Linux 环境安装Seurat。

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抹香鲸之海 2022-12-08 15:46:13 ©著作权

文章标签 centos linux microsoft xml 管理工具 文章分类 后端开发

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Linux系统分为两种：
1.RedHat系列：Redhat、Centos、Fedora等

2.Debian系列：Debian、Ubuntu等

RedHat系列的包管理工具是yum

Debian系列的包管理工具是apt-get
查看系统版本
cat /proc/version

我这里是Centos

保证你的服务器上已经安装了R服务，没有安装的看我往期的文章。

进入R 服务：

Linux 环境安装Seurat。_linux

运行：

library(‘Seurat’)

如果提示没有这个包。执行安装命令：
install.packages(“Seurat”)
也可以指定目录安装
install.packages(“Seurat”, lib=’/usr/lib64/R/library’)

今天使用Seurat包时，显示我的R版本太低，报警告：
package ‘Seurat’ is not available (for R version 3.4.2)

这个包至少需要3.6 以上的版本，这里我走了一段弯路。
我查了如下的办法：
1。

对于此类问题解决方法，可以使用以下语句来解决：
进入R：
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("Seurat")

2：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
#指定一个离你最近的国内镜像
options(BioC_mirror="https://mirrors.bfsu.edu.cn/CRAN//packages/3.6/bio")
biocLite("Seurat")

3：

上述报错的大部分原因是网速无法打开这个包的url，所以在下载R包的时候，可以在后面添加上repos=‘https://mran.microsoft.com/snapshot/2019-02-01/’，再下载就可以了。其实
https://mran.microsoft.com/snapshot/2019-02-01/
就是R官网的地址

install.packages("Seurat", repos="https://mran.microsoft.com/snapshot/2019-02-01/")

4：

先安装Bioconductor，再安装下载TCGA数据所需的各种包。

 #安装Bioconductor
 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
     install.packages("BiocManager")

#检查是否安装Bioconductor成功
BiocManager::available()

#下载所需的'Seurat'包
library('Seurat')
BiocManager::install('Seurat')
#也可以这样安装其他的TCGA下载包
install.packages('TCGAbiolinks')
BiocManager::install('TCGAbiolinks')

统统都没有解决！
最后想了想升级一下R版本

#R的更新/安装
#参考链接：https://cran.r-project.org/
sudo yum install R
sudo yum update R

yum list R-\*

which R
#/usr/bin/R

R --version
# R version 3.4.1 (2017-06-30) -- "Single Candle"
# ......

这样版本是升上去了，但是又带出了一堆问题。

最后索性把R 全部卸载了，重新安装了一个R。

install.packages(“Seurat”)
这次成功了。

同使用help()查看包的信息，可以获得包的版本信息、示例数据信息和demo

help(package =“Seurat”)

Linux 环境安装Seurat。_xml_02