Android应用程序一般包含在一个单一的文件夹中，即每一个Android应用程序是一个独立的工程，包含了以下文件：
·Android.mk：统一工程文件，在SDK开发中可以不需要；
·AndroidManifest.xml：工程描述文件，在其中定义了各种组件；
·Java源代码：按照Java包的方式来组织目录结构，包括各个Java类的源代码；
·资源文件：包含XML文件、图片、原始数据文件等，其中表示界面情况的布局（Layout）文件比较重要。
在编译Android应用程序的过程中，Java源代码使用Sun JDK将Java源程序编译成Java字节码文件（多个后缀名为.class的文件），这一步骤和标准的Java一致，然后通过Android自带的工具软件dex把所有的字节码文件转成dex文件（单一文件classes.dex）。
AndroidManifest.xml文件经过Android打包工具（aapt）处理后形成二进制格式AndroidManifest.xml文件，实质的内容与以前相同。
各个资源文件也经过aapt处理，其中布局等文本文件处理成二进制文件，图片等文件保持不变。
最后将这三个部分组合成一个应用程序包（*.apk）。AndroidManifest.xml描述文件、Java源文件、资源文件是Android应用程序的三个部分；在编译之前的工程中是这三个部分，在编译之后APK包依然是由这三个部分组成的。
Java 源代码AndroidManifest.xml资源文件 处理后的资源文件 Java编译器 处理后的 AndroidManifest.xml Class字节码 Dex字节码aapt进行处理 aapt进行处理 dx工具处理 APK包 包的Meta信息 aapt放置到res目录 aapt放置到根目录 aapt放置到根目录 源程序部分 如图所示，Android源文件经过了标准的Java编译器的编译，又经过了dx工具的处理，标准的Java字节码作为整个Android编译的中间过程，最终生成的dex文件（classes.dex）是一个单一文件，将工程中所有的Java源代码文件对应的字节码集成在一起。资源文件和AndroidManifest.xml文件通过aapt工具进行处理。
在运行时，APK包将首先进行“安装”，也就是将其中的dex文件进行优化，优化后的文件被保存到缓存区域，生成格式为dey的优化文件，然后Dalvik虚拟机将运行这些dey文件。如果应用程序包文件不发生变化，dey文件不会被重新生成；在应用程序包发生更新的情况下，将重新由dex生成dey。
Android和标准JAVA开发的JAR包最大的不同在于，标准JAVA字节码是每个文件一个Clash文件，而Android中的一个包将生成一个Dex文件。
