QIIME2是微生物组分析流程QIIME(截止17.7.13被引7771次)的全新版(不是升级版),采用python3全新编写,并于2018年1月全面接档QIIME,是代表末来的分析方法标准(大牛们制定方法标准,我们跟着用就好了)。安装附1. 核心概念想要深入理解QIIME2的分析过程,QIIME定义的基本概念需要了解一下。 1. 数据文件: 人工产品 (artifacts) 
激活qiime2的执行环境:source activate qiime2-2019.4 如何查看conda已有的环境:conda info -e 以下分析流程参考:https://docs.qiime2.org/2019.4/tutorials/qiime2-for-experienced-microbiome-researchers/1、数据准备现在我们常用的就是这种格式的数据,每个样品一对数
转载 2024-10-18 19:17:25
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Resharper系列更多关于Resharper的介绍 参考我之前的文章:Resharper 详细教程提升ReSharper和Visual Studio的性能Visual Studio中使用ReSharper的速度很慢TODO Resharper 常用快捷键Alt + F7 查找引用Ctrl + N Go To Everything 定位到任何,非常强大Ctrl + Shift + N
Restlet是一个Java下的轻量级REST框架。通过拥抱REST(REST是一种Web架构风格)它模糊了Web站点和Web服务之间的界限,从而帮助开发人员构建Web应用。每一个主要的REST概念(REST concept)都有一个对应的Java类。你的REST化的Web设计和你的代码之间的映射是非常简单直接的。 为什么有必要创建另一种框架?难道Ser
转载 2024-08-26 15:17:11
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在Linux操作系统中,QIIME(Quantitative Insights Into Microbial Ecology)是一个非常有用的工具,用于对微生物组数据进行分析和解释。通过QIIME,用户可以进行微生物多样性分析、群落结构研究以及功能预测等工作。本文将介绍如何在Linux系统中调用QIIME进行微生物组数据分析。 首先,要在Linux系统中成功调用QIIME,需要按照官方文档提供的
原创 2024-04-16 10:41:58
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QIIME是微生物组领域最广泛使用的分析流程,14年来引用65000+次,2019年Nature杂志评为近70年来人体菌群研究的25个里程碑事件——里程碑16:生物信息学工具助力菌群测序数
原创 2024-09-30 11:44:48
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DevJobsScanner 在过去的 14 个月(从 2021 年 10 月到 2022 年 11 月)中分析了超过 1200 万个开发人员职位需求,并从其中挑选了明确需要编程语言的工作机会,得到了 2022 年最受欢迎的 8 种编程语言。目前市场中需求最高的前八位语言分别是:1、JavaScript / TypeScript自创建以来,JavaScript 就一直保持着流行。目前,Javasc
其实简单来说Docker就像是一个打包好的linux 里面只有你得所有项目需要的东西,跟你主机完全隔离。运行起来非常方便。基本概念:(常用的三个)镜像(Image)一个只读的模板,镜像可以用来创建 Docker 容器用户基于镜像来运行自己的容器。镜像是基于 Union 文件系统的层式结构可以简单创建或更新现有镜像,或者直接下载使用其他人的。可以理解为生成容器的『源代码』 容器(Conta
转载 2023-07-14 18:11:48
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ReScript 和 TypeScript 的出现都是为了更好地使用JavaScript,但两者还是有很大的不同。
原创 精选 2021-09-06 11:39:04
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生物信息学习提示:仅供学习交流使用。 基于Qiime2处理Silva数据库前言一、安装Qiime2二、通过Qiime2下载Silva数据库1.RESCRIPt安装2.下载处理Silva数据库3.构建分类器3.1 全长分类器构建3.2 特异引物分类器构建总结 前言本文主要介绍怎样通过Qiime2处理Silva数据库这一流程。提示:以下是本篇文章正文内容,下面案例可供参考一、安装Qiime2#通过co
很多优秀的生物信息学软件,如QIIMEQIIME 2、LEfSe等没有Windows版,而
转载 2023-05-02 17:29:58
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很多优秀的生物信息学软件,如QIIMEQIIME 2、LEfSe等没有Windows版,而使用VirutalBox虚拟机不仅效率低,而且挂载外部硬盘和使用中也经常遇到各种问题,配置和使用详见 - 扩增子分析流程1. QIIME虚拟机安装配置及挂载外部目录。好在Windows 10自16年9月起支持内置Linux系统,经过几年发展后使用也比较稳定,目前有最新Linux发行版Ubuntu 20.04
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文章目录可重复、可交互、适用范围广和可扩展的微生物组数据科学——QIIME 2作者名单作者单位热心肠导读正文附图1. QIIME 2系统的示意图图1. QIIME 2提供多种交互式可视化工具图2. 迭代记录数据来源确保分析可重复附图2. QIIME2的各种使用界面数据可用代码可用额外信息附图3. QIIME2文档类型qza/qzv和结构在线方法提取QIIME2的存档内容Reference猜你喜欢
U盘安装Ubuntu 16.04 教程(安装全过程,不包含下载)官网:cn.ubuntu/下载连接:位:http://releases.ubuntu/16.04/ubuntu-16.04-desktop-amd.iso32位:http://releases.ubuntu/16.04/ubuntu-16.04-desktop-i386.iso
当你需要下载并安装 Python 模块时,有几种常用的方法。以下是一些步骤,你可以根据你的需求选择其中一种方法:使用 pip 安装:首先,确保你已经在本地安装了 Python 环境。你可以在命令行中输入 python 来查看你的 Python 版本。如果你的命令行中找不到 pip 命令,你需要手动安装它。输入以下命令:python -m ensurepip确认 pip 是否正常工作,你可以输入 p
原创 2024-04-08 10:00:11
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Linux操作系统是一种开源操作系统,广泛应用于各种服务器和个人电脑中。在Linux系统中,软件包的管理是非常重要的一部分,而RPM(Red Hat Package Manager)就是其中一种常见的软件包管理工具。 RPM是Red Hat推出的一种针对Linux系统的软件管理工具,它能够方便用户进行软件的安装、升级、卸载等操作。在Linux系统中,RPM是一种以.rpm为扩展名的软件包格式,用
原创 2024-02-28 11:39:46
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1.官网下载zookeeperhttps://archive.apache.org/dist/zookeeper/ 版本:zookeeper-3.4.10.tar.gz2.上传到alh...
安装ruby 也可以安装指定的版本 可以通过。 查看版本。 安装sass sass依赖ruby,而且版本要2.0及以上。 安装成功。 测试使用 它会生成一个main.css的文件。 安装compass phpstorm中添加自动转换工具
原创 2021-08-05 16:13:46
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Python安装安装.whl包(安装pylint) Pylint 是一个 Python 代码分析工具,它分析 Python 代码中的错误,查找不符合代码风格标准和有潜在问题的代码。 1,,下载.whl文件:pylint-1.8.1-py2.py3-none-any.whl 下载地址:https://
转载 2017-12-27 21:28:00
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分为四部分:1.Anconda安装2.python安装3.jupyter安装4. jupyter远程连接配置1.Anconda安装1.下载Anconda到本地,然后上传到服务器上。具体操作如下: (1)下载。到Anaconda官网或清华源地址下载所需的Anaconda 版本至自己的电脑。(2)上传到服务器 方法一:找到下载好的安装包(文件名为 Anaconda3-2019.10-Linux-x86
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