今天将分享前列腺子区域的多类分割的完整实现过程,为了方便大家学习理解整个流程,将整个流程步骤进行了整理,并给出详细的步骤结果。感兴趣的朋友赶紧动手试一试吧。
在前面的文章中已经分享过Prostate MR Image Segmentation 2012分割挑战赛的文章,Tensorflow入门教程(二十三)——前列腺分割比赛top9之路,Tensorflow入门教程(二十)——基于VNet3D的前列腺分割案例,Tensorflow入门教程(十九)——基于VNet的前列腺分割案例,感兴趣的可以学习阅读一下。今天分享的比这个挑战赛更加上一个难度,是对前列腺区域再进一步细分成TZ和PZ两个子区域。
一、图像分析与预处理
(1)、200例MR的T2W原始数据和标注数据可以在原文链接中获取得到,在使用该数据的时候,要注明引用出处。
(2)、采用简单粗暴的方式来处理数据,由于训练的显卡是1080ti的11G显存的,所以首先将训练原始图像和标注图像进行图像大小缩放到固定大小,具体是192x192x48,如果你的显卡显存足够大的话,可以将该大小改的大一点,如果显存小的话,可以将该大小改小一点。
(3)、对缩放后的原始图像进行异常值截断处理,将95%以上的灰度值和5%以下的灰度值进行截断。
(4)、然后在采用均值为0,方差为1的方式对原始图像进行归一化处理。
(5)、为了防止模型过拟合,还增加了数据增强的处理过程,采用旋转,平移,翻转等方法对图像和标注数据同时进行扩充处理,这里扩充了10倍。
二、分割网络
(1)、搭建VNet3d模型,网络输入大小是(192, 192, 48)。Tensorflow入门教程(二十)——基于VNet3D的前列腺分割案例
(2)、loss采用的是多分类的focalloss函数。Tensorflow入门教程(三十五)——常用多类图像分割损失函数
(3)、训练损失函数和精度结果如下所示。
三、测试数据结果
输入图像统一缩放到(192, 192, 48),设置截断范围(5%,95%),输入到网络中预测,最后将结果缩放到原始图像大小。下面是20例测试数据分割结果,左边是金标准结果,右边是预测结果。
四、参考文献
1、"Y. Liu et al., "Automatic Prostate Zonal Segmentation Using Fully Convolutional Network With Feature Pyramid Attention," in IEEE Access, vol. 7, pp. 163626-163632, 2019, doi: 10.1109/ACCESS.2019.2952534"
2、"Y. Liu et al., "Exploring Uncertainty Measures in Bayesian Deep Attentive Neural Networks for Prostate Zonal Segmentation," in IEEE Access, vol. 8, pp. 151817-151828, 2020, doi: 10.1109/ACCESS.2020.3017168."
3、"Litjens G, Debats O, Barentsz J, Karssemeijer N, Huisman H. "Computer-aided detection of prostate cancer in MRI", IEEE Transactions on Medical Imaging 2014;33:1083-1092. DOI: 10.1109/TMI.2014.2303821"