1、写一个批处理文件,文件名为:run.dat内容为:

************************************************

%1% 
pause 

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2、Runtime.getRuntime().exec("cmd.exe /k start d:\\files\\run.bat  d:\\files\\"+ filename.exe);在java中调用这个命令即可。

这样就可以显示cmd窗口而不是一闪而过。