R语言操作otu丰度表：分行列计算平均和标准差

公众号的读者留言问答的问题，首先他的数据集如下

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他想算的问题是

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我的理解如下

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1 这个是数据集按行求平均

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2 这个是数据集中按行求标准差

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3 这个公式的计算方法是先按照行求平均值得到一个向量a，按行求标准差得到一个向量b，最后是按照列来进行abs（x-a）/b

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4 这个公式就是把3得到的新数据集按照行求和然后再除以数据的维度

代码如下

library(readxl)
library(tidyverse)

​​readxl​​包用来读取数据

​​tidyverse​​用来操作数据

​​readxl​​​中的​​read_excle()​​函数好像没有指定某一列作为行名的函数，所以我给原始数据添加一个表头

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读取数据

read_excel("example.xlsx") %>% 
  column_to_rownames("sample") -> df
dim(df)
df

image.png

按照行求平均值和标准差

sample_mean<-apply(df,1,mean)
sample_sd<-apply(df,1,sd)

自定义函数求下面的公式

image.png

myfun<-function(x,y,z){
  return(abs(x-y)/z)
}

apply(df,2, myfun,sample_mean,sample_sd) -> newdf
newdf

image.png

计算最后的avd

apply(newdf,1,sum)/(ncol(df)*nrow(df))  -> avd
avd

今天推文的示例数据和代码可以在公众号后台留言20210925获取

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