# 转录组学数据分析入门指南
转录组学是生物信息学的一个重要分支，旨在分析细胞中所有 RNA 的表达水平。它通常通过高通量测序技术（如 RNA-seq）获取数据。对于刚入行的小白来说，虽然这个过程看似复杂，但只要掌握理解步骤和代码，就能轻松完成转录组学数据分析。以下是一个详细的流程介绍和代码示例，帮助你在这个领域入门。
## 整体流程
我们将整个转录组数据分析流程划分为以下几个主要步骤：
今天分享的学习笔记是一套转录组分析简单流程，适用于初学者入门阅读，从原始测序数据开始，经过质控、序列比对、定量表达、差异表达、功能富集等一系列分析步骤，最终获得基因表达信息，制作出火山图和功能富集图。本文所有数据都经过特殊修改，仅供学习参考使用。转录组是在特定时空条件下细胞中基因转录表达产物，广义的转录组包括信使RNA，核糖体RNA，转运RNA及非编码RNA，狭义上是指所有mRNA的集合，转录组分
转载
2023-10-18 19:22:34
417阅读
问：我做了疾病发展过程六个阶段的转录组研究，可是文章投稿编辑说我的研究太单薄？除了差异分析，我还能不能用转录组的数据再挖掘一些信息出来呢？答：您可以试试WGCNA分析呀？相信很多老师都有这样的困扰——利用转录组数据，仅仅做差异表达就够了吗？其实不光是转录组项目，如何利用已有的数据，挖掘更多的信息来丰满我们的研究结果呢？这里，线条姐给大家推荐的WGCNA分析便是其中的一种方法。WGCNA（Weigh
转载
2023-10-24 09:00:07
184阅读
转录组分析综述
转录组
文献解读
Trinity cufflinks
转录组研究综述文章解读
今天介绍下小编最近阅读的关于RNA-seq分析的文章，文章发在Genome Biology 上的A survey of best practices for RNA-seq data analysis 。由于文章较长和枯燥，小编认为重要的信
# 转录组数据分析的基础知识与实践
转录组数据分析是生物信息学中的一个重要领域，它研究生物体内所有转录本的表达情况，包括编码蛋白质的mRNA和非编码RNA。通过对转录组数据的分析，科学家能够了解基因表达的变化，对疾病机理进行深入研究并发现潜在的生物标志物。
## 转录组数据的生成
转录组数据通常通过高通量测序技术获得，常见的技术包括RNA-Seq。RNA-Seq能够对样本中所有转录本进行测序
# 转录组数据分析命令与实践
转录组数据分析是生物信息学中的关键步骤，主要用于研究特定条件下基因表达的变化。这种分析有助于揭示细胞如何响应外部信号、疾病状态或其他生物过程。本文将针对转录组数据分析的一些常用命令进行介绍，并提供代码示例。
## 数据准备
在进行转录组分析前，首先需要准备数据。通常，我们会利用高通量测序技术获得转录组数据，然后对其进行质量控制。我们使用 `FastQC` 工具进
# 转录组数据分析入门指南
转录组数据分析是生物信息学中一个重要的领域，它帮助研究人员理解基因表达的各种模式。对于刚入行的小白来说，学习转录组数据分析的流程可能会有些复杂。在这篇文章中，我们将逐步讲解转录组数据分析的流程，并提供相应的代码示例，帮助你快速入门。
## 分析流程
下面是转录组数据分析的一般流程，可以用表格展示：
|步骤|内容|
|----|---|
| 1 | 数据获取：获
转录组紧紧围绕基因表达量和功能分析两部分，结合生物学问题来进行数据分析。 高表达基因已经研究比
原创
2022-06-01 09:46:51
726阅读
# 转录组数据分析的流程指南
转录组数据分析是一项重要的生物信息学任务，旨在对细胞中的RNA进行定量和功能分析。这篇文章将向你介绍转录组数据分析的基本步骤，并提供示例代码供你参考。下面是整个分析流程的概述以及更详细的步骤说明。
## 分析流程概述
| 步骤 | 描述 |
|-------|-------------------------
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements) 作为DNA调控元件百科全书整合了1w+个来自不同组织或细胞系的各类实验数据标准。以表观组学研究中的ChIP-seq为例，ENCODE Consortium使用不同的表观基因组分析，并制定对应的分析方案和指南，具有绝对的权威和参考意义。 本期
