文章目录
- 一、在ImageJ中,进行Python开发
- 二、在Python中,调用imageJ开发
- 2.1、简介
- 2.2、环境配置
- 2.3、测试一
- 2.4、测试二
一、在ImageJ中,进行Python开发
原生ImageJ仅支持JS脚本(JAVAScript),而ImageJ的衍生版本Fiji支持Python脚本编程,所以这里的ImageJ实际是Fiji。
- 第一步:Fiji官网下载(免费):https://fiji.sc/
- 第二步:安装Fiji
- 第三步:打开Fiji
- 第四步:ImageJ的Python脚本编程
二、在Python中,调用imageJ开发
2.1、简介
PyImageJ:ImageJ2 的 Python 包装器。
- 功能:提供了一组包装函数用于ImageJ2 和 Python 之间的集成。它还支持原始的ImageJ API 和数据结构。
- 优点:将 ImageJ 和 ImageJ2 与 Python 软件生态系统中提供的其他工具结合起来,包括 NumPy、SciPy、scikit-image、CellProfiler、OpenCV、ITK等等。
2.2、环境配置
- 安装 PyImageJ: Python wrapper for ImageJ2 步骤1:
pip install imagej
步骤2:pip install pyimagej
步骤3:pip install Maven
(暂时不需要)异常提示:
JVMNotFoundException: No JVM shared library file (jvm.dll) found.
中文翻译:在系统中找不到Java虚拟机 (JVM) 的共享库文件。
解决方案:
设置JAVA_HOME环境变量,该变量指向Java安装目录。
- (1)安装Java: Oracle JDK 官网下载,选择并下载适用于电脑的JDK版本。双击开始安装,并按照提示完成。
- (2)设置环境变量:JDK8.0 环境变量的配置教程
- (3)重启Python环境:设置环境变量之后,重新启动你的 Python 环境,以确保更改生效。
- (4)在命令提示符中,执行命令:
检查 Java 安装版本:java -version
、检查 Java 安装路径:echo %JAVA_HOME%
- 异常提示:
[ERROR] Cannot create plugin: org.scijava.plugins.scripting.javascript.JavaScriptScriptLanguage
- 原因分析:在初始化 ImageJ 时无法加载 JavaScript 脚本语言插件。通常是由于 JavaScript 插件未安装或配置不正确导致的。
- 解决方案:打开 ImageJ,选择 Help > Update…
2.3、测试一
import os
import imagej
# 设置 JAVA_HOME 路径
os.environ['JAVA_HOME'] = r'C:\Program Files\Java\jdk-22'
os.environ['PATH'] = os.environ['JAVA_HOME'] + r'\bin' + os.pathsep + os.environ['PATH']
#########################################################################################
# Create an ImageJ2 gateway with the newest available version of ImageJ2.
ij = imagej.init()
# Load an image.
image_url = 'https://imagej.net/images/clown.jpg'
jimage = ij.io().open(image_url)
# Convert the image from ImageJ2 to xarray, a package that adds
# labeled datasets to numpy (http://xarray.pydata.org/en/stable/).
image = ij.py.from_java(jimage)
# Display the image (backed by matplotlib).
ij.py.show(image, cmap='gray')
2.4、测试二
写法一:
import os
import imagej
# 设置 JAVA_HOME 路径
os.environ['JAVA_HOME'] = r'C:\Program Files\Java\jdk-22'
os.environ['PATH'] = os.environ['JAVA_HOME'] + r'\bin' + os.pathsep + os.environ['PATH']
#########################################################################################
# 初始化 ImageJ,指定 mode 参数为 "IJ"(标准模式),或 "interactive" 或 "batch" 根据需要选择
ij = imagej.init(mode='interactive') # 可以改为 'batch' 或 'interactive' 根据需要
# 使用三重引号的字符串定义宏代码,以提高可读性
macro_code = """
open("F:/py/image.tif");
selectImage("image.tif");
run("Enhance Contrast", "saturated=0.35");
setOption("ScaleConversions", true);
run("8-bit");
saveAs("Tiff", "F:/py/image8.tif");
"""
# selectImage表示选择已打开图像
# 运行宏
ij.py.run_macro(macro_code)
写法二:
import os
import imagej
# 设置 JAVA_HOME 路径
os.environ['JAVA_HOME'] = r'C:\Program Files\Java\jdk-22'
os.environ['PATH'] = os.environ['JAVA_HOME'] + r'\bin' + os.pathsep + os.environ['PATH']
#########################################################################################
# 初始化 ImageJ,指定 mode 参数为 "IJ"(标准模式),或 "interactive" 或 "batch" 根据需要选择
ij = imagej.init() # 初始化ImageJ
input_downsample = r"F:/py/image.tif"
output_downsample = r"F:/py/image8.tif"
file_name = os.path.basename(input_downsample)
# 使用三重引号的字符串定义宏代码,以提高可读性
macro_code = f"""
open("{input_downsample}");
selectImage("{file_name}");
//run("Brightness/Contrast...");
run("Enhance Contrast", "saturated=0.35");
setOption("ScaleConversions", true);
run("8-bit");
saveAs("Tiff", "{output_downsample}");
"""
ij.py.run_macro(macro_code) # 运行宏