生物学家正在对n个物种进行研究。其中第i个物种的DNA序列为s[i]，其中的第j个碱基为s[i][j],碱基一定是A、T、G、C之一。生物学家想找到这些生物中一部分生物的一些共性，他们现在关注那些至少在m个生物中出现的长度为k的连续碱基序列。准确的说，科学家关心的序列用2m元组(i1,p1,i2,p2....im,pm)表示，满足: 1<=i1<i2<....<im<
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2024-06-01 07:19:25
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嘟嘟嘟 现在看到字符串就想到SAM，所以很担心kmp啥的会不会忘了…… 这题感觉挺暴力的：首先当然要把$s$建成SAM，然后令$dp[i][j]$表示到第$i$组时，SAM上节点$j$能匹配的字符串个数。 转移的时候暴力枚举起点节点$p$，然后每一次都把当前字符串放上去跑，如果在SAM上存在的话，令
原创
2021-05-29 20:30:29
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[题目链接] https://www.lydsy.com/JudgeOnline/problem.php?id=5337 [算法] 考虑构建后缀自动机 用fi , j表示前i个串 ， 匹配到自动机上的j号节点方案数 在自动机上dp即可 , 详见代码 时间复杂度 : O(NK) [代码]
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2019-04-05 21:25:00
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"题目" 为什么没人用$SAM$啊 我们先把原来的模式串建一遍$SAM$，之后我们就可以求出$SAM$上每一个节点的$|endpos|$就可以知道每一个子串出现的次数了，也就是在模式串上的匹配数了 之后我们设$dp[i][j]$表示前$i$个里组合出的子串在$SAM$上匹配到了$j$位置的方案数是多
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2019-01-11 13:22:00
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Font Size:AaAaAaDescription 给出一个由n个数组成的序列x[1..n]，找出它的最长单调上升子序列的长度。即找出最大的长度m和a1,a2……,am，使得 a1 #define maxn 1005int a[maxn]; int dp[maxn]; int max(...
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2015-09-13 11:19:00
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先把所有的fasta 序列合并为一个文件cat *.fasta > result_all_Sequence.fasta筛选大于90bp的然后查找其中的GCATfrom glob import glob
import os
os.chdir("D:\\")
file_in = open("result_all_Sequences.
原创
2016-12-25 12:02:14
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生物动态光学成像中心赵新生、高毅勤两个课题组通力合作，近日在《美国科学院院刊》上发表重要论文，利用新颖的单分子实验手段重新测算了双链DNA错配碱基自发反转的速率，并运用动力学模拟方法对其分子机理进行了深入研究。对于阐明酶对碱基进行修复的分子机理具有重要价值。如果在双链DNA中有一错配的碱基对，其中的一个碱基是否可以自发地翻转出来？如果可以，其速率是多少？这不仅是DNA运动的一个基本问题，而且具有重
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2024-01-27 20:09:37
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一道字符串&DP好题。 题意 给你一个字符串 \(s\)，还有 \(k\) 组字符串，问你从每组字符串中只选一个字符串，且按顺序排列后连接起来的串为 \(s\) 的子串的选择种数有多少个，对 \(1\text{e}9+7\) 取模。 题解 显然是道 DP。 定义 \(f_{i,j}\) 表示按顺序选 ...
