关于自增主键和UUID的比较，可以从数据插入前，插入中，插入三个阶段进行比较，他们有各自的有点，当然也有各自的不足。下面就分三个阶段说说优缺点。
插入前
1)UUID 需要手动维护，要求是保证每次生成的数据都是不一致的，然后我们需要手写sql插入，如果代码逻辑中含有大量这种非业务相关的代码，其实是很不友好的，所以尽量透明。但是在代码中(Java)你可以在未插入之前就知道了主键ID，这个在有关联表需要插入时非常不错。
2)自增主键 插入前无需维护，编写的sql也不用管这个字段，数据库自己维护，对写程序来说完全透明。缺点就是插入前代码中(Java)并不知道主键。
插入中
1)UUID 长度相对比较大，如果大批量数据插入，在网络传输间，实际上这个字段占用的空间是不容小觑的，当然一般的程序不会担心这个，因为选用 Hibernate 的人，基本不会在乎某个字段的事。另外，既然是主键那么必然要考虑主键的唯一性，如何做这个唯一的校验呢？尤其是并发情况下，如果有多个相同的键同时插入怎么办？所以我觉得这里会有个锁(可能是锁索引，也可能是锁表)，因此使用UUID并发插入肯定会发生阻塞的。这个可以去试验一下，开两个事务，使用相同的ID插入，后一个插入肯定会被阻塞，所以我觉得这里肯定有一个判断是否已经存在键的代码，而且是同步的，如果键存在那么阻塞后面的操作，当然初步判断不是锁表，如果是锁表会导致所有的插入阻塞，实际上不会。
2)自增主键 在插入时完全没有流量，因为都是数据库本身维护，所以很干净。关于自增主键插入有很
多需要补充的知识，这里先从MySQL以前的版本说起，以前采用的是：对每个含有自增长值的表都有一个自增长计数器(auto-increment counter)，当有数据插入时就会执行操作：
select max(auto_inc_col) from t for update;
这个以前自增长字段锁的方式 AUTO-INC Locking，称为传统模式，他还有个很突出的特点是自增主键的值不用等待事务提交才生成，而是立刻生效，所以一定程度上提高了并发效率。但是，对于并发插入或者 insert..select 这种大批量数据插入的方式都是会被阻塞的。
然后就出现了新的自增长锁方式，版本> MySQL 5.1.22开始，InnoDB提供了一种轻量级互斥的自增长实现机制，在内存中会有一个互斥量(mutex)，每次分配自增长ID时，就通过估算插入的数量(前提是必须能够估算到插入的数量，否则还是使用传统模式)，然后更新mutex，下一个线程过来时从新 mutex 开始继续计算，这样就能避免传统模式非要等待每个都插入之后才能获取下一个。这种实现方式是通过 innodb_autoinc_lock_mode 的来来确定锁的方式。
我现在使用的 MySQL版本是 5.6.16 引擎是 innodb.
首先执行如下语句，检查数据库自增主键锁的模式(> MySQL 5.1.22 )
SHOW VARIABLES LIKE 'innodb_autoinc_lock_mode' 默认是 1
innodb_autoinc_lock_mode 有三个值分别是
0(traditional) ，这个就是之前说的 AUTO-INC Locking，并发相对较差
1(default consecutive)，对不同的插入操作会有不同的方式，即传统方式、互斥方式
2(interleaved)，完全使用互斥方式，并发最好，但是缺点明显，大并发下可能会出现重复。
我们只用考虑 innodb_autoinc_lock_mode = 1 的情况，另外两种是固定的模式，而连续模式到底是使用传统还是使用交叉模式，就是根据插入数据的量是否可估算的，先看看插入的分类：
Simple inserts
通过分析insert语句可以确定插入数量的insert语句，
Bulk inserts
通过分析insert语句不能确定插入数量的insert语句
Mixed-mode inserts
不确定是否需要分配 auto_increment id
名称
插入语法
Insert-like
INSERT,INSERT … SELECT, REPLACE, REPLACE … SELECT, LOAD DATA, INSERT VALUES(),VALUES()
Simple inserts
INSERT, INSERT … VALUES(),VALUES()
Bulk inserts
INSERT … SELECT, REPLACE … SELECT, LOAD DATA
Mixed-mode inserts
INSERT INTO t1 (c1,c2) VALUES (1,’a'), (NULL,’b'); INSERT … ON DUPLICATE KEY UPDATE
总结：如果是连续模式，那么对 Simple inserts 采用的是互斥方式，如果是 Bulk inserts 采用的是传统模式，Mixed-mode inserts 模式其实也是使用互斥方式，但是缺点就是浪费大量的ID。
回到问题上，mysql 对自增主键做了很多特殊处理，所以在插入的并发情况下还是可以接受的，当然相对UUID还是差了点，毕竟只要UUID只要维护唯一性，然而自增主键首先要考虑生成规则，然后还要考虑唯一性，然而就是这个生成规则MySQL已经采用互斥方式进行了改进。
插入后
1)UUID 还是长度的问题，这个影响的不仅仅是磁盘空间问题，更多还是索引的创建与查找，MySQL采用的 BTree+ 索引，而且主键都会附带在所有其他的索引的第一列(默认)，首先导致索引空间变大，其次还会导致节点的分裂和移动，所以插入的时候因为需要维护索引更新，所以插入相对比较慢。另外UUID有一个很大的好处就是数据库合并，因为任何UUID都是不一致的，所以当做库-表合并时，不会出现主键冲突，这是自增主键做不到的。
2)自增主键 的长度相对较小，而且自增主键只能是数字，所以索引更快，磁盘空间更小，在数据插入时虽然会导致节点的分裂但是不会移动。
经验
使用 insert t values(),() 比使用批处理使用 insert t values();insert t values(); 要快上好几倍，所以建立使用第一种方式，当然如果你可以使用 insert t select ,那是最好不过了。在使用第一种方式也有注意的地方，如果values 里面已经有主键的值了，那么使用并发操作会发生锁超时，原因应该是在数据唯一性检查那里做了同步，如果没有主键的值，那么并发是最快的，因为它采用互斥增长方式生成主键ID。
参考
《mysql 技术内幕》
