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图像生成好了，但是颜色不喜欢怎么办？没错可以修改，最简单的，单个xy或者otu的颜色不喜欢，直接手动在E:\circos-0.69-9\test\etc\data\colors.conf将其对应颜色变量的三原色值修改了，如果需要统一修改，例如对XY进行分组，同一个分组的颜色值相同，那手动改起来就有点费劲了，而且每个新的表都要改。
于是加了几个txt：
分别储存每个xy的对应分组、每个分组的颜色、每个OTU的颜色（因为OTU就十个，并且不需要分组）
读取分组和分组颜色，格式分别为：
1\sXY00000\n
1\s147,112,219\n
使用字典g储存XY到分组号的映射，使用cg储存分组号到颜色的映射，然后重新打开咱们之前输出文件夹的color.conf，通过colorxy00000得到XY00000后再通过两个字典得到颜色值，修改右侧的颜色信息，然后重新写入文件。otu颜色同理，因为没有分组所以一个字典就够了。
group=readfile('分组.txt')
color=readfile(outdata+'colors.conf')
colorgroup=readfile('分组颜色.txt')
mengroup=readfile('OTU颜色.txt')
cg=dict()
g=dict()
men=dict()
for gr in group:
glist=gr.split('\t')
g[glist[1][:-1]]=glist[0]
for c in colorgroup:
clist=c.split('\t')
cg[clist[0]]=clist[1]
for m in mengroup:
mlist=m.split(' ')
men[mlist[0]]=mlist[1]
newcolor=list()
for c in color:
clist=c.split(' ')
name=clist[0][5:]
if name.upper() in g:#修改XY颜色值
line=clist[0]+' = '+cg[g[name.upper()]]
newcolor.append(line)
elif name in men:#修改OTU颜色值
line=clist[0]+' = '+men[name]
newcolor.append(line)
else:#漏网之鱼
newcolor.append(c)
savefile(outdata+'colors.conf',newcolor)
为了被迫丰富这一部分的内容，所以加了ribbon颜色的更改。
系统默认的ribbon的颜色来自于colors_percentile.conf，一共不到二十个颜色而且紫色太多，于是被要求ribbon的颜色改为其连接的xy颜色或者otu的颜色，那这样的话需要修改cells.txt的内容了。
对于每两行相同的cell，修改color=colorxy0000或者colorotu_1就可以了，z的值想改就改，我因为偷懒并没改，看着所有的color后缀都是_a1，所以就不考虑。
例如将ribbon修改为otu的颜色值时，对于奇数行，我们通过分割得到name，即OTU_1，然后就能得到colorotu_1_a1；对于偶数行，不赋值name，这样name就是上一行的otu。（该代码是在cells拼接的时候额外增加的内容，所以看起来很长）
cell1=readfile(data1+'cells.txt')
cell2=readfile(data2+'cells.txt')
offset_cell=len(cell1)/2
cell=list()
for i in range(len(cell1)):
c=cell1[i]
clist=c.split(' ')
if i%2==0:%如果奇数行，得到name
name=clist[1]
colorname=clist[4].split(',')
line=clist[0]+' '+clist[1]+' '+clist[2]+' '+clist[3]+' color=color'+name.lower()+','+colorname[1]
cell.append(line)
for i in range(len(cell2)):
c=cell2[i]
clist=c.split(' ')
if i%2==0:
name=clist[1]
cname=clist[0]
cnum=str(int(cname[5:])+int(offset_cell))
while len(cnum)<4:
cnum='0'+cnum
cnum='cell_'+cnum
if clist[1][0:2]=='XY':
line=cnum+' '+clist[1]+' '+clist[2]+' '+clist[3]+' color=color'+name.lower()+','+colorname[1]
cell.append(line)
else:
if clist[1] in offset:
num1=int(clist[2])+offset[clist[1]]
num2=int(clist[3])+offset[clist[1]]
line=cnum+' '+clist[1]+' '+str(num1)+' '+str(num2)+' color=color'+name.lower()+','+colorname[1]
else:
num1=int(clist[2])
num2=int(clist[3])
line=cnum+' '+clist[1]+' '+str(num1)+' '+str(num2)+' color=color'+name.lower()+','+colorname[1]
cell.append(line)
savefile(outdata+'cells.txt',cell) 如果是想要用xy的颜色表示ribbon呢，因为xy在otu之后，不能“继承”上一行的name，所以将代码修改为，如果偶数行，那么就提取name，操作和刚刚相同；如果奇数行，那么读取下一行的字符串，然后分割得到相应的name。
cell1=readfile(data1+'cells.txt')
cell2=readfile(data2+'cells.txt')
offset_cell=len(cell1)/2
cell=list()
for i in range(len(cell1)):
c=cell1[i]
clist=c.split(' ')
if i%2==1:
name=clist[1]
else:
cn=cell1[i+1]#下一行
cl=cn.split(' ')
name=cl[1]#下一行的label
colorname=clist[4].split(',')
line=clist[0]+' '+clist[1]+' '+clist[2]+' '+clist[3]+' color=color'+name.lower()+','+colorname[1]
cell.append(line)
for i in range(len(cell2)):
c=cell2[i]
clist=c.split(' ')
if i%2==1:
name=clist[1]
else:
cn=cell2[i+1]
cl=cn.split(' ')
name=cl[1]
cname=clist[0]
cnum=str(int(cname[5:])+int(offset_cell))
while len(cnum)<4:
cnum='0'+cnum
cnum='cell_'+cnum
if clist[1][0:2]=='XY':
line=cnum+' '+clist[1]+' '+clist[2]+' '+clist[3]+' color=color'+name.lower()+','+colorname[1]
cell.append(line)
else:
if clist[1] in offset:
num1=int(clist[2])+offset[clist[1]]
num2=int(clist[3])+offset[clist[1]]
line=cnum+' '+clist[1]+' '+str(num1)+' '+str(num2)+' color=color'+name.lower()+','+colorname[1]
else:
num1=int(clist[2])
num2=int(clist[3])
line=cnum+' '+clist[1]+' '+str(num1)+' '+str(num2)+' color=color'+name.lower()+','+colorname[1]
cell.append(line)
savefile(outdata+'cells.txt',cell) 然后移动，生成图像就行，如果有其他改色要求，如每个xy的颜色都想改并且不相同，可以参照http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/samples/的方法，将上传的表格加入颜色行或颜色列。当然，颜色值的修改也可以用记事本打开生成的svg，找到指定行后修改，不嫌麻烦的话。
