64位Linux系统一般是指能够支持64位处理器架构的操作系统，而32位JDK则是指Java Development Kit的一个版本，其适用于32位操作系统。在选择64位Linux系统和32位JDK之间，可能会遇到一些兼容性和性能方面的问题。

首先，64位Linux系统和32位JDK之间的兼容性存在一定的问题。由于32位JDK是为32位操作系统而设计的，因此在64位Linux系统上运行时可能会出现一些兼容性问题。虽然大部分情况下可以通过一些额外的设置或安装相关的库文件来解决这些问题，但也会增加一些不必要的麻烦。因此，在选择64位Linux系统时，最好选择相应的64位JDK版本，以确保系统和软件的最佳兼容性。

其次，性能方面也是需要考虑的因素。64位系统一般能够更好地利用现代计算机的硬件资源，包括处理器和内存。而32位JDK的性能可能无法完全发挥在64位系统上的优势。因此，在追求更高性能的需求下，建议选择64位Linux系统并配合64位JDK使用，以获得更好的运行效果。

此外，还需要注意的是软件的兼容性。有些软件可能只能在特定版本的JDK上运行良好，而某些开发工具可能更适合在特定操作系统上使用。因此，在选择64位Linux系统和32位JDK时，需要根据实际需求和软件支持情况做出合适的选择。

总的来说，选择64位Linux系统和32位JDK还是64位JDK取决于具体情况。在兼容性和性能方面，建议选择64位系统并搭配相应的64位JDK，以获取更好的运行效果。当然，在特殊需求或软件支持方面需要考虑时，也可以选择32位JDK在64位系统上运行，但需要注意可能出现的兼容性和性能问题。在选择时，需要综合考虑系统和软件的实际要求，以确保系统的稳定性和性能表现。