这是我两三年前学习过的一本书，我觉得这本书挺好，把生物学的问题直接在python学习中解决了，推荐给大家，之前还整理了习题代码，分享一下。之前分享在了github上，收获了10颗星，惭愧，已经是我最多星的一个。还有一两个习题记得没有解答出来，如果你解答出来了，欢迎交流！代码有的肯定不是最优的，只是一种解答方法，可能有错误，也欢迎指正，谢谢！我坚信分享使我们快乐，加油！我是用python3完成的，当
编程，作为生物信息学的一个基础性技能，是任何一个生信工程师都无法绕开话题。也许有些人还在纠结 Perl 和 Python 到底应该学习哪一个，但作为目前最火最流行的编程语言 Python 还是非常值得尝试的。它不但可以进行文本处理，在统计、网站、游戏、爬虫、数据可视化等方面也有非常强大的应用，比起曾经的 Perl 真的强大和全面很多，且在学习曲线上比 Perl 更容易入手。不管从长远发展，还是短期
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2024-06-14 21:08:37
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python内的序列(组)好长时间没写过了！想来我也不能按照一定的时间来更新我的博客，就拿博当做笔记吧 。经历了一段时间的颓废之后，今天我又开始写了 作为一个学生物的仔，跑来学python，我觉得还是非常有必要的，对于大量的生物数据来说最好的方法就是实现 “自动化” 。作为一个处理生物数据基本都亲历亲为的仔，在处理大量的生物数据之后，只能想到吐槽NCBI的数据实在是太不标准了，每次运行脚本我都要改
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2024-06-21 12:44:11
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目录 1.生信编程很简单编程语言系统入门题目下载安装bowtie2（内含测试数据）2.人类基因组的外显子区域的长度题目测试数据R实现代码示例3.hg19基因组序列的一些探究题目测试数据Perl代码示例参考结果{-}4.hg38每条染色体的基因、转录本分布题目测试数据代码示例5.多个同样行列式文件的合并题目模拟数据真实数据代码示例6.根据GTF画基因的多个转录本结构题目测试数据R实现代码示
目录一、准备数据1.查看数据二、数据探索性分析1.数据描述型分析2.各特征值与结果的关系a)研究各个特征值本身类别b)研究怀孕次数特征值与结果的关系c)其他特征值3.研究各特征互相的关系三、数据预处理1.去掉唯一属性2.处理缺失值a)标记缺失值b)删除缺失值行数 c)用合理值代替缺失值3.异常值处理四、机器学习（分类模型）1.决策树a)建立决策树模型b)模型评估c)参数优化d)重新建立模
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2024-01-30 07:26:54
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# 用Python画海洋生物代码
海洋生物是海洋生态系统中极具多样性和神秘感的一部分，其中包括各种各样的鱼类、海草、珊瑚和海洋哺乳动物等。如何用Python程序绘制出这些美丽的海洋生物呢？下面我们将介绍如何使用Python的turtle库来画出一只小海马。
## 海马类图
```mermaid
classDiagram
class SeaHorse {
- posit
原创
2024-04-07 03:13:20
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# 如何在机械专业中使用 Python
在机械专业中，Python 可以用来进行数据分析、模型仿真、自动化设计以及控制系统等多种应用。那么，作为一名刚入行的小白，应该如何开始呢？本文将通过一系列的步骤来引导你实现“机械专业用 Python”的目标。
## 整体流程
以下是实现机械专业用 Python 的整体流程：
| 步骤 | 描述 |
|----
最近在阿里云上买了个账号，根据了解到的初步的信息，云计算将在我们生物信息学领域得到广泛应用，当然前提是阿里能够提供相应的服务，让客户，特别是小白客户更容易的上手，甚至生物分析爱好者或者提供生物信息分析服务的小型公司可以在阿里云上运行。云计算，说白了就是信息的挖掘，也许有一天阿里云能够做成另一个淘宝，即信息处理分析的淘宝，有提供信息分析服务的卖家，也有需要数据分析的客户，而这一切是基于阿里云的，卖家
原创
2015-12-18 11:12:03
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生物计算机作为一个新兴交叉学科领域，涵盖了生物学、计算机科学、工程学等多个学科的知识。随着生物技术的飞速发展，生物计算机逐渐成为一个备受关注的研究方向。本文将从生物计算机的定义、原理、应用及发展前景等方面，探讨生物计算机这一专业领域的内涵与外延。
一、生物计算机的定义与原理
生物计算机，顾名思义，是一种基于生物学原理设计的计算机。它借鉴了生物体内信息处理的方式，利用生物分子（如DNA、蛋白质等
原创
2024-01-26 23:03:23
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目录 生物技术制药课程学生论文调研报告集1、抗HCV病毒直接作用药物的结构和作用机制 生物技术制药课程学生论文调研报告集1、抗HCV病毒直接作用药物的结构和作用机制NS3 protease：一种具有N-端蛋白酶活性，又具有C-端解旋酶活性的蛋白酶，必须结合NS4A才有蛋白酶活性。NS4A：一种促蛋白酶活性的非共价辅助因子。the NS5B RNA-dependent RNA polymera
常用的分子生物学实验技术：离心技术： 是分离纯化蛋白质、酶、核酸（DNA、RNA）、细胞的最常用方法之一。 电泳（electrophoresis）：带电粒子在电场中向着与其所带电荷相反方向电极移动的现象。 可用于分离不同分子量的生物大分子。 1.蛋白质的电泳： 用途：蛋白质的定量。 2.核酸的电泳： 用途：用于核酸的分离、鉴定、纯化、回收。
