欢迎关注”生信修炼手册”!在组学数据分析中，基因富集分析是最常用的方法之一，所有的基因数据分析最终都要落实到
原创
2022-06-21 09:21:41
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简介Enrichr是一个基于网页端的综合性的基因集富集分析工具。富集分析是用于分析由全基因组实验产生的基因集合的流行方法。在这里，我们介绍一个重要的更新到这个域名为Enrichr的工具（此为第二版）。Enrichr目前包含大量可用于分析和下载的基因组库。Enrichr总共包含来自102个基因集库的180184个注释基因集。Enrichr增加了新功能，包括提交模糊集，上传BED文件，改进的应用程序编
原创
2021-03-27 07:22:11
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# Java实现基因富集分析
## 简介
基因富集分析是在生物信息学中常用的一种分析方法，用于确定一组基因在特定生物过程或功能中的富集程度。本文将介绍如何使用Java语言实现基因富集分析，并提供相应的代码示例。
## 基因富集分析方法
基因富集分析方法一般分为两类：基于注释的方法和基于统计的方法。基于注释的方法主要利用基因的注释信息，例如基因的功能、通路等，对基因集合进行分析。基于统计的方
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2023-10-04 06:11:49
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欢迎关注”生信修炼手册”!metascape是一个web工具，提供了基因富集分析，蛋白质互作网络分析等多种功
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2022-06-21 09:52:49
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GO的主要用途之一是对基因组进行富集分析。例如，给定一组在特定条件下上调的基因，富集分析将使用该基因组的注释发现哪些GO术语被过度表示（或未充分表示）。 富集分析工具 用户可以直接从GOC网站的主页进行浓缩分析
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2024-05-07 16:00:43
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r语言基因富集分析GSEA是一种常用于分析基因表达数据的方法，其主要目标是判断一组预先定义的基因集合在不同条件下的表达差异。通过富集分析，研究人员能够识别出在特定条件或生物过程中显著上调或下调的基因集合，从而帮助解释复杂的生物现象。在这篇博文中，我将分享如何使用R语言进行基因富集分析GSEA，整个过程包括环境预检、部署架构、安装过程、依赖管理、服务验证和扩展部署。
### 环境预检
在开始之前
1.为什么写？ 网上教程一抓一大把，有的能重复，有的不能重复不了，很多原因。别人能做的不代表你能复制，实践出真知
原创
2022-09-01 09:51:41
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对于转录组分析，差异基因筛选完成后，就算是成功一大半了。接下来就可进行下游分析了。首先最常见的就是对上下调基因的富集分析了，富集分析我们之前出过一期R语言版本的：clusterProfiler：基因功能富集分析的惊喜之作这里就不再赘述了，我们介绍一款NCS文章比较喜欢的、出现率较高的功能富集工具---Metascape (https://metascape.org/gp/index.html)。图
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2023-09-15 18:32:32
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微信公众号：http://blog.genesino.comGeneOntology富集分析是是高通量数据分析的标
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2023-07-19 11:26:32
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医学和生信笔记，专注R语言在临床医学中的使用，R语言数据分析和可视化。主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。前几天有小伙伴问怎么能批量进行wilcoxon检验，我立马就想到了rstatix包。然后才是for循环。接下来就演示下怎么批量进行检验。使用tidyverse系列和base R 两种方法。既然要优雅，就必须少不了tidyverse系列！这
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2023-08-12 14:20:52
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富集分析是生物信息分析中快速了解目标基因或目标区域功能倾向性的最重要
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2023-07-18 17:08:05
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欢迎关注”生信修炼手册”!通过差异分析，我们可以知道不同分组间是否存在差异，存在差异的是哪些基因。再进一步，
原创
2022-06-21 06:14:40
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GOplot包介绍GOplot包用于生物数据的可视化。更确切地说，该包将表达数据
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2023-05-02 22:23:42
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普通转录组：以组织或细胞混合物为单位，结果反映的是平均表达水平单细胞转录组：以单个细胞为单位，能够揭示细胞间的异质性普通转录组：强度高，噪音相对较低单细胞转录组：存在大量零值(dropout)，数据稀疏性高，技术噪音大普通转录组：DESeq2、edgeR等方法直接比较组间差异单细胞转录组：需要先分群，再进行细胞类型特异性分析，可使用MAST、Wilcoxon等特殊方法普通转录组：无法区分细胞类型特异性变化单细胞转录组：可以揭示特定细胞类型的变化，避免少数细胞类型的被稀释。
（全文约6600字）1. 富集分析1.1. 富集分析概念富集分析富集分析，本质上是对数据的分布检验，如果分布集中在某个区域，则认为富集。常用的分布检验方法有卡方检验、Fisher精确检验以及KS检验等方法。生物信息学领域的富集分析在 背景基因集(N) 下获得 一组特定基因集(S) ，S可能是基因列表，表达图谱，基因芯片等形式。在预先构建好基因注释数据库(例如GO,KEGG等)已对背景基因集(N)根
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2023-08-30 20:34:28
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找到了一个在线工具，直接上传 geneid 就可以 ,链接是 ://wheat.cau.edu.cn/TGT/m3/?navbar=Ho...
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2022-03-18 10:31:27
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单细胞转录谱可以根据基因表达水平进行差异分析，通过差异分析，我们可以知道不同分群之间是否存在差异，以及存在显著表达量差异的基因集(DEG,在单细胞Seurat分析流程中，通过Seurat::FindAllMarkers()方法计算得到簇间的过表达差异基因)。进一步，探究这些DEG是由哪些生物学过程介导的，我们的实验处理影响了哪些生物学过程。理解这些DEG所代表的生物学意义的最佳途径就是基因富集分析
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2024-11-01 09:21:36
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GO和KEGG富集分析文章目录GO和KEGG富集分析@[toc]1. 将差异表达结果的基因名称转化为id2. GO富集分析3. GO圈图绘制4. KEGG富集分析5. KEGG圈图绘制1. 将差异表达结果的基因名称转化为id因为GO和KEGG分析需要用到id，所以这一步需要将基因名字转换为id。具体步骤如下：新建空白文件夹，将差异分析得到的diff.xls复制粘贴到文件夹中因为在这里只需要diff
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2023-10-03 16:43:49
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何为功能富集分析？功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分，即将一堆基因进行分类，而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的。换句话说，就是把一个基因列表中，具有相似功能的基因放到一起，并和生物学表型关联起来。何为GO和KEGG？为了解决将基因按照功能进行分类的问题，科学家们开发了很多基因功能注释数据库，。这其中比较有名的一个就是Gene Ontology（基因本体论，GO）和Kyoto E
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2023-07-02 16:47:58
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基因是什么？ 基因编辑，是一项基础设施已经完备，未来随时可能会爆发的风口行业。其实人类对于基因的探索与改变，不是最近才有的事情，而是可以追溯到人类整个的发展史。人类从采集到农耕，从渔猎到畜牧，甚至包括精神发展，始终贯穿着人类对于基因的研究与改造。 早期，人类通过筛选杂交，得到性状表现更好的植物种子用于耕种，得到需要的动物品种用于畜牧，甚至将鲫鱼改造为金鱼，得到更美的
