1、Cytoscape 安装
(1)Java安装
Cytoscape的使用需要依赖Java环境，Cytoscape 3.4.0使用Java8，不再支持Java6和Java7。如果计算机上还没有安装Java，或者当前使用版本较低，需要重新下载安装Java8(下载地址： http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html)。不同操作系统选择相应的Java版本下载安装。
(2)Cytoscape安装
Cytoscape 同样有适用于不同操作平台的版本，安装方法不尽相同。所有的版本都可以从http://cytoscape.org/网站下载。Windows系统下双击exe应用程序开始安装；Linux和Mac OS X系统运行sh文件安装。
2、 文件导入
导入蛋白质互作网络数据库中参考物种的蛋白互作网络，网络文件格式包括：TXT、SIF、GML等，在Cytoscape安装目录下有Sample Data，是部分网络文件的示例。
(1)本地导入参考物种的蛋白互作网络
Cytoscape默认将文件第一行作为列名。如果文件第一行是基因，在导入网络时要在Advanced Options中取消用第一行作为列名。
然后选择每一列数据的属性，包括Source Node、Interaction Type、Target Node、Edge Attribution、Source Attribution、Target Attribution等，同时对应不同颜色和图标标记。
导入后，右上部窗口内展示蛋白互作网络图，右下部为网络图的相关节点 (Node) 及边 (Edge) 的数据信息。左侧为导入的网络目录和网络属性 (Style) 设置菜单。
(2)从公共数据库中获得参考物种的蛋白互作网络
例如要导入某个物种的蛋白质互作网络：选择物种和想要查看的数据库，搜索包含该物种蛋白互作网络的数据库，导入数据(时间稍长)。
3、图形展示形式
在Layout选项下可以选择方便观测的布局(默认导入的布局方式为Perfuse Force Directed Layout)。
4、设置网络节点和边的风格(style)
在Style选项卡下Node设置中对点的形状、颜色、大小等进行设置。例如：选择Shape为圆形、Fill Color为灰色、节点的高度 (Meight) 和宽度 (Width) 为50.0。
在Style选项卡下Edge设置中对边的形状、颜色、大小等进行设置。例如，将连线的颜色设置为蓝色，同时设置到Target方向的箭头同样为蓝色。
导入差异表达基因及其属性列，映射到互作网络中作为各节点的拓扑性质。
选取目标网络、设置关键列 (Column1)、选择需要的节点属性列(可以选取多列，本例选取Column2，并重命名为Label，其中为up/down数据)。
5、自定义网络节点颜色
根据上下调基因 (up/down) 标示网络，定义上调基因 (up) 为红色，下调基因 (down) 为蓝色。
6、数据导出
导出图像Export Network as Graphics。
导出数据 Export Table。
可导出数据面板中的网络节点、边和整体网络的信息。
在弹出窗口编辑导出文件名。
