全原子力场中各参数的含义及其在LAMMPS中的应用OPLSAA力场参数是分子动力学中广泛应用的力场。但有些同学对力场中的参数含义不是很了解。下面就OPLSAA力场参数如何应用于LAMMPS做一个简单的介绍。PART 1 力场定义这一部分是OPLSAA的介绍，已经在上一篇博客中有介绍，这里不再赘述。PART 2 原子类型定义第二部分主要是原子类型的定义，第二列是原子编号，第五列是对该原子的一个归类，
电场驱动电荷，形成电流（感应电流）；LC 电路是由电容、电感、电阻等元件和电子器件组成的能够产生振荡电流或具有滤波作用的电路，由电感线圈 L 和电容器 C 相连而成的 LC 电路是最简单的一种 LC 电路。1. LC 电路的电磁原理介绍电磁场的概念具有高度的概括性，这是一个内涵很丰富的概念，它虽然包括静电场和电流的磁场，但是电磁场不是电场和磁场简单的相加。 （1）关于磁场产生电场按照磁场时变的几种
力场力场(Force Field, 常简写为FF)这个物理学名词听起来有点高深, 可如果理解了它的含义你就会觉得这是很自然的一个概念, 没有什么特别之处.在中学物理或者初等力学中, 研究物体的运动都是从分析其受力出发的, 可以说是以力为基础, 这也是称为力学的原因. 牛顿第二定律直接将物体的受力与其加速度联系起来, 这样只要知道了物体的受力情况, 就能计算出其运动轨迹. 在力学中, 一般将力作为一
今天遇到了一个需要用map解决的问题和大家分享一下冷血格斗场查看提交统计提问总时间限制:
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为了迎接08年的奥运会，让大家更加了解各种格斗运动，facer新开了一家冷血格斗场。格斗场实行会员制，但是新来的会员不需要交入会费，而只要同一名老会员打一场表演赛，证明自己的实力。我们假设格
文件目录atomtypes.atp(5.2.1)aminoacid related filesaminoacids.rtp(5.6.1)aminoacids.r2b(5.6.2)aminoacids.hdb(5.6.4)aminoacids.c.tdb(5.6.5)aminoacids.n.tdbaminoacids.vsd(5.6.6)summarizing brieflyff filesff
分子力场根据量子力学的波恩-奥本海默近似，一个分子的能量可以近似看作构成分子的各个原子的空间坐标的函数，简单地讲就是分子的能量随分子构型的变化而变化，而描述这种分子能量和分子结构之间关系的就是分子力场函数。分子力场函数为来自实验结果的经验公式，可以讲对分子能量的模拟比较粗糙，但是相比于精确的量子力学从头计算方法，分子力场方法的计算量要小数十倍，而且在适当的范围内，分子力场方法的计算精度与量子化学计
目录给下一届-分子动力学相关系统选择Win和Linux软件安装LAMMPS安装Python](https://www.python.org/)及[Anaconda安装Moltemplate安装（粗粒化建模）（目前在用）[Materials Studio（MS）](https://3dsbiovia/products/collaborative-science/biovia-materia
pcl点云特征提取 法线估计 PFH FPFH NARF 惯量偏心矩 RoPs特征 视点特征直方图VFH GASD特征如果要对一个三维点云进行描述，光有点云的位置是不够的，常常需要计算一些额外的参数， 比如法线方向、曲率、文理特征、颜色、领域中心距、协方差矩阵、熵等等。 如同图像的特征（sifi surf orb）一样，我们需要使用类似的方式来描述三维点云的特征。 常用的特
8. 基础知识此部分描述了如何使用 LAMMPS 为用户和开发人员执行各种任务。术语表页面还列出了 MD 术语，以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的 examples 目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。8.1.通用基础知识8.2. 设置入门8.3. 分析入门8.4.
