前言 前期，我们解读了Nature Microbiology的关于快速分析肠道菌群耐药性的论文。【文献解读】Nature Microbiology | 使用
# 组学数据分析流程：探索生命的奥秘
在现代生物学研究中，组学数据（如基因组学、转录组学、蛋白质组学等）越来越被广泛应用。通过对组学数据的分析，研究人员能够深入了解生命体的生物过程、疾病机理等方面。本文将介绍组学数据分析的基本流程，并提供相关的代码示例。
## 一、组学数据分析的基本流程
组学数据分析一般包括以下几个步骤：
1. **数据获取**
2. **数据预处理**
3. **数据探
继扩增子、转录组、蛋白组、基因组数据上传教程发布后，组学数据上传教程最后一弹--代谢组数据上传教程来罗，有需要的一定要点赞加收藏！后续上传数据遇到问题可以私聊小编！接下来我们来了解下代谢组学常用数据库MetaboLights以及如何上传实验的组学数据至该数据库。 MetaboLights 是E
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2023-12-01 15:10:44
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7.1 数据分类分级原则# 数据分类分级应满足以下原则：a) 科学性。按照数据的多维特征及其相互间逻辑关联进行科学和系统地分类，按照大数据安全需求确定数据的安全等级。b) 稳定性。应以数据最稳定的特征和属性为依据制定分类和分级方案。c) 实用性。数据分类要确保每个类下要有数据，不设没有意义的类目，数据类目划分要符合对数据分类的普遍认识。数据分级要确保分级结果能够为数据保护提供有效信息，应提出分级安
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2023-11-01 23:27:45
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2021 Jul 21的European Respiratory Journal。IF:16.672。知识点 LC-MS 非靶向代谢组技术简介代谢组学是直接研究生物体受基因和蛋白调控的所有代谢物的变化规律和功能的科学，是探究生物现象结果的科学，代谢组学 研究一方面可以发掘一些新的分子标志物，另一方面通过与蛋白质组学、基因组学数据的联动分析，可以从原因和结果两方面分 析生物体的内在变化，将系统生物学
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2024-04-30 14:25:03
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文章目录MIMOSA2： 基于微生物组和代谢组数据的整合分析MIMOSA2的工作原理MIMOSA2分析的主要步骤软件部署我们来看看MIMOSA2究竟做了什么？运行计算模式1：基于Greengenes OTU的结果和EMBL模型模式2：基于Greengenes OTU和AGORA模型模式3：基于ASV和EMBL模型模式4：基于ASV和AGORA模型结果说明表格1: 微生物对代谢物的贡献表格表格2：
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2023-12-12 22:23:34
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# 转录组学数据分析入门指南
转录组学是生物信息学的一个重要分支，旨在分析细胞中所有 RNA 的表达水平。它通常通过高通量测序技术（如 RNA-seq）获取数据。对于刚入行的小白来说，虽然这个过程看似复杂，但只要掌握理解步骤和代码，就能轻松完成转录组学数据分析。以下是一个详细的流程介绍和代码示例，帮助你在这个领域入门。
## 整体流程
我们将整个转录组数据分析流程划分为以下几个主要步骤：
导读MetaboAnalyst是一款基于网络的用于代谢组学数据分析、注释，并整合其他组学数据的工具套件。本文介绍了这一实用工具的更新版本——MetaboAnalyst 4.0。这次更新增加了四个新的关键特性，并重新设计了用户界面，其基础知识库的更新也基于人类代谢组数据库（HMDB）的最新数据。论文ID原名：MetaboAnalyst 4.0: towards more transparent an
代谢组学（Metabolomics）是在20世纪90年代末兴起的新兴学科，它是在基因组学和蛋
原创
2023-11-28 13:45:22
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根系C/P计量比影响水稻残根周际酶活的时空动态分布特征C/P stoichiometry of dying rice root defines the spatial distribution and dynamics of enzyme activities in root-detritusphereBiology and Fertility of Soils, 2019, doi.org/10
# 蛋白质组学数据分析指南
蛋白组学数据分析是研究蛋白质功能、相互作用及表达的关键过程。对于刚入行的小白来说，以下是完成蛋白质组学数据分析的基本流程。
