定义转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA；狭义上指所有mRNA的集合。RNA-Seq (RNA-sequencing)也称为转录组测序，是最新发展起来的利用新一代测序技术进行转录组分析的技术，可以全面快速地获得特定细胞或组织在某一状态下几乎所有转录本的序列信息和表达信息，包括编码蛋白
Python转录组分析
## 介绍
转录组是指某一时刻特定细胞或组织内转录的所有mRNA分子的总和。转录组分析是研究基因表达的一种重要方法，可以帮助我们理解细胞和组织在不同条件下的基因表达模式，并发现与特定生物学过程相关的差异表达基因。Python是一种功能强大的编程语言，提供了许多用于转录组分析的工具和库。本文将介绍一些常用的Python工具和库，并通过代码示例来演示它们的使用。
## 数
原创
2023-09-16 12:58:57
269阅读
近年来，随着测序成本的不断降低，转录组测序已经成为解析基因组的功能成分、揭示细胞和组织的分子成分以及理解发育和疾病必不可少的技术手段，已广泛应用于基础研究、临床诊断等领域。发表论文作为检验研究成果的一条重要途径，大家都在思考高分文章到底该从何入手，一方面需要全面、细致的实验设计，但另一方面，区别于常规的分析内容，清晰明了又好看的结果图片也都会为
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2024-04-22 06:41:43
110阅读
转录组测序转录组 (transcriptome) 是指特定生物体在某种状态下所有基因转录产物的总和，转录组研究是功能基因组研究的一项重要内容，转录组是连接基因组遗传信息与生物功能 (蛋白质组) 的必然纽带。RNA-seq也称为全转录组鸟枪测序，应用高通量测序技术对样品中的mRNA、small RNA和non-coding RNA进行测序的技术，其中针对mRNA的RNA-Seq测序即为转录
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2023-10-15 11:17:37
151阅读
# Python转录组分析教程
转录组分析是生物信息学中的一项重要任务，它用来研究细胞内所有基因的表达情况。下面，我们将通过一个简明的流程图来介绍如何使用Python进行转录组分析。
## 流程概述
| 步骤 | 描述 |
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| 1
零基础入门转录组分析——第一章（软件的安装） 目录零基础入门转录组分析——第一章（软件的安装）1. conda的安装2. conda配置channels3. 常用生信软件的安装 （我这里使用的虚拟机是vmwarewokstation，版本16.0.0， linux系统是ubantu64位，版本20.04.3）
转录组分析全流程：软件安装——数据准备——质控——序列比对——表达定量——数据可视化
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2023-10-19 06:47:23
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转录组分析工具大比拼 文献阅读与翻译 - Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis摘要RNA-sequencing (RNA-seq)是转录组研究的重要技术。自从RNA-seq技术问世以来，已经开发
转录组分析是对样本转录产物RNA的深入挖掘研究。通常情况下，植物的表型差异可能由许多因素控制，其中包括基因的转录环节，不同基因的转录情况有所不同，可能会使表型发生变化。差异表达分析是对mRNA测序后获得表达矩阵，研究不同基因的表达量差异，除此之外，还有功能富集分析、联合分析等多种手段。转录组分析标准流程数据准备测序数据测序数据：fastq格式的文件（由测序公司提供），每4行为一个reads。数据信
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2024-10-09 12:14:36
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写的非常好 怕找不到留着自己看！如果作者不同意我会删除。前言接下来我们要介绍的是 RNA-seq 数据的处理分析流程，根据 RNA-seq 测序技术的不同，可以分为三种：Stark et al. Nat Rev Genet(2019)1. short-read
2. long-read
3. direct RNA-seq而我们一般的 RNA-seq
果解析既可以自己完成，又可以在
原创
2023-05-07 23:09:44
183阅读
转录组是研究功能基因的利器，通过转录组测序可以得到大量差异基因和众多调控网络，围绕转录组开展的多组学分析策略已是多种类型高分文章的必备“法宝”。但是单一的转录组难以确定关键途径，也无法鉴定控制关键途径的结构。 代谢组学是基于LC-MS/MS液质联用技术对生物样本中的小分子代谢物进行定性和相对定
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2024-05-07 23:32:12
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转录组分析综述
转录组
文献解读
Trinity cufflinks
转录组研究综述文章解读
今天介绍下小编最近阅读的关于RNA-seq分析的文章，文章发在Genome Biology 上的A survey of best practices for RNA-seq data analysis 。由于文章较长和枯燥，小编认为重要的信
转录组分析在当下研究功能基因组领域十分常用。相关软件组合种类也十分丰富，本文采用了hisat2+samtools+stringtie策略从转录组数据中挖掘差异表达基因。在这里小编整理了一下此套组合的执行流程，以供日后查阅；同时分享在平台，希望能帮助到更多初学者，如有谬误也请各路大佬批评指正。先从整体上看一下软件们所执行的功能：hisat2：建立参考基因组索引，reads的比对samtools：sa
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2024-01-16 04:23:48
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转录组广义上指在某一生理条件下，细胞内所有转录组产物的集合，包括：mRNA、ncRNA、rRNA等；狭义上指所有mRNA的集合。因为测的是所有的RNA，因此数据量庞大。以植物为例，基本上每个物种的转录组测出来的基因数目都有上万条。而我们进行RNA-seq的主要目的就是寻找引起处理和对照之间表型差异的关键基因，也就是要通过一些生物信息的分析，从上万条基因中找出
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2023-12-06 23:25:24
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欢迎关注”生信修炼手册”!对于疾病或者肿瘤相关的转录组数据，除了进行基础的差异分析外，还可以从可变剪切，融合
原创
2022-06-21 06:21:19
602阅读
RNA-seq工具哪家强RNA-seq分析工具知多少RNA-seq是研究转录组应用最广泛，也
原创
2023-07-19 13:28:27
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转录组分析是目前应用最广的高通量测序分析技术录组的测...
原创
2023-07-26 15:34:02
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# 转录组数据分析入门指南
转录组数据分析是生物信息学中一个重要的领域，它帮助研究人员理解基因表达的各种模式。对于刚入行的小白来说，学习转录组数据分析的流程可能会有些复杂。在这篇文章中，我们将逐步讲解转录组数据分析的流程，并提供相应的代码示例，帮助你快速入门。
## 分析流程
下面是转录组数据分析的一般流程，可以用表格展示：
|步骤|内容|
|----|---|
| 1 | 数据获取：获
是单细胞转录组技术的突飞猛进，使得我们对组织内细胞异质性的认识有了很大提...
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2023-05-07 20:05:53
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引入clusterProfiler与注释数据library(clusterProfiler)
library(DOSE)
library(DO.db)
library(org.Mm.eg.db)GO(gene ontology)分析GO，Gene Ontology，是基因功能国际标准分类体系。它旨在建立一个适用于各种物种的，对基因和蛋白质功能进行限定和描述的，并能随着研究不断深入而更新的语言词汇标
