今天要模仿的图片来自于论文 ​Core gut microbial communities are maintained by beneficial interactions and strain variability in fish​。期刊是 ​Nature microbiology​


跟着Nature microbiology学画图~箱线图放到频率分布直方图的右上角_数据分析 image.png

今天重复的图片是Figure4中的小a，在一幅图的右上角放一幅图

跟着Nature microbiology学画图~箱线图放到频率分布直方图的右上角_数据分析_02 image.png

之前的推文介绍过相关的内容

超链接

首先是频率分布直方图

第一步是准备数据


跟着Nature microbiology学画图~箱线图放到频率分布直方图的右上角_数据_03 image.png

频率分布直方图之前的推文有过详细的介绍，点击下方蓝字直达，这里的代码就不再过多介绍

library(ggplot2)
df1<-read.csv("histogram_1.csv",header=T)
ggplot(df1,aes(A))+
  geom_histogram(binwidth = 0.1,
                 color="white",fill="#4c72b0")+
  theme(panel.background = element_blank(),
        axis.line = element_line())+
  labs(x="Average number of strains within a pool",
       y="Number of pools of 8 microbes")+
  ylim(0,14)

跟着Nature microbiology学画图~箱线图放到频率分布直方图的右上角_数据分析_04 image.png

接下来是箱线图

准备数据


跟着Nature microbiology学画图~箱线图放到频率分布直方图的右上角_直方图_05 image.png 

df2<-read.csv("boxplot_1.csv",header=T)
df3<-reshape2::melt(df2)
head(df3)
df3$variable<-factor(df3$variable,
                     levels = c("Non_Core","Core"),
                     labels = c("Non-core","Core"))
ggplot(df3,aes(x=variable,y=value,group=variable))+
  geom_boxplot(size=1,outlier.colour = "white")+
  geom_dotplot(binaxis='y', stackdir='center',
               binwidth = 0.1,
               aes(fill=variable))+

  theme_bw()+
  theme(panel.grid = element_blank(),
        plot.title = element_text(hjust=0.5),
        legend.position = "none")+
  scale_fill_manual(values = c("#4c72b0","#dd8452"))+
  labs(x=NULL,y="Number of strains",
       title = "Strain diversity for OTUs\nwith >3,000 reads")+
  annotate("text",x=0.6,y=8,label="P=0.016")

跟着Nature microbiology学画图~箱线图放到频率分布直方图的右上角_数据分析_06 image.png

最后是将箱线图放到直方图的右上角
g1<-ggplotGrob(p2)
p1+annotation_custom(g1,xmin=6,xmax = 8,ymin = 8,ymax=15)

跟着Nature microbiology学画图~箱线图放到频率分布直方图的右上角_数据_07 image.png


需要示例数据的先给这篇推文​点赞，直接在文末留言就可以了。



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