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2024-07-21 09:10:19
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存储设备如果作为NAS设备使用，无非就CIFS和NFS。本篇讲述如何开启CIFS功能，以使windows客户端能访问一、通过web管理方式1、license add XXXXXXX----添加cifs的license，否则在管理界面中是看不到CIFS这一项的2、打开CIFS管理界面，由于我只有一个vfiler0,就选择next3、输入filer名字4、选择认证类型5、工作组的名字6、安全类型7、输
RandomizedSearchCV基本操作 RandomizedSearchCV调参常用分布函数： 1.倒数分布：import numpy as np
#这两个值决定了reciprocal返回的最大及最小值
reciprocal_distrib = reciprocal(52000, 200000)
samples = reciprocal_distrib.rvs(10000, random_s
大家好，我是小马老师。本文介绍lammps提取data文件中力场参数的一个简单方法。 MS建模导出的data文件中包含里力场参数，但是这个参数格式和in文件不同。在data文件只列出来同种原子之间的立场参数，如下图：如果要修改个别原子的立场类型，需要用混合势，这时候就需要列出所有原子对之间的立场参数。 传统的方法是把参数写到in文件，排列组合出所有的原子对，手动计算各原子对之间的参数，比较麻烦。l
原创
2022-09-23 20:06:57
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LAMMPS学习总结41、聚合物驰豫平衡的技巧2、分子动力学时间尺度理解3、minimize或run命令就会出现错误：Atom sorting has bin size = 0.0原因4、MS的car文件转出的data自带的力场参数对应lammps什么单位？5、已经转换为标准格式的XYZ文件导入ISAACS中报错，提示格式错误，怎么回事？6、fix deform拉伸命令理解7、报错ERROR:
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2024-10-18 21:19:10
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机器人路径规划算法可以分为全局路径规划与局部路径规划，全局规划算法一般需要地图信息作为先验知识，而局部规划算法利用传感器探测环境信息避开障碍物。常用的全局算法算法有可视图法，栅格地图法，智能算法等。常见的局部规划算法有人工势场，BUG算法，VFH算法，DWA算法，TEB算法等。本文针对VFH算法的研究现状做个简单概述。 图1 VFH算法发展历程图1 VFF算法 该算法是一种虚拟力场法，针对传感器
Cv模式识别目录 [隐藏]1 目标检测1.1 CvHaarFeature, CvHaarClassifier, CvHaarStageClassifier, CvHaarClassifierCascade1.2 cvLoadHaarClassifierCascade1.3 cvReleaseHaarClassifierCascade1.4 cvHaarDetectObjects1.5 cv
tar -zxvf rarlinux-3.8.0.tar.gz //先解压tar.gz文件 cd rar //直接 cd 到相应到文件夹 su root //使用root权限 make  
1.概念陈述接触力(contact force):只有相互接触才会发生的力叫做接触力，接触力分为弹性力和摩擦力，因为它们在本质上都是由电磁场引起的，属于电磁力.非接触力(non-contact force):非接触力即为不接触的两个物体之间的相互作用，一般场力皆属于非接触力.电磁力(electromagnetic force):电磁力是电荷、电流在电磁场中所受力的总称，也有称载流导体在磁场中受的力
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2017-08-31 23:14:00
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新手们总是会困惑，LAMMPS为什么要提供special bonds这个独特的命令。因为在别的软件中，使用全原子力场，基本不会涉及到这个概念。在LAMMPS里面，这个参数特别重要，对应使用全原子力场做模拟的LAMMPS用户来说，稍有不慎，会错的离谱。那么special bonds到底是何方神圣，对模拟影响那么大呢（这里指全原子模拟），且听iSimuLy给你唠叨唠叨。对于这个问题的理解，首先我们大脑
这期介绍一下基因组变异结果常见的文件格式 VCF。因为好多老师搞不清这个文件该怎么看以及怎么操作，其实这个问题要从base calling 说起，无论哪个软件检测的结果，都会生成这种公认的文件格式，学会处理VCF后续的分析就顺风顺水了！前 言VCF(variant call format)是一种文本文件格式(很可能以压缩的方式存储)。包含元信息行(##为前缀)，标题行(#为前缀)和数据行，每个数据
大家好，我是小马老师。本文讲解如何下载Reaxff反应势文件。lammps使用反应势模拟反应过程的文章越来越多，能够使用的反应势也不断被开发出来。不过，反应势的下载要比金属势麻烦的多，不少初学者在寻找或者下载反应势时还存在不少困难。因此，本文以scm网站为例介绍反应势的下载方法，以供参考。
原创
2022-04-29 14:38:06
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