接口等开发外，还包括了单元测试、集成测试等测试工作以及召开开发例会、开发工作评审等一系列管理活动。
4、系统试运行阶段
此阶段将MES管理系统部署到工厂的真实生产环境中，最终业务用户实际使用MES系统进行工作。各种实际的生产数据也开始进入系统数据库。为保证试运行顺利进行，应该确保对用户的培训，使用户熟悉新系统的使用。为避免系统故障造成对生产的影响，项目团队应当对可能发生的问题进行预测并制定相应的应对方案，这些应对方案应写在技术维护手册中。
5、全线推广阶段
此阶段的主要工作是做好数据迁移和项目验收，配合企业用户制定和发布需要的制度和规范。企业需要根据验收标准对MES的功能、性能等诸多方面进行评价和确认。
