分享一个聚合物链移动的lammps案例代码。
聚合物链数据在data文件内，由read_data命令读入。随机生成蓝色小球，数量可以任意设置。
在模拟过程中，聚合物链可以任意移动，蓝色小球固定不动。
当小球数量较少时，聚合物链移动不受影响，当蓝色球数量较多时，聚合物链移动受阻，类似于“走迷宫”。
代码已经全部注释，以供参考。
#自定义蓝色小球添加数量
variable npart equal 10
#模拟参数
dimension 2
units lj
atom_style molecular
boundary p p p
#近邻定义
neighbor 2.0 bin
neigh_modify every 1 delay 0 check yes
#读取聚合物链数据
read_data poly.input
#设置box区域
region box block -20 20 -20 20 -0.001 0.001
#在box区域内添加第二种原子
create_atoms 2 random ${npart} 358723 box
#摩尔质量设置
mass * 1
#原子1归入mobile组
group mobile type 1
#力场设置，lj/cut势
pair_style lj/cut 1.12246204830937
pair_coeff * * 1.0 1.0 1.12246204830937
pair_modify shift yes
#键力场设置
bond_style fene
bond_coeff 1 30.0 1.5 1.0 1.0
special_bonds fene
#能量最小化，防止原子重叠
minimize 1e-5 1e-5 100 100
reset_timestep 0
#输出设置
dump 1 all atom 100 poly.xyz
#mobile组积分，nve系综
fix integrator mobile nve
#对mobile组进行控温
fix dynamics mobile langevin 3 3 0.5 252352
#二维计算
fix run2d all enforce2d
#模拟步长
timestep 0.01
#每100步输出热力学信息
thermo 100
#开始运行
run 100000
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