上期我们介绍了 TCGA 数据库上的癌种、缩写以及中文名称，下面我们来了解 TCGA 所有样本的存储，对于我们数据的筛选至关重要。01 TCGA 概述TCGA项目于2006年启动，历经10多年，该项目对全球肿瘤研究产生了深远的影响。泛癌症图谱项目是TCGA项目的一部分，项目对来自11000个病例，33种不同癌症类型进行分析，从而能够告诉我们人体的肿瘤发生、在哪里发生以及为什么发生。2018年4月5
TCGA转录组Table合成时间 2022.5.5下载数据与json文件然后打开TCGA新转录组.R不同文件夹文件提取 将次级目录的文件夹里面的文件提取到同一个文件夹下# 一些基础操作
list.files(pattern = "\\.tsv") #当前目录显示以tsv结尾的文件
dir()
dir(all.files=TRUE) #显示隐藏的文件
getwd()
# 验证二级文件夹里面是否有
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2023-12-25 12:04:14
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一：什么是TCGA数据？TCGA数据有什么作用？癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas），简称为TCGA。TCGA数据库是目前最综合全面的癌症病人相关组学数据库。它旨在应用高通量的基因组分析技术，帮助人们对癌症有个更好的认知，从而提高对于癌症的预防、诊断和治疗能力。二：什么是cgdsr包？如何下载和使用？R语言工具包，可以下载TCGA数据。下载语句：install.pack
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2023-10-16 19:56:14
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目录一、TCGA数据集介绍1.1 数据集介绍1.2 File介绍1.2.1 Data Category（数据类别）1.2.2 Data Type（数据类型）1.2.3 Experimental Strategy（实验策略）1.2.4 Workflow Type（工作流类型）1.2.5 Data Format（数据格式）1.2.6 Platform（平台）1.2.7 Access1.3 Cases
安装R这里使用的R是R3.6.3，后面安装的R函数包的版本要求是R3.4及以上。软件包获取 进入R官网https://cran.r-project.org/src/base/R-3/解压缩tar -zxvf R-3.6.3.tar.gz尝试安装cd R-3.6.3
./configure --prefix=/usr/local/R3_6_3 可以看到缺少软件，没有检测到bzip2。 R所缺少的依赖
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2023-11-17 20:53:39
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之前对TCGA做了简单的了解，粗略了解了什么是TCGA，TCGA是做什么的等，接下来肯定是要学会如何下载TCGA数据，毕竟只有下载了数据才能继续学习官网常规下载TCGA自2016年改版后，下载方式变得大为不同，数据都整合在GDC(Genomic Data Commons)的DATA PORTAL中，所以先进网址https://portal.gdc.cancer.gov/。以乳腺癌(BRCA)为例，
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2024-08-29 21:31:59
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r语言安装r包2020首先根据r包存储的地方，就可以分为三种下载方式CRANbioconductorGitHub其他安装方式 首先根据r包存储的地方，就可以分为三种下载方式cran，bioconductor还有GitHub。bioconductor一般都是生物信息方面的R包。github是代码的托管平台，很多软件，多种语言的程序包也都在这里发布。CRAN// CRAN里的r包下载代码
insta
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2023-07-21 20:29:24
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# 如何用R语言下载PREDIMED数据
在这篇文章中，我们将详细介绍如何在R语言中下载PREDIMED（Prevención con Dieta Mediterránea）数据。PREDIMED研究是一项重要的饮食与健康相关的研究，涉及了大量的数据。对于刚入行的小白开发者来说，了解如何获取这些数据将是十分重要的。
## 整体流程
在我们开始之前，先简单列出整个流程，如下表所示：
| 步骤
原创
2024-08-30 08:13:06
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数据类型转换 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -&nb
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2024-09-04 15:16:50
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转录组分析流程(有参和无参de novo)获得测序数据，Fastq格式，称之为Raw data。质量检测比对MappingQuantification|Quantitation差异表达分析补充：开始项目之前，先确立合理的文件目录结构。【1】Raw Data 处理理论知识高通量测序之所以能够能够达到如此高的通量的原因就是他把原来几十M，几百M，甚至几个G的基因组通过物理或化学的方式打算成几百bp的短
