叶绿体基因组的文章通常都会做重复序列分析，其中会使用在线工具REPuter https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/reputer?id=reputer_manual_manual 来分析forward reverse complement palindromic 四种重复序列。然而自己在使用的时候一直会遇到报错，
21.PNG
不知道是什么原因，自己猜测是因为序列太长，在线版运行运算能力不够，所以尝试下载单机版REPuter,但是一直没有找到下载方法，无意间发现了vmatch程序，其中有一个perl脚本repfind.pl可以做forward 和 palindromic重复分析，运行帮助命令可以查看具体参数，
22.PNG
使用之前需要将解压出来的程序添加到环境变量。
23.PNG
-f 和 -p 参数分别指定计算forward和palindromic重复，-h 海明距离3, -l 最小重复单位30bp
