文章目录（零）AlexNet前言知识0.1 常用公式0.2 深度学习的宏观框架0.3 ImageNet数据集AlexNet的历史意义AlexNet完整结构图论文中重点章节摘要论文小标题AlexNet结构特点ReluLRN 局部响应归一化训练技巧（一）alexnet_inference.py 分析1.1 transforms.Compose()1.2 unsqueeze_()1.3 AlexNet
Kegg通路或者GO本体论富集分析是基因功能注释最常见的分析，结果可以以多种形式展示，最常用的包括：条形图/bar图，气泡图/dot图等，其中气泡图输入数据一般包括以下4个维度的信息：名字，富集倍数（或者gene ratio），P值，基因count。例如：pathwayenrichmentpvaluecountRNA transport4.8072586411.56E-0515Epstein-Ba
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2023-09-10 22:22:53
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Python综合应用——宿舍管理系统
通过对 python 的函数，变量的应用，编写简单的关系系统 实现功能：1.新增学生2.显示全部学生信息3.搜索学生 可按照学生姓名，班级，学号，宿舍号标准进行查询4.修改信息（按照用户名进行检索标准）备注：修改了代码到python3.x版本 代码包目录结构如下程序代码如下：1 主函数，整体系统的框架（main.py）from student
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2023-10-06 20:19:58
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# R语言KEGG富集分类
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个基因功能注释和基因组学研究的重要数据库。它提供了生物学和化学相关的基因和蛋白质的大量信息，包括基因的分类、功能注释、代谢途径等。在生物信息学研究中，我们经常需要对一组基因进行功能富集分析，以了解这些基因的功能特征。R语言提供了丰富的生物信息学库，其中包括用于KEGG富集分类
原创
2023-10-19 05:39:12
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### R语言KEGG 分类备注实现流程
为了教会你如何在R语言中实现KEGG分类备注，我将为你提供一份详细的步骤，并解释每个步骤需要做的事情以及相应的代码。
#### 步骤一：安装必要的R包
在开始之前，我们需要确保已经安装了所需的R包。在R中，我们可以使用`install.packages()`函数来安装包。以下是需要安装的包：
- `KEGGREST`：用于访问KEGG数据库的API
原创
2023-10-21 17:29:07
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手把手教你看KEGG通路图！亲爱的小伙伴们，是不是正关注代谢通路研究？或者你正面对数据，绞尽脑汁？小编当然不能让亲们这么辛苦，今天就跟大家分享KEGG代谢通路图的正确解读方法，还在迷糊中的小伙伴赶紧mark起来吧~ 怎么看KEGG中代谢通路图?KEGG，Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因和基因组百科全书，是系统分析基因功能，联系基因组
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2023-10-12 23:27:59
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系列文章目录文章目录 单细胞测序流程（一）简介与数据下载单细胞测序流程（二）数据整理单细胞测序流程（三）质控和数据过滤——Seurat包分析，小提琴图和基因离差散点图单细胞测序流程（四）主成分分析——PCA单细胞测序流程（五）t-sne聚类分析和寻找marker基因单细胞测序流程（六）单细胞的细胞类型的注释单细胞测序流程（七）单细胞的细胞类型轨迹分析单细胞测序流程（八）单细胞的marker基因转化
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2023-11-09 00:56:29
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## 如何在R中实现KEGG通路图
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）数据库为生物信息学提供了丰富的生物通路、基因组数据和药物信息。在生物数据分析中，通路图的可视化能帮助我们理解生物过程。本文将带领你一步步实现R语言中的KEGG通路图。
### 实现流程
以下是实现KEGG通路图的基本流程：
| 步骤 | 描述
原创
2024-08-07 11:57:38
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KEGG功能富集气泡图是一种用于展示生物信息学分析结果的常用图表，通过气泡的大小和颜色来展示不同功能通路的丰度和显著性。在python中，我们可以使用一些常见的库来生成这样的图表，如matplotlib和seaborn。
首先，我们需要准备好进行KEGG功能富集分析的数据，一般包括基因列表和对应的KEGG通路信息。在这里，我们以一个示例数据为例进行说明。首先，我们导入必要的库：
```pyth
原创
2024-04-19 07:47:42
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×××S 2012 高级图表类型 -- 气泡图与散点图 气泡图与散点图的性质都非常类似，通常是应用在显示两个连续变量之间的相关性。例如，在销售报表中，除了单独看销售数量与销售金额之外，同时也会想要知道这两个数值之间的相关性（趋势线），同时看看有无商品是否偏离这个趋势（销售数量高却销售金额低于平均），即可应用散点图来制作图表。至于气泡图则是较散点图多纳入一组连续变量，借由此连续变量的数值来
