iMeta 微生物组工具虚拟专刊发布
2024年3月22日iMeta发布了题为“Microbiome Toolbox: methods for bioinformatics, biotechnology, and metaomics”的虚拟专刊。虚拟专刊包括ComplexHeatmap、ImageGP、iNAP、ggClusterNet和fastp等10篇高被引方法论文。
虚拟专刊链接：
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/toc/10.1002/(ISSN)2770-596X.bioinformatics-biotechnology-metaomics
01 ComplexHeatmap: 复杂热图可视化
Complex heatmap visualization
该研究系统性地介绍了 ComplexHeatmap 的现状，包括其模块化设计、丰富的功能和广泛的应用。作者还将文档重新编写为一本综合性书籍 (https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/)。
原文链接：
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.43
发表时间：2022年8月1日
引用量：282
02 imageGP: 高颜值高被引绘图网站
ImageGP: An easy-to-use data visualization web server for scientific researchers
ImageGP (http://www.ehbio.com/ImageGP/)可以在线生成常见的线图、柱状图、散点图、箱线图、集合图、热图和直方图等。用户只要粘贴进去数据矩阵，就可以快速出图。
原文链接：
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.5
发表时间：2022年2月21日
引用量：224
03 iNAP：针对微生物组学研究的集成网络分析平台
iNAP: An integrated network analysis pipeline for microbiome studies
该文章发表了一个可用于微生物组学研究、生成和分析生态网络的在线分析平台iNAP，提供多种网络分析方法和工具，可以帮助研究人员更好地了解微生物群落构建机制。
原文链接：
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.13
发表时间：2022年3月16日
引用量：134
04 ggClusterNet：包含多种基于模块可视化布局算法的微生物网络挖掘R包
ggClusterNet: An R package for microbiome network analysis and modularity-based multiple network layouts
该文章开发了名为ggClusterNet的R包，展示微生物网络模块化信息，用于微生物网络数据挖掘和跨域网络数据挖掘。目前，ggClusterNet在github（https://github.com/taowenmicro/ggClusterNet/），Gitee（https://gitee.com/wentaomicro/ggClusterNet）上开放使用。完整的说明和示例在wiki页面可以阅读。
原文链接：
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.32
发表时间：2022年6月13日
引用量：80
05 使用fastp进行超快的FASTQ数据预处理、质量控制和去重
Ultrafast one-pass FASTQ data preprocessing, quality control, and deduplication using fastp
本研究表明fastp已经得到了许多生物信息学用户的认可，并且一直在持续维护和更新，根据Google Scholar的数据，fastp论文目前已经被引7000多次。
原文链接：
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.107
发表时间：2023年5月8日
引用量：74
06 Ggtree：用于系统发育树及相关数据存储与可视化的数据结构
Ggtree: a serialized data object for visualization of a phylogenetic tree and annotation data
该文章设计了ggtree对象用于存储系统发育树，相关数据以及可视化指令，提高了系统发育数据的可重复性与可重用性。
原文链接：
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.56
发表时间：2022年9月28日
引用量：72
07 MetOrigin：代谢物溯源推动肠道微生物和代谢整合分析
MetOrigin: Discriminating the origins of microbial metabolites for integrative analysis of the gut microbiome and metabolome
该文章开发了一个交互式分析软件MetOrigin，能够对代谢产物进行溯源分析。不仅可以快速识别微生物来源代谢物及其代谢功能，还有助于发现与其密切相关的关键微生物。
原文链接：
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.10
发表时间：2022年3月21日
引用量：69
08 易扩增子(EasyAmplicon)：微生物组研究中易用的扩增子分析流程
EasyAmplicon: An easy-to-use, open-source, reproducible, and community-based pipeline for amplicon data analysis in microbiome research
本研究提供了一个跨平台、开源和社区支持的分析流程——易扩增子（EasyAmplicon）。易扩增子包括30多个跨平台模块和该领域常用的R包。流程由文章作者和“宏基因组”公众号编辑团队维护和更新，定期发布最新的中英文教程，阅读用户的反馈，并在微信公众号和GitHub中为用户提供帮助。该流程可在 GitHub (https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon) 和 Gitee (https://gitee.com/YongxinLiu/EasyAmplicon)上获得。
原文链接：
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.83
发表时间：2023年1月27日
引用量：42
09 定制Circos图：使用TBtools，从数据准备到可视化
A painless way to customize Circos plot: From data preparation to visualization using TBtools
在该文章中，作者在TBtools中开发了“Advanced Circos”功能，提供构造Circos图的简单方法。“Advanced Circos”功能提供了一个用户友好界面，用于定制参数设置，并可用于可视化各种基因组水平数据，如基因组关联信息、比对数据、基因密度和QTL位置。
原文链接：
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.35
发表时间：2022年7月4日
引用量：34
10 IPGA原核微生物泛基因组与基因组分析平台
IPGA: a handy integrated prokaryotes genome and pan-genome analysis web service
本研究提供了一个可以对较大规模微生物基因组进行比较分析的平台IPGA，平台提供了基于基因组注释与泛基因组注释的包括进系统发育分析、基因组共线性分析和核心基因差异分析等后续分析在内的整合流程，并提供了免费、简单的页面操作环境。
原文链接：
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.55
发表时间：2022年9月14日
引用量：20
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1卷1期
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2卷2期
2卷3期
2卷4期
3卷1期
2卷2期封底
2卷4期封底
3卷2期
期刊简介
“iMeta” 是由威立、肠菌分会和本领域数百位华人科学家合作出版的开放获取期刊，主编由中科院微生物所刘双江研究员和荷兰格罗宁根大学傅静远教授担任。目的是发表原创研究、方法和综述以促进宏基因组学、微生物组和生物信息学发展。目标是发表前10%(IF > 20)的高影响力论文。期刊特色包括视频投稿、可重复分析、图片打磨、青年编委、50万用户的社交媒体宣传等。2022年2月正式创刊发行！目前期刊已经被ESCI、Scopus等数据库收录。
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iMeta主页：http://www.imeta.science
出版社：https://onlinelibrary.wiley.com/journal/2770596x投稿：https://mc.manuscriptcentral.com/imeta
