今天，我终于完成了一个项目的demo版演示程序。由于这个东西很紧急，我是没日没夜的干了将近5天才搞定的。这五天，可真没少受够苦。不过也开心的，这个东西可全部都是我一个人做的，从数据库的设计到页面设计（由于是demo的，所以很简单，哈哈），再到整个框架（也谈不上是什么框架，哈）的设计。因为以前没做过JAVA的B/S程序，自己一个人做走了很多弯路，哈哈，现在总算搞定了。
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2024-01-17 08:29:08
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blast所使用的query一般为基因等序列较长的对象，但有时候我们也需要使用短的query序列，比如使用引物作为query序列。这种时候使用一般的比对参数，比对不出结果的。这时候在比对时，加入以下参数就行：#参考#参考别人的文章一句话概括就是：blastn多加上-task blastn-short -word_size 7 -evalue 1就ok了。
针对这种短序列query，这三个选项是比较
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2023-11-29 10:46:42
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1、把BLAST的压缩文件解压，然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下；
2、制作软链接，将解压后的文件中bin目录链接至/home/username下，eg：ln -s /home/username/blast/bin；
3、在当前用户目录下，编辑bashrc文件，在文件中加入export PATH=/home/username/bin/=$PATH;
4、在当前目录
原创
2008-08-03 22:44:50
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排序算法（Sort Algorithm）排序算法介绍和分类将一组数据，依指定顺序进行排列排序的分类内部排序指将需要处理的所有数据都加载到内部存储器中进行排序外部排序数据量过大，无法全部加载到内存中，需借助外部存储进行排序常见的排序算法冒泡排序（Bubble Sort）基本思想通过对待排序序列从前向后(从下表较小的元素 开始)，依次比较相邻元素的值，若发现逆序，交换相邻元素的值基本代码public
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2023-11-09 06:32:58
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formatdb is an outdated software tool in molecular bioinformatics to format protein or nucleotide databases for BLAST. It has been replaced by th
原创
2023-11-07 11:42:26
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1. Blast （1）格式化数据库 主要参数： i 输入需要格式化的源数据库名称 p 文件类型，是核苷酸序列数据库（F nucleo
原创
2022-06-01 10:43:36
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结果12列Query id,Subject id,% identity,alignment length,mismatches,gap openings,q. start,q. end,s. start,s. end,e-value,bit scoreBlast，全称Basic Local Alignment Search Tool，即"基于局部比对算法的搜索工具"，由Altschul等人于199
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2023-12-08 17:09:05
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# Python库BLAST：生物信息学中的序列比对工具
在生物信息学领域，序列比对是分析生物序列（如DNA、RNA或蛋白质）之间相似性的基本方法。BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是最常用的序列比对工具之一，它可以通过高效的算法在大规模数据集中寻找相似序列。为了简化使用BLAST的过程，Python社区开发了一些接口库，使用户能够通过简单的Pyth
原创
2024-08-18 04:11:45
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# Python BLAST算法
## 引言
BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）算法是一种非常常用的生物信息学工具，用于在大规模数据库中搜索与查询序列相似的序列。它是基于局部比对的算法，可以高效地找到相似性较高的序列。
本文将介绍BLAST算法的原理及其在Python中的实现。我们将使用NCBI提供的BLAST+软件，并使用Biopython库来
原创
2024-02-02 04:09:41
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BF一种简单的模式匹配算法，目的是寻找模式串p是否在目标串s中有出现。思想：先从第一个字符开始匹配，如果p[j]==s[i]，那么继续向下比较，一旦不相等，即回溯到目标串的下一个字符，重复工作。成功条件：当循环结束时，判断j的值与模式串p的长度是否相等，如果相等，说明匹配成功到了模式p的最后一个字符。返回值：返回模式串在目标串中出现的位置。/**
* 字符串模式匹配的 Brute-Force算法
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2024-01-16 05:51:14