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2021-09-21 19:27:00
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作业要求：比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2，并且搞懂它的用法。
直接去hisat2的主页下载index文件即可，然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件。
接着用samtools把它转为bam文件，并且排序(注意N和P两种排序区别)索引好，载入IGV，再截图几个基因看看！
顺便对bam文件进行简单QC，参考直播我的基因组系列。 &
主要是可变剪切分析的实验验证需要用到具体的碱基序列，如果工具使用不熟还是挺烦的，容易搞错或者放大工作量。 最简单的方法： 以PKM为例，打开https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/5315 click "Tools" - "Sequence Text View" 然后就可
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2021-04-14 11:40:00
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题意 "题目链接" Sol $f[i][j]$表示匹配到第$i$个串，当前在主串的第$j$个位置 转移的时候判断一下是否可行就行了。随便一个能搞字符串匹配的算法都能过 复杂度$O(|S| K a_i)$ cpp include define Pair pair define MP(x, y) mak
原创
2021-06-04 23:11:34
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题目链接 "洛谷P4591" 题解 设$f[i][j]$表示前$i$个串匹配到位置$j$的方案数，匹配一下第$i$个串进行转移即可 本来写了$hash$，发现没过，又写了一个$KMP$，依旧$WA$，无奈去翻题解，竟然要取模??!! 题面怎么不讲啊，， C++ include include inc
原创
2021-07-20 14:19:51
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最长公共子序列 假设您正在开发一个将对象自动保存到数据库中的框架。 您需要检测两次保存之间所做的更改，以便仅保存修改的字段。 如何检测脏场。 最简单的方法是遍历原始数据和当前数据，并分别比较每个字段。 代码如下： public static void getDirtyFields(Object obj, Object obj2, Class cls, Map<String, Dif
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2024-06-30 21:37:05
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Equidistributed sequence - Wikipedia 在数学中，如果落在子区间中的项的比例与该子区间的长度成正比，则称实数序列 (s1, s2, s3, ...) 是等分布的或均匀分布的。此类序列在丢番图近似理论中进行了研究，并应用于蒙特卡洛积分。一、等分布序列定义 &nb
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2024-08-25 14:19:34
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Barcode位于引物的外侧，比较典型的有三种，上图展示的为最常用的barcode位于左端(正向引物上游)，此外还有右端和双端也比较常用。本分析采用的数据类型为右端barcode。extract_barcodes.py是QIIME中用于切除barcode的脚本，支持你想到的所有类型。-f参数为输入文件，即上文中合并双端数据后的文件；-m为实验设计文件；-o为输出切下barcode的数据目录；-c为
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2024-05-09 19:44:26
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# Python 实现 DNA 配对碱基链
在这个教程中，我们将学习如何使用 Python 实现 DNA 配对碱基链。DNA 由四种碱基组成：腺嘌呤（A）、胸腺嘧啶（T）、胞嘧啶（C）和鸟嘌呤（G）。在 DNA 双链中，A 总是与 T 配对，C 总是与 G 配对。因此，我们希望编写一个程序来实现这一功能。
## 流程概述
首先，我们来梳理一下实现配对碱基链的总体流程。下面是一个步骤表：
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# Python配对碱基链
碱基链是DNA的组成部分，由四种碱基（腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤和胸腺嘧啶）组成，它们之间遵循一定的配对规则：腺嘌呤与胞嘧啶配对，鸟嘌呤与胸腺嘧啶配对。在生物学研究中，经常需要对碱基链进行配对，以便进一步分析DNA的结构和功能。
Python作为一种强大的编程语言，在生物信息学领域也有着广泛的应用。我们可以利用Python编写程序来模拟DNA碱基链的配对过程，以便更方便
原创
2024-03-20 06:40:57
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生物学家正在对n个物种进行研究。 其中第i个物种的DNA序列为s[i]，其中的第j个碱基为s[i][j],碱基一定是A、T、G、C之一。 生物学家想找到这些生物中一部分生物的一些共性，他们现在关注那些至少在m个生物中出现的长度为k的连续碱基序列。 准确的说，科学家关心的序列用2m元组(i1,p1,i
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2019-03-17 14:50:00
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# Python中的碱基互补配对
在生物学的领域中，DNA是遗传信息的载体，由四种核苷酸组成：腺嘌呤（A）、胸腺嘧啶（T）、胞嘧啶（C）和鸟嘌呤（G）。DNA双链的互补配对是指，A总是与T配对，C总是与G配对。这一特性对于DNA的复制和修复至关重要。本文将探讨如何使用Python实现碱基互补配对，并给出相关代码示例，同时也会配以序列图与饼状图来更好地理解这一概念。
## 碱基互补配对原理
在
原创
2024-09-28 04:39:26
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# Python碱基配对算法：生物信息学中的基础
碱基配对是分子生物学中DNA和RNA结构的重要特性。DNA由四种碱基组成：腺嘌呤（A）、胸腺嘧啶（T）、鸟嘌呤（G）和胞嘧啶（C）。在双螺旋结构中，A总是与T配对，G则与C配对。了解碱基配对不仅对基因组学研究有重要意义，也为生物信息学的发展提供了理论基础。
## 碱基配对算法的基本原理
在实际应用中，碱基配对的算法用于比对DNA或RNA序列，
