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假设你从GenBank数据库中获得一个基因的完整序列，而老板问你这个基因的结构特征的时候，你有没有看着一堆序列，感觉无从下手？又或查完数据库上该基因的结构信息后用笔在纸上画着草稿？其实，你完全不用这样，因为有更好的工具解决这个问题！
对于生物信息学分析工作来说，处理最多的数据可能就是序列数据了。下面是生物学研究中常会用到的生物信息（序列）数据库：
数据库 | 备注 |
NCBI GenBank | 美国国家生物信息中心核酸序列数据库 |
NCBI RefSeq | 美国国家生物信息中心参考基因数据库 |
DDBJ | 日本DNA序列数据库 |
EMBL | 欧洲分子生物学实验室序列数据库 |
UCSC | 加州大学圣克鲁兹分校物种基因组数据库 |
Uniprot | 蛋白质数据库 |
InterPro | 蛋白功能分类和结构预测数据库 |
PFAM | 蛋白家族分类数据库 |
NONCODE | 非编码RNA数据库 |
今天给大家分享一款序列可视化操作神器SnapGene Viewer。它所属公司GSL Biotech LLC，Viewer是它的免费社区版本，而SnapGene是其升级版本（收费），当然SnapGene软件支持的功能更多。但是Viewer软件的可视化功能其实对于科研人员来说已经足够用了。可以说这是一款序列可视化处理的神器，易学、易用，非常适合科研工作者对序列的一些可视化处理工作，例如DNA序列引物设计、电子PCR、DNA和蛋白序列的区域注释、序列格式化排列和序列机器翻译等等操作。
本文主要包括两大部分：第一部分是使用Viewer软件进行DNA序列可视化操作；第二部分是使用Viewer软件进行蛋白质序列可视化操作。想必看到这里大家已经心里痒痒慌，莫急，下面给大家娓娓道来：
SnapGene 软件是被设计用来处理和可视化序列数据的，其方便和美观度是获得科研人员喜欢的主要原因。Viewer是免费入门版，我们先从基础讲起，后面会增加对SnapGene进阶版的使用方法。
SnapGeneViewer软件的开始页面如下（版本为5.1.5，支持中文）：
Viewer软件主要包括三种方式打开序列文件：
第一种：直接复制序列，然后选择新建序列文件（DNA或者蛋白质），粘贴进去，给文件起个名字；
第二种：直接打开本地的FASTA序列文件；
第三种：从数据库导入序列数据。
软件窗口分为以下四个区域：主菜单栏、功能快捷按钮、序列可视化区和描述面板，如下所示：
一、基因序列的可视化操作
1. 辅助引物设计
研究基因经常需要进行PCR，那就需要进行引物设计，引物设计的工具有很多，例如软件Primer Premier和Oligo、在线工具NCBI Pick Primer和PrimerBank等等。而这些工具都是基于引物设计原则进行工作的，例如对引物的长度和GC含量都有一定的要求。
（1）Viewer软件有引物设计帮助文档，点击主菜单栏中的“引物”选项，弹出引物菜单栏，然后选择“杂交参数”，会显示序列的引物的最适合条件。
（2）我们选择人的样例基因：RACK1作为测试，在GenBank数据库搜索RACK1基因，如下图所示：
（3）接着点击RACK1基因的FASTA序列按钮，在该页面中点击右侧的Pick Primers获取引物。
紧接着会弹出获取引物的参数页面，参数保持即可，见下图：
然后点击左下角：Get Primers，按钮获取引物
等待一会儿，就得到了我们想要的引物，引物会根据质量高低进行排序，通常我们会选择top5或者top10进行后续的引物合成及PCR验证。
（4）添加引物注释，点击主菜单“引物”，选择“添加引物”，然后复制我们在NCBI中得到的引物序列，成对逐一添加。具体操作如下图所示：
效果如下：
2.Viewer软件可以直接导入已经注释的序列文件我们以“导入NCBI数据库RACK1基因序列标注信息”作为演示：
这样，我们就得到了RACK1的序列结构注释信息图（如下所示）：
长度7010个碱基的基因序列就转换为友好的可视化的图形，注释信息包括：序列的长度、基因的外显子、内含子，以及转录的非编码RNA序列和翻译的蛋白序列等等。当你拿这样一个序列数据给“老板”看的时候，会不会多些自信啊
二、蛋白质序列的可视化操作
1.在蛋白质序列可视化操作这部分
我们的样例蛋白为：P63244 [Homo sapiens] Receptor of activated protein C kinase 1，数据源：NCBI的Protein子数据库。
2. 手动复制粘贴蛋白序列
（1）进入NCBI >>Protein序列数据库；
（2）输入蛋白英文名称（可以填加物种名，以精确查找）；
（3）接着选择蛋白的FASTA格式，全部复制；
（4）粘贴序列到SnapGene Viewer软件的新建蛋白序列框中；
（5）修改序列文件名称：NP_006089.1 receptor of activated protein C kinase 1
（6）设置氨基酸显示格式：单字母或三字母简称
（7）设置每行显示氨基酸数量：默认是每行排满，也可以指定每行排100个aa；
（8）设置显示氨基酸序列的格式，可以填加序列长度注释；
（9）获取序列属性，点击Viewer软件下方的“属性”按钮（例如：氨基酸残基占比信息、分子量、等电点pI）
（10）蛋白序列特征注释使用Viewer进行蛋白序列特征注释，首选获取注释信息，我们在Uniprot数据库中找到该蛋白的序列注释信息，然后点击“特征”菜单进行序列注释信息的添加，如下图所示：
点击“添加特征”，把需要注释的序列片段输入到框中，进行序列标注，可以修改这段序列的文字信息和序列示意图颜色，如下图所示：
receptor of activated protein C kinase 1蛋白的特征注释效果如下：
（11）蛋白序列特征查看，点击Viewer下方的“特征”按钮即可查看序列的特征注释信息了，见下图：
（12）还可以在Viewer软件中进行灵活的蛋白序列-图谱显示模式切换；
三、三大数据库导入序列的方法
1. 从NCBI数据库导入序列：
样例为：NP_006089.1，操作如下：
格式提示：
导入中
导入序列如下所示（特征信息也添加进来了）：
2.从Uniprot数据库导入序列：
样例为：P63244，操作如下：
序列格式提示如下：
最终结果：
3.从Ensembl数据库导入序列样例为：ENSDARG00000002710,操作如下所示：
最终结果如下所示：
我们系统地讲解了如何使用SnapGene Viewer软件进行序列数据的可视化操作，还有一些神奇的功能等待大家去探索和使用，例如机器翻译（DNA->氨基酸）、限制性内切酶位点信息注释、质粒数据导入及可视化等。还在等什么，心动不如行动。（彩蛋：我们后续会推出SnapGene软件的使用方法，希望在生物序列处理上给科研工作者们提供更有力的支持，欢迎大家围观。）
科研之路漫漫，且行且珍惜啊！！
