大家好，我是小马老师。
今天给大家介绍一种比较有意思的lammps建模方法。
如下图所示：
用到的软件有：Atomsk、python、Ovito。
建模原理：Atomsk可根据掩码文件(mask.txt)对模型进行处理，类似于photoshop中的蒙版。
掩码文件是一个包含01两种数字的文本文件，具体描述可参考Atomsk官方手册说明：
https://atomsk.univ-lille.fr/tutorial_grid.php
例如下面是atomsk案例中的一个mask.txt，可以看出，文本中只有数字0和1，数字1组成的图案是“12”。
下图是经过蒙版处理后的模型，蒙版中对应的原子被删除。
根据这个原理，我们只要准备一张图片，将其转换为掩码文件，然后在atomsk中使用该掩码文件对模型进行蒙版处理即可。
下面介绍建模过程。
1.蒙版图像
准备一张图片，使用绘图软件缩小到合适大小，长宽大约为100-200像素比较合适。
本文案例尺寸为100*60像素。
2.转换mask.txt
在python中运行mask.py，生成掩码文档mask.txt。
程序运行结束后，会将图片像素值转为0和1，并保存到mask.txt中。
3.atomsk建模
运行以下命令生成一个Al板：
atomsk --create fcc 4.046 Al -duplicate 100 60 1 Al.xsf
运行蒙版命令，将被蒙版遮住的Al原子替换为Au原子。
atomsk Al.xsf -select grid mask.txt -substitute Al Au final.lmp
4.ovito绘图
在ovito中导入final.lmp，调整原子颜色即可。
从理论上来说，使用这种方式，可将任何图片转换为lammps模型，有兴趣的话试试吧。
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