本地blast使用教程
一、 软件安装
1.下载地址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.11.0/
2.点击红框里的版本开始下载：
3.安装步骤：
查看是否安装成功（可以不操作，直接跳到到配置环境变量）：
① 找到自己安装的文件夹
② 将上图红框的位置改为cmd，然后回车进入命令提示符
③ 在命令提示符输入blastn –version，然后回车
回车之后显示下图则证明安装成功
二、 配置环境变量
- 如图所示建立新文件夹命名为database
- 添加环境变量
① 右键上图database文件夹，点击属性，如下图，选择安全，然后复制红框内的路径
② 打开我的电脑，右击然后选择属性，点击高级系统设置，如下图：
选择高级，点击环境变量
点击下图红框内的新建按钮
如下图，变量名输入blastdb（红框），变量值粘贴第①步复制的路径（蓝框），填完之后点击确定
然后点击下图蓝框内的确定，就配置好环境变量了。
注：配置环境变量的目的是让系统知道数据库的位置在哪里
三、 本地blast的使用
- 建立数据库
① 下载需要的基因组或cds序列文件（.fasta格式）
②下载完成后解压选择需要的序列文件（以中牧一号cds序列为例）
② 复制上图红框内的文件粘贴到刚才新建的database文件夹中，如下图
为了方便可以将名字改为zhongmuyihao_cds.fasta
③ 在database文件夹内，将下图红框位置改为cmd然后回车
进入命令提示符，如下图
输入：
makeblastdb -in zhongmuyihao_cds.fasta -parse_seqids -hash_index -dbtype nucl 然后回车
注意：黄色框框里输入的是序列库的名称，需要和我们粘贴到database文件夹里的名称一致；蓝色框框里只能写nucl或者prot，nucl代表核酸库，prot代表蛋白库，我们建立的cds序列库所以写nucl。
回车之后出现下图则证明建库成功：
此时回到database文件夹发现多了很多其他格式的文件夹，如下图：
- 进行序列比对
① 将我们需要比对的序列（.fasta格式）粘贴到如下位置：
② 像之前一样，在下图红框输入cmd并回车
输入tblastn -query b.fasta -db zhongmuyihao_cds.fasta -out b.out -outfmt 7 -evalue 0.00001 然后回车，如下图：
注意：示例用的蛋白序列比对的核酸库，所以上图黄色框框里填写的是tblastn（其他规则见下图），蓝色框框里写的是需要比对的序列，和刚才粘贴的文件名一致，绿色框框里写的是我们建的序列库，上图用的是中牧一号的cds序列库，白色框框里写的是输出文件的名称，尽量与蓝框对应（如b.fasta对应b.out）。其他部分不需要变化。
然后返回下图文件夹，会生成.out文件：
将.out文件转化为.xls（Excel文件）格式（重命名，将out改为xls）如下图：
点击 是
然后打开.xls文件，如下图：
上图从左到右分别是：query acc.ver, subject acc.ver, % identity, alignment length, mismatches, gap opens, q. start, q. end, s. start, s. end, evalue, bit score，他们的含义如下图：
