IGV安装
Integrative Genomic Viewer(IGV)bam文件可视化必备软件。
官方下载：http://software.broadinstitute.org/software/igv/download
官方使用说明：http://software.broadinstitute.org/software/igv/book/export/html/6
民间中文教程：http://tiramisutes.github.io/2018/02/05/IGV.html
输入文件：参考基因组fa，参考基因组的gtf文件（非必须），观察目标bam & bai文件。
bai文件生成，samtools index input.bam 如果想更改CPU数可以加 -@ 5 参数，bai文件自动生成到input.bam同一个文件夹下
使用：可以查看多个bam文件在某个位点的突变情况，以此确认某些覆盖率比较低或者突变率比较低的位点（或其他任意感兴趣位点）的真实情况，避免日常gatk或其他分析流程有最低阈值筛选掉的目标位点。一般可以用来确认少量位点（因为人工看很慢），大量位点建议使用samtools mpileup 或 bam-readcount来完成每个目标位点的碱基统计，直接用数据分析。
IGV可以直接下载到带桌面图像的MAC，Linux或Windows系统的本地电脑直接使用，但由于很多bam文件或者参考基因组都放在服务器上，转移到本地电脑比较麻烦，更有可能带不动，所以在这里看看如何在服务器中安装和IGV，且把可视化图像转到本地电脑屏幕，这样子就能自由使用IGV来进行bam文件可视化啦。
IGV安装（服务器上）
在服务器中下载合适的IGV压缩包并解压 unzip IGV_2.8.2.zip，这个时候进入并打开能看见一个igv.sh文件，可以看一下README，不同的系统用不同的执行文件，以linux系统为例，试一下 bash igv.sh看看是否能执行（此时报错也没关系）
igv解压后
readme.txt
从上面的readme文件可以看到几个信息点：
- IGV包只需要解压，不需要安装。
- IGV的实际启动代码是java --module-path 那一句，有几个脚本文件写好了帮你自动化地改一些设定，直接启动，所以只需要按需运行脚本就好了，很方便。
- 记得修改脚本的权限，
chmod a+x igv.sh - 要用本地屏幕来可视化的话，要搭配java11使用
- 为什么不用conda下载？
我通过conda下载的igv 或者igvtools 都会自动搭配安装java 8，就算你本来安装了java11也会强行更改掉，可是java8又无法启用command line模式“error：Could not create the Java Virtual Machine”，所以就陷入了死循环，所以放弃了。
Java11 安装（服务器上）
wget https://download.java.net/java/GA/jdk11/13/GPL/openjdk-11.0.1_linux-x64_bin.tar.gz
tar -xzvf openjdk-11.0.1_linux-x64_bin.tar.gz
jdk11 也是解压即用的，进入文件夹在bin里能找到执行文件
有这些就可以啦
设定路径
igv和Java11都需要设置一下路径，方便你在服务器任意目录下启动他们
vi ~/.bashrc
#进入后跳到最后一行添加下面两句话 （根据你实际的路径）
export PATH=/aboulute/path/to/jdk-11.0.1/bin:$PATH
alias igv='bash /aboulute/path/to/igv.sh'(如果使用别的脚本就写别等脚本）
之后你就能直接使用 “igv"这个command在你服务器上任意目录启用igv啦。
如果不出意外的话，这个时候应该还是报错的，ERROR：No X11 DISPLAY variable was set，来到了图像窗口的问题。
X11安装（本地MAC电脑上）
既然是可视化，那人家就必须要搭配可视化屏幕呀，但服务器一般只有命令行，所以需要把服务器的显示连到你的本地电脑上（大概是这么个意思）。不同的操作系统有对应不同的视窗系统软件，以下mac使用Xquartz，windows系统可以另外查找和安装视窗系统，最后在服务器中用$igv启动就好了。
mac上进行Xquartz安装：https://www.xquartz.org/
mac上设定Xquant：在terminal里修改/etc/ssh/sshd_config文件，把X11Forwarding 参数改为yes，再保存退出。后重启电脑激活 $service ssh restart
不知道为什么 修改不了权限 于是在mac图形界面下弄了
(运行finder -> 点击菜单的 <前往> 点击<前往文件夹> 输入上述路径/private/etc/ssh/, 编辑另存后, 在覆盖原来的文件)。Mac 会提示 重新启动(重新登录)
详细步骤见：https://www.jianshu.com/p/0ed9426eb872
X11安装（本地Windows电脑上）
如果使用的是Xshell ，会提醒你下载Xmanager，但我不！（因为收费，当然，如果有Xmanager，就可以跳过后面的步骤了） 根据提示再session里改掉设定就好了。
Windows上进行Xming安装：
启动IGV
在mac本地terminal 远程登陆服务器
ssh -X user@14*.***.***.*** # 在平常登陆服务器的命令行上增加一个大写X的参数
在服务器上启动igv，本地电脑上就会自动弹出igv窗口。
igv启动成功，warning不用管
按照igv的使用教程来用就好了（见本文开头）。如果要按基因搜索，一定要加入对应参考基因组的gtf文件。
IGV使用
输入
bam/cram/vcf 文件，记得要先把输入文件index处理，bam文件与bai文件放在同一目录下。导入ref，file（bam/cram/vcf），如果需要根据基因名来查的，还需要从file途径导入bed文件
一开始，范围太大，所以不会显示信息。我这里导入了两个bam（一个NGS一个pacbio），确保两个bam的ref是一样的，然后一同用IGV就可以查看比较同一位置的read情况。
查看具体区域，在搜索框中输入具体位点或者序列区域，右上角标尺调节视野大小。
调节可视化的情况
调节reads位置
添加颜色标注
如果导入了bed文件，还可以选择下方的 Show Splice Junction Track 查看剪切位点情况。
reads 注释可视化
这篇文章也说得很好：https://www.jianshu.com/p/4089d07ba239
颜色深浅代表可信度（mapping quality 和 base quality），越深越可信
蓝色：插入大小小于期望值；红色：插入大小大于期望值(why?)；绿色、青色、深蓝色：倒置、重复、易位事件
insert size:如果想自己统计，那么先把数据比对到基因组上，将read2的比对位点减去read1的比对位点加上read2的长度就是insert size了。
通过insert size来判断缺失插入情况
这段read是比对到了另一个染色体上（原来在chr1，现在比对上chr21）
斑点的地方，多有SNP
红色为主，缺失，看NGS的coverage
蓝色为主，插入，看NGS的coverage
