比如我要输出一个基因在染色体上的位置信息，可以写如下bash脚本，保存为gene.sh。
脚本中保存了基因的位置信息。
#!/bin/bash
START=5000000
END=6000000
SCFID=785
GENE=Cyp6a9
echo The ${GENE} is on Chr${SCFID}:${START}-${END}
然后在命令行执行即可。
chmod 777 gene.sh
./gene.sh
## The Cyp6a9 is on Chr785:5000000-6000000
不过，如果脚本并不是只执行一次，而是很多次。那么每次针对不同的基因，都要进入gene.sh文件，然后针对4个参数进行修改，然后保存文件。很不方便，也不适合批量操作。
这个时候就需要给脚本加上参数了，这样，每次在执行脚本的时候在命令行输入参数即可，不需要再进入脚本文件进行修改。
位置参数
通过在命令行的位置，来表示传入对应脚本的参数。这是最简单的一种，如下我们将4个参数对应START, END, SCFID和 GENE进行传入参数。
#!/bin/bash
START=${1}
END=${2}
SCFID=${3}
GENE=${4}
echo The ${GENE} is on Chr${SCFID}:${START}-${END}
这时在执行的时候，只需在命令行输入对应参数即可，参数之间使用空格分割。
./gene.sh 5000000 6000000 785 Cyp6a9
## The Cyp6a9 is on Chr785:5000000-6000000
这种方法虽然简单，但是输入参数的时候必须严格对应，不能空缺参数，不能颠倒位置，这对脚本的新用户是十分不友好的。
参数名匹配
另一种传递参数的方式就是使用关键词，通过关键词匹配进行参数传递，这种情况下的参数传入方式就比较灵活了，不依赖于参数位置。
#!/bin/bash
usage() {
echo "Usage: ${0} [-s|--start] [-e|--end] [-i|--scfid] [-g|--gene]" 1>&2
exit 1
}
while [[ $# -gt 0 ]];do
key=${1}
case ${key} in
-s|--start)
START=${2}
shift 2
;;
-e|--end)
END=${2}
shift 2
;;
-i|--scfid)
SCFID=${2}
shift 2
;;
-g|--gene)
GENE=${2}
shift 2
;;
*)
usage
shift
;;
esac
done
echo The ${GENE} is on Chr${SCFID}:${START}-${END}
这时在命令行，可以不按照顺序输入参数，也可以使用双横线和全称的方式输入：
./gene.sh -s 5000000 -e 6000000 -i 785 -g Cyp6a2
./gene.sh -e 6000000 -i 785 -g Cyp6a2 -s 5000000
./gene.sh -e 6000000 -i 785 --gene Cyp6a2 -s 5000000
# .....
当然，如果命令参数没有找到匹配，会提示错误：
./gene.sh dsafda
## Usage: ./gene.sh [-s|--start] [-e|--end] [-i|--scfid] [-g|--gene]
这种参数传入的方式有两个关键，一个是使用case语句，另一个是使用了shift。shift的作用主要是移动位置参数。每执行一次都讲第一个位置参数向右移动一次。当然，如果是shift n就是每执行一次，向右移动n个位置。参考：
https://www.computerhope.com/unix/bash/shift.htm
有时候我们常使用等号=来进行参数传递
./gene.sh -s=5000000 -e=6000000 -i=785 -g=Cyp6a2
整体做法和使用上述空格是一样的。
此外，还可以使用getopts函数，但是感觉有点复杂。可以参考：
https://stackoverflow.com/questions/16483119/an-example-of-how-to-use-getopts-in-bash
【欢迎转发分享，转载请注明出处】
参考资料：
https://stackoverflow.com/questions/192249/how-do-i-parse-command-line-arguments-in-bash
https://stackoverflow.com/questions/16483119/an-example-of-how-to-use-getopts-in-bash
https://www.computerhope.com/unix/bash/shift.htm