在数据分析过程中，数据及模型可视化是无可避免的，同时这也是展示我们数据分析成果的最佳方式。因此，熟悉掌握绘图库的使用，对精进我们的数据分析技能起着不可替代的作用。在上一篇中，我们掌握了Matplotlib的基本操作技巧。在有一定的认识基础后，我们今天再来看看在python里另一个强大的绘图库——Seaborn。重温一下：Seaborn 是以 Matplotlib 为核心的高阶绘图库，
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2023-09-25 19:04:18
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一.引言最近看B站视频，有大佬徒手用excel一个格子一个格子填充，撸出了钢铁侠的图片，惊奇的同时，我思考，用python是否可以更快速的完成呢？ps：由于最近重构了下代码，因此想看最新效果图以及GUI界面可直接前往文末二.任务分解既然原理是将excel的每一个单元格当作一个像素块，那我们是否可以通过opencv获取图片每个像素的RGB值，然后通过python对excel进行操作，给每个单元格填充
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2023-08-01 12:52:34
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目录1、绘制多个子图2、绘图在指定的子图上 3、subplots命令：快速生成多个子图框架 3.1 快速布局3.2 画一个图形 3.3 多个图形共用一个轴 3.4 与seaborn联合使用 3.5 使用数组方式指定子图 3.6 嵌套图在matplotlib中，所有的绘图操作实际上都是以Axes对象为独立的绘图区域进
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2023-08-07 14:00:17
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前两篇文章我们介绍了 Jupyter Notebook 的一些基础用法，今天我们来介绍一下如何使用 conda 和 Jupyter 在 R 中开始一个数据科学项目。在开始之前我们先要明确一个概念：Kernel，即内核。内核是以特定的编程语言运行交互式代码并将输出返回给用户的进程，基于 Kernel，Jupyter Notebook 可以支持包括 R、Python 在内的多种编程语言。由于 Jupy
# 机器学习分类损失图的绘制
在机器学习中，分类任务的数据训练效果通常可以通过损失值来评估。损失值越低，模型的表现通常越好。本文将介绍如何绘制机器学习分类的损失图，同时结合代码示例、旅行图和状态图，帮助理解整个过程。
## 一、分类损失函数
在分类任务中，损失函数可以帮助评估模型的性能。对于二分类问题，使用的常见损失函数包括：
- **二元交叉熵损失（Binary Crossentropy
原创
2024-11-02 05:04:21
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# R语言会诊KEGG弦图
在生物信息学中，基因组和生物通路的研究日益受到重视。KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）数据库提供了丰富的生物通路信息，有助于研究基因、蛋白质及其相互作用。在这些研究中，弦图（Chord Diagram）是一种有效的可视化方式，可以帮助我们理解不同基因或物质在生物通路中的相互关系。本文将通过 R 语言介绍如何利用
原创
2024-10-18 06:25:00
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# R语言绘制KEGG气泡图
## 引言
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一种用于研究基因功能和代谢通路的数据库。气泡图是一种常用的数据可视化图表，通过圆形的气泡来表示不同的数据，大小和颜色可以反映出数据的大小关系。在生物信息学研究中，我们常常需要将基因或代谢物在Kegg通路中的富集情况可视化，以便更好地理解数据。本文将介绍如何使用R
原创
2023-10-15 05:12:42
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networkX tutorial绘制基本网络图用matplotlib绘制网络图
基本流程：
1. 导入networkx，matplotlib包
2. 建立网络
3. 绘制网络 nx.draw()
4. 建立布局 pos = nx.spring_layout美化作用
最基本画图程序1 import networkx as nx #导入networkx包
2 impo
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2023-06-26 13:47:09
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该文会讲解一些大家比较熟悉却又经常混淆的统计图形，掌握这些统计图形可以对数据可视化有一个深入理解，并正确使用。2.1 函数 bar()——用于绘制柱状图函数功能：在 x 轴上绘制定性数据的分布特征。调用签名：plt.bar(x,y)。参数说明x：标示在 x 轴上的定性数据的类别。y：每种定性数据的类别的数量。调用展示（1）代码实现# 使用的代码都是coding:utf-8的
impo
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2023-08-16 18:06:50
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R语言中KEGG网络图的使用，特别是在生物信息学和计算生物学领域，成为了不可或缺的分析工具。KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）数据库提供了一系列的信号通路、代谢通路等功能模块，这对于理解基因功能、疾病机制以及药物作用机制等方面都具有重要意义。
### 技术定位
R语言因其强大的统计功能与丰富的生物信息学包，已经发展出了众多用于构建和分析KE