easyTCGA：让初学者也能感受"征服"TCGA的喜悦为什么要写这个R包生信数据挖掘必不可少要学习TCGA数据库，但是对于新手，经常卡在第一步：下载和整理数据。第一步完成了，又会卡在第二步，第三步：差异分析，生存分析…对于R语言大神来说都不是问题，非常简单的R语言操作而已。但是对于初学者很难理解。这几步操作又是必不可少的，我自己也经常需要重新下载整理数据。为了简化这几个流程，同时也是让初学者也能
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2023-10-25 15:02:59
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本文主要向大家介绍了MySQL数据库之教你如何用R包TCGA-Assembler下载TCGA数据 ，通过具体的内容向大家展现，希望对大家学习MySQL数据库有所帮助。今天师兄发给我一个TCGA网址，让我想办法把胰腺癌的所有RNA-Seq数据下载下来，可是界面是这样的：这么多样本有各自的测序数据，甲基化数据，突变数据和临床数据等，不可能一个个去点开下载，那么批量下载就可以借助R的一个包TCGA-As
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2024-01-12 11:47:57
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在数据分析和数据科学的领域，R语言以其强大的统计和图形处理能力深受欢迎。然而，许多开发者可能在R语言环境中进行文本编辑时，希望使用功能丰富的编辑器如Vim来提升开发效率。那么，如何在R语言环境下顺利下载并集成Vim呢？以下是我整理的详细步骤和分析。
## 环境准备
在开始之前，我首先考虑了环境的兼容性。R语言可以在多种操作系统上运行，而Vim也同样适用。这一兼容性确保了我们可以在不同平台上以几
# R语言下载颜色
## 介绍
R语言是一种广泛使用的统计分析和数据可视化的编程语言。在R语言中，我们经常需要使用各种颜色来美化图表、绘制图形等。R语言提供了多种方式来获取和使用颜色。本文将介绍R语言中下载颜色的方法，并提供相应的代码示例。
## RGB颜色
RGB颜色是一种常见的颜色表示方法，它通过红、绿、蓝三个分量的值来表示一种颜色。在R语言中，我们可以使用`rgb()`函数来创建RG
原创
2023-11-05 09:33:08
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# 使用R语言下载和使用Leaflet包进行交互式地图可视化
随着地理信息系统（GIS）和数据可视化技术的不断发展，R语言得到了越来越广泛的应用。R不仅是一种强大的数据分析工具，也能够方便地创建交互式地图。本文将带您了解如何使用R语言下载和使用Leaflet包，以便轻松地创建漂亮的地图可视化。
## 什么是Leaflet？
Leaflet是一个功能强大且易于使用的开源JavaScript库，
# GEO R语言下载及其应用
## 什么是GEO？
GEO（Gene Expression Omnibus）是一个公共功能基因组数据存储库，提供基因表达数据、芯片数据以及相关的元数据和分析工具。它由美国国家生物技术信息中心（NCBI）维护，研究人员可以在此提交和查询相关的生物学数据。对于生物信息学研究人员来说，获取和分析GEO数据库中的数据至关重要。R语言作为一种功能强大的统计分析工具，提供
TCGA数据源- R包RTCGA的简单介绍- 首先安装及加载包- 指定任意基因从任意癌症里面获取芯片表达数据- 绘制指定基因在不同癌症的表达量区别boxplot- 更多boxplot参数- 指定任意基因从任意癌症里面获取测序表达数据- 用全部的rnaseq的表达数据来做主成分分析- 用5个基因在3个癌症的表达量做主成分分析- 用突变数据做生存分析- 多个基因在多种癌症的表达量热图正文T
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2023-07-16 16:26:32
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# R语言与RODBC包的安装和使用
R语言是一种广泛用来进行统计分析和数据可视化的编程语言，因其强大的数据处理能力和丰富的生态环境备受数据科学家和统计学家的青睐。而RODBC（R Open Database Connectivity）是R语言中一个非常重要的包，它为R和各种数据库（如SQL Server、MySQL、Oracle等）之间的连接提供了便利。本文将介绍如何在R中安装RODBC包，使
原创
2024-09-16 03:10:48
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今天帮一个学员处理R包安装问题，报错信息如下：
报错信息
错误信息表明，这个是错是因为无法打开URL造成。我原本以为这个问题和R包安装函数"install.packages"函数详解 一样，是因为下载协议导致。但是当我用TeamViewer远程协助时，却发现他用的是服务器，那么就可以直接排除一开始想到的问题。当然用命令行进行安装时，发现R包的下载地址并非是国内的镜像
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2023-08-21 13:13:36
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# R语言下载igraph
在R语言中，igraph是一个用于分析和可视化复杂网络的强大工具包。它提供了许多功能，包括网络结构的创建、图形布局、节点和边的过滤、社区检测等。如果你想要在R中使用igraph，那么你需要首先安装这个包。
## 安装igraph包
要在R中下载igraph包，你可以使用以下代码：
```R
install.packages("igraph")
```
这将从C
原创
2024-05-23 04:19:33
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