零基础入门转录组分析——第一章（软件的安装） 目录零基础入门转录组分析——第一章（软件的安装）1. conda的安装2. conda配置channels3. 常用生信软件的安装 （我这里使用的虚拟机是vmwarewokstation，版本16.0.0， linux系统是ubantu64位，版本20.04.3）
转录组分析全流程：软件安装——数据准备——质控——序列比对——表达定量——数据可视化
转载
2023-10-19 06:47:23
179阅读
写的非常好 怕找不到留着自己看！如果作者不同意我会删除。前言接下来我们要介绍的是 RNA-seq 数据的处理分析流程，根据 RNA-seq 测序技术的不同，可以分为三种：Stark et al. Nat Rev Genet(2019)1. short-read
2. long-read
3. direct RNA-seq而我们一般的 RNA-seq
根据oracle数据库的特点和提供的工具，主要方法有以下几种方法：利用逻辑备份使用import工具丢失数据的表利用物理备份来通过还原数据文件并进行不完全恢复利用dbms_logmnr包从redo log文件中恢复利用flashback特性恢复数据前提为了方便使用方法的介绍，上述恢复方法都将基于以下场景进行：系统管理员在前一天晚上11点用export对数据库做了全库逻辑备份，然后对所有数据文件进行了
大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 原核转录组测序可以从基因表达量、基因结构和sRNA调控功能三维度揭示不同生物性状的分子调控机制。如通过计算各组间的差异基因并对差异基因进行富集分析，获得对生物性状影响较大的通路信息；通过预测基因的反义转录本，丰富基因组注释内容；研究sRNA对mRNA的相互作用，从分子调控角度解释生物性状之间的差异。易基因针对检测原核菌个性化设
随着测序成本的持续降低，现在做转录组测序价格也越来越便宜，但相对来说发表文章就比较不容易了。今天给大家分享一篇以时序（Time course）转录组学研究发表的小论文，也许能给想要通过转录组研究快速出成果的老师一些可以借鉴的实验设计和数据解读思路，快一起来看看吧。标题：Transcriptome analysis reveals Vernalization is independent of co
NR(non-redundant,非冗余)数据库文献：Deng YY, Li JQ, Wu S F, Zhu YP, et al. Integrated NR Database in Protein Annotation System and Its Localization. Computer Engineering 2006.,32(5):71-74.特点： 1、对已知的或者可能的编码序列，
转载
2024-01-08 12:39:07
22阅读
定义转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA；狭义上指所有mRNA的集合。RNA-Seq (RNA-sequencing)也称为转录组测序，是最新发展起来的利用新一代测序技术进行转录组分析的技术，可以全面快速地获得特定细胞或组织在某一状态下几乎所有转录本的序列信息和表达信息，包括编码蛋白
1.什么是三代全长转录组测序三代全长转录组测序，即利用PacBio三代测序平台对某一物种的mRNA进行测序研究。它以平均超长读长10-15kb的优势、结合多片段文库筛选技术，实现了无需拼接的转录本分析，克服了传统二代转录组Unigene拼接较短、转录本结构不完整的缺陷，也由于其可直接获得单个RNA分子从5’端到3’端的高质量全部转录组信息而得名。2.为什么要做全长转录组测序？转录本非常多样和复杂，
欢迎关注”生信修炼手册”!single cell RNA sequencing,简称scRNA_seq, 指
原创
2022-09-05 13:34:57
255阅读
点赞
# 单细胞转录组数据分析入门
单细胞转录组测序（scRNA-seq）是研究细胞异质性的重要工具，能够提供每个细胞的转录组信息。这种技术允许研究者在单细胞水平上探索基因表达的差异，理解细胞的功能状态以及发育过程中的变化。在这篇文章中，我们将介绍如何在Linux环境下分析单细胞转录组数据，并提供相应的代码示例。
## 数据准备
在开始分析之前，我们需要准备好单细胞转录组数据。通常，数据会以FAS