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2024-07-02 21:30:38
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趁疫情被封闭在家，学习一下python，之前尝试过看过perl的书，代码看得我一脸懵逼，python乍看上去和蔼可亲多了，再加上有个师兄鼓励和推荐学习python，找了这本书Managing Your Biological Data with Python先动起来吧，希望自己能坚持下去。
Managing Your Biological Data with Python
1. Anaconda安
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2023-08-21 15:42:37
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机器之心编译参与：杜夏德、李泽南、蒋思源、吴攀昨日机器之心编译的一篇文章（参见：）显示Python已经逐渐成为最受欢迎的机器学习语言。在今日的 Quora 专题上， 《Python机器学习》一书的作者 Sebastian Raschka 回答了有关 Python、机器学习、计算生物学方面的许多问题。让我们通过这个专题看看这个机器学习界的明星（他被列为Github中最有影响力的数据科学家之一）是如何
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2023-11-02 09:11:51
42阅读
大学的生物专业真的那么坑吗？作者：王蘑菇看到这么多人黑生物，我觉得不能再沉默了。很多人把自己个人的无能嫁祸
原创
2023-04-26 14:26:36
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简介 从Python生态系统中发现现代的新一代测序文库，分析大量生物数据主要特点使用最重要的Python库和应用程序执行复杂的生物信息学分析实施新一代测序，宏基因组学，自动化分析，群体遗传学等探索生物信息学数据分析的各种统计和机器学习技术生物信息学是一个活跃的研究领域，它使用一系列简单到高级的计算来从生物数据中提取有价值的信息。本书涵盖了新一代测序，基因组学，宏基因组学，群体遗传学，系统发育学和
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2023-11-07 16:30:43
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1、测试数据下载：ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-44/gff3/arabidopsis_thaliana/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.44.chromosome.1.gff3.gz 2、[root@PC1 test2]# ls
Arabidopsis_thaliana.TAIR10.
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2023-06-26 22:33:26
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再次有朋友加我QQ问我”生物信息如何入门，应该学习python还是perl“。实话说，虽然已经学习生物信息三年有余，但是限于自己所处的环境以及自己的天赋，我一直认为自己并没有太大的进步。而在编程方面更是半路出家的和尚，称不上一个合格的码农，也称不上是一个pythoner。目前的水平也就能够写一点简单的代码应付日常工作。回到正题，应该选择python还是perl？我毫不掩饰地说，我是一个python
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2024-05-11 08:29:44
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生物识别技术是利用人体固有的生理特性（如指纹、脸象、红膜等）和行为特征（如笔迹、声音、步态等）来进行个人身份的鉴定。 生物识别技术比传统的身份鉴定方法更具安全、保密和方便性。生物特征识别技术具有不易遗忘、防伪性能好、不易伪造或被盗、随身“携带”和随时随地可用等优点。指纹识别技术是目前最方便、可靠、非侵害和价格便宜的解决方案。指纹识别具有扫描指纹的速度快、方便、小型化等优点，指纹识别技术已经逐渐进
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2024-01-05 13:16:27
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# 如何实现生物数据分析的 Python 编程
在生物科学领域，数据分析是一项至关重要的任务。无论是基因组数据、蛋白质序列还是其他类型的生物数据，Python 图书馆如 NumPy、Pandas 和 BioPython 提供了许多强大的工具。本文将为刚入行的小白介绍如何实现生物数据分析的流程，并提供具体的代码示例。
## 步骤流程
| 步骤 | 描述 | 编写代码 |
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NeuroKit2是一个用户友好的包，提供了先进的生物信号处理程序的方便访问。没有丰富的编程知识或生物医学信号处理知识的研究人员和临床医生只需要两行代码就可以分析生理数据。举个栗子：import neurokit2 as nk
# Download example data
data = nk.data("bio_eventrelated_100hz")
# Preprocess the da
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2023-10-01 22:05:46
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