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# Python中的blast比对
## 什么是blast比对？
blast比对（Basic Local Alignment Search Tool）是一种用于在数据库中查找生物序列相似性的工具。blast比对适用于DNA、RNA和蛋白质序列的比对，可用于识别两个序列之间的相似性和同源性。它是生物信息学中非常重要的一种方法，被广泛应用于基因组学、进化学、蛋白质结构预测等领域。
## 如何使用
原创
2023-12-12 07:57:01
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# 如何利用Python实现BLAST结果分析
BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种生物信息学工具，用于比较生物序列以发现相似性。当你获得BLAST的结果后，如何在Python中解析这些结果并从中提取有用的信息是生物信息学中的一个重要任务。本文将为你详细介绍如何使用Python分析BLAST结果。
## 整体流程概览
在开始之前，我们先来梳理
原创
2024-10-20 06:54:17
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# Python BLAST距离
## 引言
在生物信息学中，BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种常用的序列比对算法，用于比较两个生物序列的相似性。在BLAST算法中，距离是一个重要的概念。距离可以量化两个序列之间的相似程度，从而确定它们在演化上的关系。
本文将介绍如何使用Python计算序列之间的BLAST距离，并提供相应的代码示例。我们将首
原创
2023-08-21 06:06:01
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# Python Blast 比对实现教程
## 1. 整体流程
下表展示了使用Python进行Blast比对的步骤和对应的代码：
| 步骤 | 描述 | 代码 |
| --- | --- | --- |
| 1 | 安装Biopython库 | `pip install biopython` |
| 2 | 准备比对序列和数据库 | - |
| 3 | 执行Blast比对 | `resul
原创
2023-12-10 11:39:28
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Blast结果的详细解析 Posted on
2009 年 7 月 9 日
要使用程序对blast结果进行解析、分析，就必须对BLAST的结果形式有深入的了解，本篇文章将向你详细说明Blast结果的数据结构，供参考。这里的指的是blast默认的结果，也是我们应用最多的结果。 3.14.1. 结果文件的结构 一个BLAST的结果文件，大致结构如下： 每个blast结果文件都以
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2023-09-05 10:45:46
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一、说明 Blast，全称Basic Local Alignment Search Tool，即"基于局部比对算法的搜索工具"，由Altschul等人于1990年发布。Blast能够实现比较两段核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能，它能够快速的找到两段序列之间的同源序列并对比对区域进行打分以确定同源性的高低。 Blast简单来说，是一个完整的程序包，调用该程序包的命令来判断两个字符串的相似程
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2024-04-30 19:22:58
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内建函数名（表达形式）主要作用备注abs(x)返回一个X值得绝对值(x=int/float/复数) all(iterable)如果 iterable 的所有元素均为 True（或 iterable 为空），则返回 True any(iterable)如果iterable中有任何一个元素为True，则返回True。如果iterable为空，则返回False ascii(
在Linux操作系统中，sudo和blast是两个非常常见的关键词。sudo是一种用于提升普通用户权限至超级用户权限的命令，而blast则是一个用于快速安装Linux系统的工具。下面将重点介绍如何使用sudo blast来安装Linux系统。
首先，sudo命令是Linux系统中非常重要的一个命令，它可以让普通用户以超级用户的权限来执行某些命令。在终端中输入sudo，然后跟上需要执行的命令，系统
原创
2024-04-19 10:13:26
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Linux系统中提供了许多强大的工具，可以帮助研究人员进行序列比对分析。其中一个著名的工具就是Blast（Basic Local Alignment Search Tool），它是一种用于在数据库中搜索同源序列的软件。在Linux系统中，我们可以通过命令行使用Blast工具进行序列比对分析，来寻找目标序列在数据库中的同源序列。
Blast工具能够快速而准确地找到目标序列在数据库中的同源序列，并给
原创
2024-04-10 10:44:28
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1 兼职费用足够学费+生活费恰巧上学期间接过一些外包，恩，足够我的学费以及生活费，以及xx各种费用。主要干过以下几种：游戏外挂： 主要开发工具 为按键精灵，赚的不多，但是属于持续性收入，基本上可以覆盖整个游戏的生命周期，但随着监管力度增大，风险越来越高，本人已经退出这个行业。开发网站： 大学期间主要是WordPress还有Django撸了几个小站，搞搞前端基本就能过关，大概每个站能赚3-5千，投入
