在Linux系统中，权限管理是非常重要的一个方面。在PHP开发中，经常会涉及到文件和目录的操作，因此对于系统权限的管理尤为重要。在Linux系统中，文件和目录的权限由三种不同的用户来管理：拥有者、同组用户和其他用户。每个用户都有读、写、执行三种权限，针对不同的用户设置不同的权限可以有效保护系统安全。

在PHP开发中，使用system函数来执行Linux命令是比较常见的操作。system函数可以让PHP脚本去执行系统命令，并返回执行结果。但是要注意的是，在使用system函数执行命令时需要考虑到系统权限的问题。如果当前PHP脚本的用户没有足够的权限来执行该系统命令，就会导致执行失败。

为了解决权限不足的问题，可以在Linux系统中通过修改文件和目录的权限来控制PHP脚本的操作权限。可以使用chmod命令来修改文件和目录的权限，以确保PHP脚本有足够的权限来执行系统命令。在使用chmod命令时，可以通过以下参数指定权限：

- u：代表拥有者
- g：代表同组用户
- o：代表其他用户
- a：代表所有用户
- +：增加权限
- -：去除权限
- =：设置权限

例如，如果要给文件file.php设置读写权限，可以使用以下命令：

```
chmod u+rw file.php
```

这样就给文件file.php的拥有者增加了读写权限。在PHP脚本中执行system函数时，就可以正常访问这个文件了。

除了修改文件和目录的权限外，还可以通过修改用户组来管理系统权限。可以使用chown命令来修改文件和目录的所有者和所属组，确保PHP脚本有足够的权限来执行系统命令。在使用chown命令时，可以通过以下参数指定所有者和所属组：

- chown owner:group file.php

这样就把文件file.php的所有者设置为owner，所属组设置为group。在PHP脚本中执行system函数时，就可以正常访问这个文件了。

总的来说，要确保PHP系统在Linux系统中能够正常执行命令，就要注意系统权限的管理。通过修改文件和目录的权限、设置所有者和所属组来保证PHP脚本有足够的权限来执行系统命令。只有合理设置系统权限，才能保证系统的安全和稳定。