## 蛋白质组学数据分析流程
| 步骤 | 描述 |
|---------------|-------------------------------
今天分享的学习笔记是一套转录组分析简单流程，适用于初学者入门阅读，从原始测序数据开始，经过质控、序列比对、定量表达、差异表达、功能富集等一系列分析步骤，最终获得基因表达信息，制作出火山图和功能富集图。本文所有数据都经过特殊修改，仅供学习参考使用。转录组是在特定时空条件下细胞中基因转录表达产物，广义的转录组包括信使RNA，核糖体RNA，转运RNA及非编码RNA，狭义上是指所有mRNA的集合，转录组分
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2023-10-18 19:22:34
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随着测序成本的持续降低，现在做转录组测序价格也越来越便宜，但相对来说发表文章就比较不容易了。今天给大家分享一篇以时序（Time course）转录组学研究发表的小论文，也许能给想要通过转录组研究快速出成果的老师一些可以借鉴的实验设计和数据解读思路，快一起来看看吧。标题：Transcriptome analysis reveals Vernalization is independent of co
肠道菌群的紊乱与炎症性肠病、代谢紊乱、心血管疾病和神经系统紊乱等疾病发展密切相关。翻译后修饰（PTMs）对调节蛋白质活性极其重要，其功能和调控机制逐渐成为了肠道菌群研究的热点。赖氨酸酰化修饰是一类与代谢调控重要的翻译后修饰，广泛存在于真核生物和原核生物中，调节多种细胞功能。 宏修饰蛋白质组学（M ...
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2021-08-19 14:42:00
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2评论
非靶向代谢组实验设计 1.代谢物提取，一般要求每组至少10个样； 2.在所有提取好的样本中取
原创
2022-06-01 11:55:10
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# 蛋白质组学数据分析
## 介绍
蛋白质组学是研究蛋白质在细胞或组织中的表达、结构和功能的科学领域。它通过高通量测序技术，如质谱法（mass spectrometry），对蛋白质进行定性和定量分析，从而揭示蛋白质在生物体中的重要作用。
蛋白质组学数据分析是对大规模蛋白质组学数据进行处理和解读的过程。在这篇文章中，我们将介绍常见的蛋白质组学数据分析流程，并提供相应的代码示例。
## 数据预
原创
2023-08-03 07:03:42
370阅读
# 蛋白组学数据分析流程
## 介绍
蛋白组学数据分析是一种研究蛋白质组成、结构和功能的方法，通过对蛋白质样本进行分析和解读，可以帮助我们了解生物体内蛋白质的表达水平、互作关系以及其在疾病发生发展中的作用等。本文将介绍蛋白组学数据分析的基本流程，并提供每一步所需的代码示例。
## 流程
蛋白组学数据分析的基本流程如下所示：
表格：
| 步骤 | 描述
原创
2023-08-27 07:13:15
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# 非靶向代谢组学数据分析指南
非靶向代谢组学是一种复杂的生物信息学分析方法，能够帮助我们识别和定量生物样本中的代谢物。本文将为新手开发者提供一个详细的流程和代码示例，帮助你在这一领域入门。
## 流程概述
在非靶向代谢组学数据分析中，大致可以分为以下几个步骤：
| 步骤 | 描述 |
|------|------|
| 1 | 数据采集（LC-MS、GC-MS等） |
| 2
原创
2024-08-26 06:58:21
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鸟枪法蛋白质组学数据集肽识别的半监督学习鸟枪法蛋白质组学使用液相色谱-串联质谱鉴定复杂生物样品中的蛋白质。我们描述了一种算法，称为Percolator，用于提高从串联质谱收集的可靠肽识别率。Percolator使用半监督机器学习来区分正确和虚假光谱识别，相对于完全监督的方法，正确地将肽分配给来自胰蛋白酶酿酒酵母数据集的17%以上的光谱，以及来自非胰蛋白酶消化物的高达77%以上的光谱。 P
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2023-11-03 19:54:08
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人类微生物组计划HMP https://commonfund.nih.gov/hmp 国家基因库MDB https://db.cngb.org/microbiome/ Human Gut (9.9M) https://db.cngb.org/microbiome/genecatalog/geneca
原创
2022-09-01 09:54:17
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