官网地址：http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FreeSurferWiki
FreeSurfer支持Linux和MacOS两种操作系统：
Linux版安装步骤：
Virtualbox 官网：https://www.virtualbox.org/wiki/Downloads
在Windows系统上安装Ubuntu系统：https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki//VM_67_win
1.从共享文件夹中拷贝freesurfer安装包到/usr/local中：
2.安装freesurfer安装包到目录/usr/local下：
tar -C /usr/local -xzvf
freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz
3.额外的一些安装包需要安装一下：
On Ubuntu:
apt-get -y install bc binutils libgomp1 perl psmisc sudo tar tcsh unzip uuid-dev vim-common libjpeg62-dev
On Centos:
yum -y install bc libgomp perl tar tcsh
4.设置环境变量FREESURFER_HOME：
这两行每次打开终端都需要再输入一次，如果想打开终端的时候自动设置，可以把这两行加到默认设置文件.bashrc or .cshrc中。
## bash
$> export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
$> source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
## tcsh
$> setenv FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer
$> source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh
你如果做对了，会看到下面这样的输出：
Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL)
FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer
FSFAST_HOME /usr/local/freesurfer/fsfast
FSF_OUTPUT_FORMAT nii
SUBJECTS_DIR /usr/local/freesurfer/subjects
MNI_DIR /usr/local/freesurfer/mni
像这样：
5.设置环境变量SUBJECTS_DIR：
SUBJECTS_DIR是存放数据的路径，默认设置为 FREESURFER_HOME/subjects
## bash
$> export SUBJECTS_DIR=
## tcsh
$> setenv SUBJECTS_DIR
默认：
## bash
$> export SUBJECTS_DIR=$FREESURFER_HOME/subjects
## tcsh
$> setenv SUBJECTS_DIR $FREESURFER_HOME/subjects
6.获取许可文件：
填信息：https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/registration.html
官方会给所填邮箱发一个许可文件license.txt，把他放到$FREESURFER_HOME (usr/local/freesurfer) 文件夹中
7.测试是否安装成功：
运行命令recon-all --help没有报错的话 ，就说明基本安装成功，但还是要给官方测试方法一点排面，下面有四个测试例子可供参考。
官网测试方法：
Freesurfer安装包自带两个数据文件sample-001.mgz 、 sample-002.mgz和一个recon处理完成的对象的文件夹bert，在这个/usr/local/freesurfer/subjects文件夹中，以供测试。
测试例子1：转换sample-001.mgz的格式为nifti格式(后缀为.nii.gz)。
$> cp $FREESURFER_HOME/subjects/sample-001.mgz .
$> mri_convert sample-001.mgz sample-001.nii.gz
...
reading from sample-001.mgz...
TR=7.25, TE=3.22, TI=600.00, flip angle=7.00
i_ras = (-0, -1, -0)
j_ras = (-0, 0, -1)
k_ras = (-1, 0, 0)
writing to sample-001.nii.gz...
像这样：
测试例子2：利用例子1生成的sample-001.nii.gz文件运行完整的recon-all流程。
$> export SUBJECTS_DIR=
$> recon-all -i sample-001.nii.gz -s sample-001output -all
例如：
$> export SUBJECTS_DIR=$FREESURFER_HOME/subjects
$> recon-all -i sample-001.nii.gz -s sample-001output -all
第一条语句：设置环境变量(数据的目录)
第二条语句：自动创建一个叫sample-001output的文件夹来存放处理得到的输出文件
像这样：
这个处理过程可能会持续很久，运行过程中可以按control+c终止进程。
测试例子3：在Freesurfer安装包自带的bert文件上运行完整的recon-all流程。
$> export SUBJECTS_DIR=
$> recon-all -s bert -all
像这样：
测试例子4：利用Freesurfer的可视化工具Freeview查看经过recon-all处理流程完成后的bert文件夹下的输出的体积、表面和皮质下分割。
$> cd $SUBJECTS_DIR
$> freeview -v \
bert/mri/T1.mgz \
bert/mri/wm.mgz \
bert/mri/brainmask.mgz \
bert/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \
-f \
bert/surf/lh.white:edgecolor=blue \
bert/surf/lh.pial:edgecolor=red \
bert/surf/rh.white:edgecolor=blue \
bert/surf/rh.pial:edgecolor=red
上述操作可以自动打开Freeview可视化窗口，应该长成这个样子你就成功啦：
FreeSurfer 6 Linux版本安装到此结束，更多操作可以查看官方教程：http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/Tutorials
豆瓣上的使用手册：https://read.douban.com/column/594403/ ，以及我的后续文章^_^。
安装过程中可能遇到的问题：
1.Ubuntu系统缺失文件：libpng12.so.0
解决办法：下载文件libpng12.so.0后放入/usr/lib/x86_64-linux-gnu/文件夹下
链接:
https://pan.baidu.com/s/1IAiUENyPnXD3kDJyV11gPA
密码: qw6j
输入命令：sudo mv libpng12.so.0 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/
下期预告：FreeSurfer 6 MacOS 安装教程~
