相同点：1.两者皆可开发web项目。2.两者基于事件机制编写程序。

不同点：1.web应用程序在程序运行阶段不允许修改后台代码；网站在运行中可以随时修该后台代码，前台刷新即可。2.web应用程序命名空间管理方便，网站项目命名空间不好区分。

ASP.NET WEB应用程序与网站的选择：

一般情况下两种开发方式可以根据开发者喜好选择，而大型项目一般都选择web应用程序，因为程序框架比较清晰。